| 1 | 夜野 統真 | 大津商高 | 4:20.46 | | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 2 | 横山 玲央 | 彦根翔西館高 | 4:28.90 | +8.44 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 3 | 前川 莉澄 | 虎姫高 | 4:36.48 | +16.02 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 4 | 吉田 治且 | 彦根東高 | 4:37.09 | +16.63 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 5 | 北村 愛介 | 日野高 | 4:37.59 | +17.13 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 6 | 杉村 優介 | 八幡高 | 4:39.92 | +19.46 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 7 | 山岡 勇登 | 膳所高 | 4:41.17 | +20.71 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 8 | 大山 椋平 | 高島高 | 4:41.33 | +20.87 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 9 | 青山 松史 | 草津高 | 4:45.40 | +24.94 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 10 | 西堀 昇之介 | 八日市高 | 4:46.40 | +25.94 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
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| 11 | 岡田 圭祐 | 石山高 | 4:47.92 | +27.46 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 12 | 白井 澄人 | 八幡高 | 4:48.36 | +27.90 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 13 | 山本 朝陽 | 八日市高 | 4:48.50 | +28.04 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 14 | 福山 隼矢 | 日野高 | 4:49.16 | +28.70 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 15 | 小葉 海人 | 近江高 | 4:50.05 | +29.59 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 16 | 小林 琉生 | 八日市高 | 4:53.53 | +33.07 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 17 | 神村 岳 | 彦根東高 | 4:59.40 | +38.94 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 18 | 角 壱茶 | 八幡工高 | 5:06.24 | +45.78 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 19 | 小林 拓斗 | 水口東高 | 5:15.10 | +54.64 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 20 | 三嶋 奏汰 | 河瀬高 | 5:20.38 | +59.92 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 21 | 清岡 悠輝 | 幸福関西高 | 5:21.11 | +1:00.65 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 22 | 下村 駿 | 彦根東高 | 5:32.95 | +1:12.49 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 23 | 北川 稜馬 | 八幡商高 | 5:44.45 | +1:23.99 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |