| 1 | フェリックス ムティアニ | 山梨学院高校 | 3:39.20 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | 新妻 遼己 | 西脇工高 | 3:40.83 | +1.63 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 3 | 山本 聖也 | 高知農高 | 3:42.05 | +2.85 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 4 | 小林 環 | 静岡東高校 | 3:43.50 | +4.30 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 5 | 森 亮太 | 美濃加茂高校 | 3:43.59 | +4.39 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 6 | 伊勢村 羚太 | 滋賀学園高校 | 3:43.96 | +4.76 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 7 | 黒岩 蘭太朗 | 長崎日本大学高 | 3:44.24 | +5.04 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 8 | 簡 子傑 | 仙台育英 | 3:45.26 | +6.06 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 9 | 鈴木 太智 | 中京大中京 | 3:45.50 | +6.30 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 10 | 近藤 寿樹 | 東海大学 | 3:46.66 | +7.46 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
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| 11 | 今村 仁 | 鳥栖工高 | 3:46.85 | +7.65 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 12 | 後藤 颯星 | 酒田南高校 | 3:47.99 | +8.79 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 13 | 森松 彩夢 | 一関学院 | 3:48.32 | +9.12 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 14 | 家光 応輔 | 美方高校 | 3:48.34 | +9.14 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 15 | 大関 星斗 | 土浦日大 | 3:48.58 | +9.38 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 16 | 桒田 旬斗 | 倉敷高 | 3:49.87 | +10.67 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 17 | 氷見 練之介 | 富山商高 | 3:50.25 | +11.05 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 18 | 丸山 展 | 中越 | 3:50.48 | +11.28 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 19 | 佐藤 新太 | 山梨学院 | 3:50.78 | +11.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 20 | 古賀 想太 | 市立前橋 | 3:50.86 | +11.66 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 21 | 根ヶ山 蓮 | 埼玉栄 | 3:51.88 | +12.68 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 22 | 川副 剛煌 | 鳥栖工高 | 3:53.20 | +14.00 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 23 | 山口 翼 | 鯖江高校 | 3:53.55 | +14.35 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 24 | 吉村 莉一郎 | 市立船橋高校 | 3:53.79 | +14.59 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 25 | 深津 良太 | 群馬大学 | 3:54.90 | +15.70 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 26 | 萬壽 元気 | 小林 | 3:55.20 | +16.00 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 27 | 松山 唯人 | 東海大学 | 3:55.65 | +16.45 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 28 | 泉亭 拓海 | 札幌開成高 | 3:56.44 | +17.24 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 29 | 山根 爽楽 | 鳥取城北 | 3:56.46 | +17.26 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 30 | 大濵 康瑛 | 宇部鴻城高 | 3:56.98 | +17.78 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 31 | 白石 慎治 | 宇和 | 3:57.23 | +18.03 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 32 | 稲垣 瑛心 | 稲生 | 3:58.70 | +19.50 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 33 | 那須村 海 | 矢部 | 3:58.93 | +19.73 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 34 | 清水 悠翔 | 城西高 | 3:59.17 | +19.97 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 35 | 清久 時臣 | 倉敷高 | 3:59.64 | +20.44 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 36 | 三谷 大輝 | 英明高 | 4:00.48 | +21.28 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 37 | 西 晃生 | 清和大学 | 4:00.76 | +21.56 | 第36回関東学生新人陸上競技選手権大会兼関東学生リレー競技会 |
| 38 | 齊藤 弘世 | 札幌山の手高校 | 4:01.63 | +22.43 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 39 | 杉林 良現 | 日本体育大学 | 4:02.85 | +23.65 | 第36回関東学生新人陸上競技選手権大会兼関東学生リレー競技会 |
| 40 | 前田 蒼空 | 敦賀気比高校 | 4:03.01 | +23.81 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 41 | 前田 陽向 | 鹿児島城西 | 4:03.56 | +24.36 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 42 | 関口 空良 | 花咲徳栄高校 | 4:04.68 | +25.48 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 43 | 山本 悠悟 | 國學院大学 | 4:14.21 | +35.01 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
