| 1 | 竹信 祐太郎高3 | 福工大城東高 | 9:06.77 | | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 2 | 大石 隼輔 | 福岡・福岡第一 | 9:13.69 | +6.92 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 3 | 砂浪 悠人 | 福岡・近大福岡 | 9:13.90 | +7.13 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 4 | 森 優太 | 福岡・自由ケ丘 | 9:13.92 | +7.15 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 5 | 首藤 成央 | 大分・大分東明 | 9:16.64 | +9.87 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 6 | 岸本 羽琉 | 福岡・自由ケ丘 | 9:18.39 | +11.62 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 7 | 手島 雄大 | 佐賀・鳥栖工 | 9:25.63 | +18.86 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 8 | 笹岡 真光 | 長崎・佐世保北 | 9:30.19 | +23.42 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 9 | 首藤 成央高3 | 大分東明高校 | 9:35.15 | +28.38 | トップアスリート大分プロジェクト 第80回大分県陸上競技選手権大会 |
| 10 | 大窄 麗斗 | 長崎・創成館 | 9:36.79 | +30.02 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
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| 11 | 美登 敬仁高3 | 大分東明高校 | 9:39.09 | +32.32 | トップアスリート大分プロジェクト 第80回大分県陸上競技選手権大会 |
| 12 | 岩本 哲煌高3 | 藤蔭高 | 9:39.96 | +33.19 | トップアスリート大分プロジェクト 第80回大分県陸上競技選手権大会 |
| 13 | 吉田 来夢 | 長崎・長崎日本大学 | 9:43.72 | +36.95 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 14 | 末永 歩睦 | 長崎・佐世保北 | 9:44.15 | +37.38 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 15 | 篠﨑 未來高3 | 大分舞鶴高 | 9:45.60 | +38.83 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 16 | 岩本 哲煌 | 大分・藤蔭 | 9:50.56 | +43.79 | 第79回全国高等学校陸上競技対校選手権大会 北九州地区予選会 |
| 17 | 平田 吏翼 | 日本文理大 | 9:53.55 | +46.78 | トップアスリート大分プロジェクト 第80回大分県陸上競技選手権大会 |
| 18 | 平山 仁翔高1 | 杵築高 | 10:04.39 | +57.62 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 19 | 須賀 大晟高2 | 大分東明高校 | 10:12.65 | +1:05.88 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 20 | 山中 栄樟高3 | 柳ケ浦高 | 10:15.37 | +1:08.60 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 21 | 渡邊 統稀 | RT別府 | 10:18.76 | +1:11.99 | 2026年度 第2回春季陸上競技大会 |
| 22 | 内那 聡太高1 | 藤蔭高 | 10:22.49 | +1:15.72 | トップアスリート大分プロジェクト 第80回大分県陸上競技選手権大会 |
| 23 | 河野 宅摩高3 | 高田高 | 10:25.91 | +1:19.14 | 2026年度 第2回春季陸上競技大会 |
| 24 | 重田 一成 | 大分マス | 10:31.21 | +1:24.44 | トップアスリート大分プロジェクト 第80回大分県陸上競技選手権大会 |
| 25 | 重田 一成 | マスターズ | 10:37.78 | +1:31.01 | 2026年度 第2回春季陸上競技大会 |
| 26 | 畔津 大治郎高3 | 臼杵高 | 10:40.01 | +1:33.24 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 27 | 江藤 太陽高2 | 佐伯鶴城高 | 10:44.91 | +1:38.14 | トップアスリート大分プロジェクト 第80回大分県陸上競技選手権大会 |
| 28 | 吉田 那由太高2 | 鶴崎工高 | 10:51.59 | +1:44.82 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 29 | 髙根澤 清真高1 | 大分舞鶴高 | 11:02.02 | +1:55.25 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 30 | 祖父江 幸志高1 | 大分舞鶴高 | 11:11.83 | +2:05.06 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 31 | 志賀 勇輝 | LEGACY | 11:13.84 | +2:07.07 | トップアスリート大分プロジェクト 第80回大分県陸上競技選手権大会 |
| 32 | 佐藤 叶琉高2 | 別府鶴見丘高 | 11:26.32 | +2:19.55 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 33 | 山本 蒼介高2 | 大分雄城台高 | 11:29.27 | +2:22.50 | 2026年度 第2回春季陸上競技大会 |
| 34 | 鶴田 大雅高1 | 杵築高 | 11:38.06 | +2:31.29 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 35 | 工藤 正人 | 大分陸協 | 11:39.78 | +2:33.01 | トップアスリート大分プロジェクト 第80回大分県陸上競技選手権大会 |
| 36 | 細田 将晴 | 大分大 | 12:12.25 | +3:05.48 | 2026年度 第2回春季陸上競技大会 |
| 37 | 藤井 碧波高2 | 別府鶴見丘高 | 12:22.26 | +3:15.49 | 第74回 大分県高等学校総合体育大会 |
| 38 | 寺林 晃 | 八幡浜体協 | 12:22.35 | +3:15.58 | 2026年度 第2回春季陸上競技大会 |