| 1 | 下森 美咲 | 豊田自動織機 | 9:23.40 | | エディオンディスタンスチャレンジin大阪2025 |
| 2 | 竜田 そら | シスメックス | 9:25.71 | +2.31 | 2025ホクレン・ディスタンスチャレンジin北海道 第4戦 北見大会 |
| 3 | 蓑毛 愛子 | 大東文化大学 | 9:25.94 | +2.54 | 日体大女子長距離競技会 |
| 4 | 塩﨑 彩理 | 大東文化大学 | 9:30.52 | +7.12 | 日体大女子長距離競技会 |
| 5 | 小園 怜華 | 京セラ | 9:30.62 | +7.22 | ホクレン・ディスタンスチャレンジ2025 第5戦 網走会場 |
| 6 | 深澤 雫月 | 第一生命グループ | 9:31.14 | +7.74 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 7 | 吉田 莉帆 | ユニバーサルエンターテインメント | 9:35.69 | +12.29 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 8 | 深澤 雫月 | DaiichiLife | 9:38.47 | +15.07 | ホクレン・ディスタンスチャレンジ2025 第5戦 網走会場 |
| 9 | 新名 春風 | 豊田自動織機 | 9:38.51 | +15.11 | エディオンディスタンスチャレンジin大阪2025 |
| 10 | 野上 菜那 | パナソニック | 9:41.11 | +17.71 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
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| 11 | 益塚 稀 | 東京農業大学 | 9:42.14 | +18.74 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 12 | 武田 胡春 | 中央大学 | 9:42.84 | +19.44 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 13 | 新 楓菜 | ノーリツ | 9:46.43 | +23.03 | エディオンディスタンスチャレンジin大阪2025 |
| 14 | 宮内 結愛 | 第一生命グループ | 9:48.94 | +25.54 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 15 | 石田 萌笑 | 資生堂 | 9:50.64 | +27.24 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 16 | 鬼柳 礼夢 | 拓殖大学 | 9:53.92 | +30.52 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 17 | 川上 羽詩 | 京セラ | 9:55.08 | +31.68 | 2025ホクレン・ディスタンスチャレンジin北海道 第4戦 北見大会 |
| 18 | 齋藤 一乃 | 日本体育大学 | 9:55.57 | +32.17 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 19 | 安田 瑠捺 | ワコール | 9:57.53 | +34.13 | エディオンディスタンスチャレンジin大阪2025 |
| 20 | 杉本 桃香 | 埼玉医科大学G | 9:58.07 | +34.67 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 21 | 瀬戸 悠理 | 拓殖大学 | 10:01.80 | +38.40 | 日体大女子長距離競技会 |
| 22 | 近澤 里奈 | センコー | 10:02.78 | +39.38 | エディオンディスタンスチャレンジin大阪2025 |
| 23 | 和田 瑞希 | 順天堂大学 | 10:04.97 | +41.57 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 24 | 寺川 奈那 | 立教大学 | 10:05.10 | +41.70 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 25 | 佐藤 鳳羽 | スターツ | 10:05.81 | +42.41 | 日体大女子長距離競技会 |
| 26 | 中島 汐菜 | 亜細亜大学 | 10:06.51 | +43.11 | 日体大女子長距離競技会 |
| 27 | 八品 遥 | 順天堂大学 | 10:06.55 | +43.15 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 28 | 松田 有加 | 亜細亜大学 | 10:09.31 | +45.91 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 29 | 井上 愛梨 | 立教大学 | 10:11.89 | +48.49 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 30 | 日向 結菜 | 札幌国際大学 | 10:20.37 | +56.97 | 日体大女子長距離競技会 |
| 31 | 箱田 莉奈 | 東京女子体育大学 | 10:21.20 | +57.80 | 日体大女子長距離競技会 |
| 32 | 武田 亜子 | 早稲田大学 | 10:24.15 | +1:00.75 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 33 | 保坂 萌 | 拓殖大学 | 10:25.51 | +1:02.11 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 34 | 渡部 莉奈 | コモディイイダ | 10:25.95 | +1:02.55 | 日体大女子長距離競技会 |
| 35 | 須山 沙奈 | 東京農業大学 | 10:27.50 | +1:04.10 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 36 | 二色 悠楽 | 日本女子体育大学 | 10:42.69 | +1:19.29 | 日体大女子長距離競技会 |
| 37 | 小嶋 聖來 | 拓殖大学 | 10:42.79 | +1:19.39 | 日体大女子長距離競技会 |
| 38 | 巽 映里香 | 国際武道大学 | 10:44.16 | +1:20.76 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 39 | 槇田 彩織 | 玉川大学 | 10:47.34 | +1:23.94 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 40 | 山田 莉友 | 日本体育大学 | 10:51.29 | +1:27.89 | 日体大女子長距離競技会 |
| 41 | 長野 桃子 | 東京女子体育大学 | 11:09.05 | +1:45.65 | 日体大女子長距離競技会 |
| 42 | 椎名 渚 | 法政大学 | 11:11.30 | +1:47.90 | 日体大女子長距離競技会 |
| 43 | 椎名 渚 | 法政大学第二体育会陸上競技部 | 11:24.64 | +2:01.24 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 44 | 中塚 美聡 | 日本女子体育大学 | 11:25.51 | +2:02.11 | 日体大女子長距離競技会 |
| 45 | 中村 安緒衣 | 明治国際医療大学 | 11:38.29 | +2:14.89 | 日体大女子長距離競技会 |