| 1 | 西 祐杜 | 同志社大学 | 1:52.53 | | 第79回国民スポーツ大会 |
| 2 | 地内 爽流 | 鳥栖工業 | 1:53.52 | +0.99 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 3 | 竹下 朋希 | 岡山大学 | 1:53.74 | +1.21 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 4 | 三枝 琥珀 | 京都産業大学 | 1:54.13 | +1.60 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 5 | 三好 悠太 | 宇和 | 1:54.26 | +1.73 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 6 | 大森 友敬 | 七尾高 | 1:54.76 | +2.23 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 7 | 堀内 盟 | 秋田中央 | 1:56.10 | +3.57 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 8 | 安井 靖射 | 大津商高 | 1:56.55 | +4.02 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 9 | 渡邉 陽仁 | 彦根翔西館高 | 1:58.01 | +5.48 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 10 | 髙橋 琉希 | 大津商高 | 1:58.57 | +6.04 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
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| 11 | 吉田 裕心 | 札幌創成高校 | 1:59.11 | +6.58 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 12 | 西村 悠也 | 水口東高 | 1:59.24 | +6.71 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 13 | 畑 仁智甫 | 膳所高 | 1:59.78 | +7.25 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 14 | 竹内 莉晄 | 草津高 | 2:00.59 | +8.06 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 15 | 大畑 裕一朗 | 智辯和歌山高 | 2:01.66 | +9.13 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 16 | 福永 怜央 | 長浜北高 | 2:02.79 | +10.26 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 17 | 水野 遥翔 | 甲西高 | 2:02.95 | +10.42 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 18 | 吉本 光汰 | 幸福関西高 | 2:03.70 | +11.17 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 19 | 福本 瑛士 | 彦根東高 | 2:05.15 | +12.62 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 20 | 岡野 太智 | 膳所高 | 2:05.28 | +12.75 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 21 | 田中 孝太郎 | 八幡工高 | 2:05.49 | +12.96 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 22 | 重永 瑛太 | 東大津高 | 2:06.13 | +13.60 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 23 | 奥田 涼太郎 | 八日市高 | 2:06.74 | +14.21 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 24 | 白井 佑季 | 光泉カトリック高 | 2:07.04 | +14.51 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 25 | 葛川 宗佑 | 長浜北高 | 2:08.11 | +15.58 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 26 | 荒木 睦桔 | 水口東高 | 2:08.53 | +16.00 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 27 | 中北 洸太 | 八幡工高 | 2:08.57 | +16.04 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 28 | 岡田 隆之介 | 水口東高 | 2:09.77 | +17.24 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 29 | 牛谷 和士 | 虎姫高 | 2:11.00 | +18.47 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 30 | 光岡 翼 | 八幡商高 | 2:11.28 | +18.75 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 31 | 中川 雄心 | 彦根東高 | 2:13.55 | +21.02 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 32 | 辻 詩雅 | 八日市高 | 2:17.96 | +25.43 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 33 | 髙倉 暖磨 | 八日市高 | 2:24.08 | +31.55 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 34 | 野村 柊仁 | 八幡商高 | 2:26.12 | +33.59 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 35 | 樋脇 佑真 | 八幡工高 | 2:28.69 | +36.16 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |