| 1 | 柴田 大地 | 中央大学 | 3:44.96 | | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 2 | 高坂 光希 | 札幌学院大学 | 3:46.53 | +1.57 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 3 | 後藤 琉太朗 | 中央大学 | 3:46.84 | +1.88 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 4 | 片桐 貫太 | MORE | 3:49.73 | +4.77 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 5 | 美馬 伊吹 | 環太平洋大学 | 3:50.19 | +5.23 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 6 | 吉田 山登 | 平成国際大学 | 3:50.21 | +5.25 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 7 | 加藤 元晴 | 拓殖大学 | 3:50.65 | +5.69 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 8 | 東 純大 | 鹿屋体育大学 | 3:51.20 | +6.24 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 9 | 中村 光樹 | 武蔵野学院大学 | 3:51.36 | +6.40 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 10 | 吉田 僚 | 環太平洋大学 | 3:53.47 | +8.51 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
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| 11 | 大森 智 | 東京大学 | 3:54.79 | +9.83 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 12 | 佐藤 瑞 | 慶應義塾大学 | 3:55.39 | +10.43 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 13 | 橋本 陽太 | 日本体育大学 | 3:55.92 | +10.96 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 14 | 宮本 凪 | 城西大学 | 3:56.21 | +11.25 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 15 | 酒巻 輝希 | 埼玉陸協 | 3:57.75 | +12.79 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 16 | 加世堂 懸 | 明治大学 | 3:58.27 | +13.31 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 17 | 竹石 優 | 環太平洋大学 | 3:58.63 | +13.67 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 18 | 三柴 嗣音 | 聖学院大学 | 4:00.23 | +15.27 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 19 | 梶岡 拓真 | 一橋大学 | 4:00.89 | +15.93 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 20 | 尾崎 遮那 | 山梨学院大学 | 4:01.02 | +16.06 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 21 | 儘田 蓮冬 | 千葉大学 | 4:03.24 | +18.28 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 22 | 福島 孝介 | 国際武道大学 | 4:03.71 | +18.75 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 23 | 田沼 知樹 | 札幌学院大学 | 4:03.96 | +19.00 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 24 | 松尾 悠登 | 東京国際大学 | 4:04.08 | +19.12 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 25 | 渡邉 慶大 | 東京大学 | 4:05.58 | +20.62 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 26 | 堀 翼 | 日本体育大学 | 4:13.98 | +29.02 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 27 | 山田 勇斗 | 日本体育大学 | 4:14.62 | +29.66 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 28 | 志村 優太 | 帝京大学 | 4:15.71 | +30.75 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 29 | 矢野 凜誠 | 城西大学 | 4:16.58 | +31.62 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 30 | 杉井 淳人 | 帝京大学 | 4:17.95 | +32.99 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 31 | 中原 諒一朗 | 帝京大学 | 4:20.02 | +35.06 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 32 | 棚田 徹志 | 千葉大学 | 4:23.54 | +38.58 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 33 | 平澤 蒼 | 帝京大学 | 4:25.26 | +40.30 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |