| 1 | 少路 悠人 | 大分東明高校 | 9:05.07 | | 県高校総体オープンの部 |
| 2 | 市川 大貴 | 別府鶴見丘高 | 9:08.61 | +3.54 | トップアスリート大分プロジェクト 第80回大分県陸上競技選手権大会 |
| 3 | 中山田 蒼汰 | 大分東明高校 | 9:09.55 | +4.48 | 県高校総体オープンの部 |
| 4 | 森 健大朗 | 藤蔭高 | 9:24.78 | +19.71 | 県高校総体オープンの部 |
| 5 | 嶋本 はな乃 | 福岡・筑紫女学園 | 9:31.69 | +26.62 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 6 | 一木 亜美 | 福岡・東筑 | 9:32.92 | +27.85 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 7 | 領家 虹心 | 福大若葉高 | 9:33.64 | +28.57 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 8 | 宮本 さくら | 諫早 | 9:42.44 | +37.37 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 9 | 河野 宅摩 | 高田高 | 9:43.97 | +38.90 | 2026年度 第１回春季陸上競技大会 |
| 10 | 光岡 琴奈 | 白石 | 9:47.78 | +42.71 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
|
| 11 | 岩谷 采音 | 白石 | 9:58.03 | +52.96 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 12 | 古賀 孟 | 藤蔭高 | 10:00.94 | +55.87 | トップアスリート大分プロジェクト 第80回大分県陸上競技選手権大会 |
| 13 | 深水 陽香 | 大分西高 | 10:01.79 | +56.72 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 14 | 深水 陽香 | 大分・大分西 | 10:02.15 | +57.08 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 15 | 森 若菜 | 創成館高 | 10:06.94 | +1:01.87 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 16 | 宇野 史栞 | 佐賀清和 | 10:15.75 | +1:10.68 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 17 | 若林 美咲 | 大分東明高校 | 10:18.03 | +1:12.96 | 県高校総体オープンの部 |
| 18 | 井野上 流星 | 三重総合高 | 10:26.46 | +1:21.39 | 県高校総体オープンの部 |
| 19 | 後藤 優人 | 大分舞鶴高 | 10:30.19 | +1:25.12 | トップアスリート大分プロジェクト 第80回大分県陸上競技選手権大会 |
| 20 | 梶原 眞優 | 藤蔭高 | 10:34.47 | +1:29.40 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 21 | 梶原 眞優 | 大分・藤蔭 | 11:06.20 | +2:01.13 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 22 | 内藤 凪紗 | 大分舞鶴高 | 11:28.59 | +2:23.52 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 23 | 玉田 ちひろ | 臼杵高 | 12:11.51 | +3:06.44 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
