| 1 | メリー ムソニ高1 | 青森山田高校 | 4:24.94 | | 第79回国民スポーツ大会 |
| 2 | 村松 帆乃美 | 東海大相模高校 | 4:25.78 | +0.84 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 3 | 是枝 愛香中3 | 内部中 | 4:25.81 | +0.87 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 4 | 井上 佳奈 | 山形城北 | 4:26.68 | +1.74 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 5 | 中里 樹乃 | 山梨学院高校 | 4:27.19 | +2.25 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 6 | 平井 芽衣中2 | 錦ケ丘中 | 4:27.20 | +2.26 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 7 | 瀬戸口 恋空 | 鹿児島神村学園 | 4:28.16 | +3.22 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 8 | 東 心絆 | 銀河学院高校 | 4:28.21 | +3.27 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 9 | 石原 万結高1 | 仙台育英高校 | 4:28.98 | +4.04 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 10 | 南 和奏高1 | 岡山朝日高 | 4:29.22 | +4.28 | 第79回国民スポーツ大会 |
|
| 11 | 立石 沙里菜 | 城東 | 4:29.49 | +4.55 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 12 | 菊池 恵愛高1 | 花巻東高校 | 4:29.50 | +4.56 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 13 | 福嶋 円嘉高1 | 大分東明高校 | 4:30.39 | +5.45 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 14 | 近藤 楓香高1 | 聖カタリナ学園高 | 4:32.75 | +7.81 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 15 | 源代 恵麻高1 | 新居浜東高 | 4:32.86 | +7.92 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 16 | 原 梨珠中3 | 駒ヶ根赤穂中 | 4:33.13 | +8.19 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 17 | 藤田 琉里高1 | 比叡山高 | 4:34.69 | +9.75 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 18 | 藤澤 心々高1 | 共愛学園高校 | 4:34.84 | +9.90 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 19 | 本田 佳穂 | 長崎商高 | 4:35.46 | +10.52 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 20 | 大峠 ほたる | 益田 | 4:36.44 | +11.50 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 21 | 牧野 智彩高1 | 草津東高 | 4:37.05 | +12.11 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 22 | 高橋 愛紗 | 秋田工 | 4:37.39 | +12.45 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 23 | 日下 琉楓高1 | 学法石川高校 | 4:39.96 | +15.02 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 24 | 奥村 望愛高1 | 鯖江高校 | 4:40.41 | +15.47 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 25 | 石田 紗和高2 | 草津東高 | 4:43.69 | +18.75 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 26 | 新谷 恵麻 | 山田 | 4:44.59 | +19.65 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 27 | 植田 涼音 | 草津東高 | 4:51.97 | +27.03 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 28 | 能海 茉莉高2 | 草津東高 | 4:58.93 | +33.99 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 29 | 小川 紗希高1 | 水口東高 | 4:59.47 | +34.53 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 30 | 久保 友香高1 | 水口東高 | 5:00.40 | +35.46 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 31 | 中西 葵衣 | 膳所高 | 5:01.66 | +36.72 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 32 | 影山 真央 | 岐阜協立大学 | 5:02.15 | +37.21 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 33 | 小川 由衣 | 水口東高 | 5:05.84 | +40.90 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 34 | 菊地 桜香高1 | 草津東高 | 5:06.36 | +41.42 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 35 | 中江 保子 | 近江八幡AC | 5:09.68 | +44.74 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 36 | 川勝 裕夏 | 大将軍陸上ク | 5:10.61 | +45.67 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 37 | 坂東 慶子 | 滋賀マスターズAC | 5:12.35 | +47.41 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 38 | 土田 莉緒高1 | 伊実高 | 5:13.15 | +48.21 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 39 | 土田 愛那 | 大津商高 | 5:17.16 | +52.22 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 40 | 上野 心愛中2 | 粟津中 | 5:21.02 | +56.08 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 41 | 早尻 充春 | 滋賀短大附高 | 5:26.34 | +1:01.40 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 42 | 眞壁 芽依子高1 | 立命館守山高 | 5:28.36 | +1:03.42 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 43 | 川岸 杏寧 | 甲西 | 5:31.32 | +1:06.38 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 44 | 岩永 みのり中2 | 信楽中 | 5:31.37 | +1:06.43 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 45 | 西村 彩沙高1 | 甲西高 | 5:32.96 | +1:08.02 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 46 | 矢野 芭音高2 | 水口高 | 5:35.53 | +1:10.59 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 47 | 山本 蒼中3 | 水口東中 | 5:36.04 | +1:11.10 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 48 | 山本 汐莉 | 登別明日中等 | 5:36.50 | +1:11.56 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 49 | 澤 芽唯 | 水口東高 | 5:37.34 | +1:12.40 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 50 | 雲林院 心菜 | 彦根総合高 | 5:37.91 | +1:12.97 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 51 | 長﨑 碧高1 | 米原高 | 5:38.92 | +1:13.98 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 52 | 髙橋 有咲 | 北大津高養 | 5:41.52 | +1:16.58 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 53 | 安東 美紗高1 | 草津東高 | 5:41.72 | +1:16.78 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 54 | 藤田 七海高2 | 彦根翔西館高 | 5:43.47 | +1:18.53 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 55 | 山﨑 千尋 | 水口東高 | 5:48.46 | +1:23.52 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 56 | 勝間 千瑳 | 虎姫高 | 5:48.69 | +1:23.75 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 57 | 岡 英美佳高1 | 幸福関西高 | 5:49.20 | +1:24.26 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 58 | 村上 令奈 | 河瀬高 | 5:57.16 | +1:32.22 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 59 | 山元 彩音高1 | 滋賀短大附高 | 6:03.18 | +1:38.24 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 60 | 清水 早耶音 | 水口東高 | 6:04.68 | +1:39.74 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 61 | 稲葉 あまね | 光泉カトリック高 | 6:21.10 | +1:56.16 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
