| 1 | 吉田 星 | 東海大札幌高校 | 3:42.27 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | 梅田 大陸 | 須磨学園高校 | 3:46.78 | +4.51 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 3 | 飯干 颯大 | 智辯カレッジ高 | 3:47.34 | +5.07 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 4 | 小菅 誠太 | 一関学院 | 3:49.31 | +7.04 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 5 | 中島 陸斗 | 鹿児島鹿児島城西高 | 3:49.78 | +7.51 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 6 | 森田 瑛仁 | 市立松戸高校 | 3:50.30 | +8.03 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 7 | 俵 匠生 | 長崎日本大学高 | 3:50.55 | +8.28 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 8 | 矢野 侑典 | 宮崎小林 | 3:50.69 | +8.42 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 9 | 百田 好希 | 鎮西学院高校 | 3:51.05 | +8.78 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 10 | 尾池 駿一 | 城ノ内中等高 | 3:51.22 | +8.95 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
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| 11 | 中村 仁 | 津島東 | 3:51.46 | +9.19 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 12 | 齋藤 瑠来 | 北見北斗高校 | 3:52.18 | +9.91 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 13 | 山本 圭悟 | 米子東 | 3:53.13 | +10.86 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 14 | 梅津 雄飛 | 白樺学園高校 | 3:53.73 | +11.46 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 15 | 関口 海翔 | 前橋育英高校 | 3:53.78 | +11.51 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 16 | 渡邊 来希 | 早稲佐高 | 3:54.13 | +11.86 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 17 | 田中 允紳 | 熊本九州学院 | 3:54.37 | +12.10 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 18 | 森田 陽翔 | 豊川 | 3:54.49 | +12.22 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 19 | 松崎 悠生 | 浜田商業高 | 3:55.39 | +13.12 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 20 | 三好 悠太 | 宇和 | 3:55.66 | +13.39 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 21 | 高橋 理央 | 松山商高 | 3:57.63 | +15.36 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 22 | 黒川 蒼介 | 四学香川西高 | 3:59.88 | +17.61 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
