| 1 | 吉田 太郎 | 鳥取城北高校 | 3:52.09 | | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 2 | 齋藤 瑠来 | 北見北斗高校 | 3:52.79 | +0.70 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 3 | 竹ノ下 鳳瞳 | 鳥取城北高校 | 3:54.28 | +2.19 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 4 | 清水 悠翔 | 城西大城西高校 | 3:54.39 | +2.30 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 5 | 松本 育也 | 那須拓陽高校 | 3:55.88 | +3.79 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 6 | 小林 亮太 | 神奈川大学 | 3:56.60 | +4.51 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 7 | 谷 隆誠 | 滋賀学園高校 | 3:57.42 | +5.33 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 8 | 後藤 立樹 | 日大三島高校 | 3:58.42 | +6.33 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 9 | 佐藤 煉 | 滋賀学園高校 | 4:01.08 | +8.99 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 10 | 佐藤 陽紀 | 相洋高校 | 4:02.26 | +10.17 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
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| 11 | 福田 遥己 | 武蔵越生高校 | 4:02.38 | +10.29 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 12 | 滝澤 秀斗 | 上伊那農業高校 | 4:02.53 | +10.44 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 13 | 石岡 煌星 | 武蔵越生高校 | 4:04.30 | +12.21 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 14 | 櫻井 琉衣 | 東京農大三高校 | 4:05.50 | +13.41 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 15 | 松下 幸永 | 城西大城西高校 | 4:05.69 | +13.60 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 16 | 松永 祐樹 | 石神井高校 | 4:05.76 | +13.67 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 17 | 菅原 泉吹 | 青森山田高校 | 4:06.78 | +14.69 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 18 | 兼平 脩大 | 青森山田高校 | 4:07.80 | +15.71 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 19 | 嶋田 楓 | 相洋高校 | 4:08.69 | +16.60 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 20 | 岡 晄羅 | 城西大城西高校 | 4:10.40 | +18.31 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 21 | 茂木 琳 | 城西大城西高校 | 4:11.20 | +19.11 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 22 | 鈴木 士愛 | 長野日大高校 | 4:13.36 | +21.27 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 23 | 君山 太一 | 城西大城西高校 | 4:13.78 | +21.69 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 24 | 益田 翔碧 | 相洋高校 | 4:14.76 | +22.67 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 25 | 鍵元 夢生 | 遊学館高校 | 4:17.33 | +25.24 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 26 | 清水 颯 | 山梨学院高校 | 4:21.72 | +29.63 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |