| 1 | 立迫 大徳 | 早稲田大学 | 3:42.76 | | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 2 | 寺田 向希 | 中央大学 | 3:44.15 | +1.39 | 2025ホクレン・ディスタンスチャレンジin北海道 第4戦 北見大会 |
| 3 | 大場 崇義 | 城西大学 | 3:46.68 | +3.92 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 4 | 馬場 アンジェロ光 | 東洋大学 | 3:46.96 | +4.20 | 第20回トワイライト・ゲームス |
| 5 | 井口 愁斗 | 東京国際大学 | 3:46.98 | +4.22 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 6 | 大門 晃士 | 早大同 | 3:47.03 | +4.27 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 7 | 野川 元希 | 明治大学 | 3:47.20 | +4.44 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 8 | 井口 愁斗 | - | 3:47.40 | +4.64 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 9 | 橋本 健市 | 城西大学 | 3:48.22 | +5.46 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 10 | 青木 丈侑 | 三重陸協 | 3:48.40 | +5.64 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
|
| 11 | 齋藤 一筋 | 創価大学 | 3:48.70 | +5.94 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 12 | 大門 晃士 | 早稲田大学 | 3:48.75 | +5.99 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 13 | 八巻 琉伊 | 国士舘大学 | 3:48.87 | +6.11 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 14 | 中川 拓海 | 順天堂大学 | 3:48.90 | +6.14 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 15 | 久山 大祐 | 関西学院大学 | 3:49.76 | +7.00 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 16 | 梅原 悠良 | - | 3:49.96 | +7.20 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 17 | 関野 大空 | 明治学院大学 | 3:49.99 | +7.23 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 18 | 寺田 向希 | - | 3:50.00 | +7.24 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 19 | 陳内 紫音 | 東洋大学 | 3:50.98 | +8.22 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 20 | 成沢 翔英 | 慶應義塾大学 | 3:51.02 | +8.26 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 21 | 平野 音郁 | 亜細亜大学 | 3:51.60 | +8.84 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 22 | 立迫 大徳 | - | 3:53.14 | +10.38 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 23 | 小野 太廊 | 日本体育大学 | 3:53.48 | +10.72 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 24 | 野間 黎矢 | 神奈川大学 | 3:53.50 | +10.74 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 25 | 花井 日友雅 | 帝京大学 | 3:53.92 | +11.16 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 26 | 成田 太陽 | 拓殖大学 | 3:54.60 | +11.84 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 27 | 秋山 稟央 | 駒澤大学 | 3:55.55 | +12.79 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 28 | 前川 拓斗 | 立教大学 | 3:55.82 | +13.06 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 29 | 湧川 辰哉 | 関東学院大学 | 3:56.17 | +13.41 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 30 | 庄司 孔 | 東京国際大学 | 3:57.41 | +14.65 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 31 | 辻 爽良 | 防衛大 | 3:57.55 | +14.79 | 第36回関東学生新人陸上競技選手権大会兼関東学生リレー競技会 |
| 32 | 吉岡 龍一 | 千葉陸協 | 3:57.64 | +14.88 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 33 | 岩崎 輝翔 | 帝京大学 | 3:58.33 | +15.57 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 34 | 遠藤 煌斗 | 日本体育大学 | 3:58.39 | +15.63 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 35 | 藤本 祐輔 | 東洋大学 | 3:59.15 | +16.39 | 第36回関東学生新人陸上競技選手権大会兼関東学生リレー競技会 |
| 36 | 森 陸飛 | 帝京大学 | 4:00.05 | +17.29 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 37 | 間 翔太 | 立教大学 | 4:01.65 | +18.89 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 38 | 垣内 翼 | 帝京大学 | 4:03.22 | +20.46 | 第36回関東学生新人陸上競技選手権大会兼関東学生リレー競技会 |
| 38 | 小黒 慧 | 日本体育大学 | 4:03.22 | +20.46 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 40 | 山田 望仁 | 東京大学 | 4:03.31 | +20.55 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 41 | 横内 駿 | 札幌学院大学 | 4:06.54 | +23.78 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 42 | 森田 歩充 | 帝京大学 | 4:09.02 | +26.26 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 43 | 青木 博希 | 玉川大学 | 4:09.62 | +26.86 | 第36回関東学生新人陸上競技選手権大会兼関東学生リレー競技会 |
| 44 | 砂川 大和 | 帝京大学 | 4:12.60 | +29.84 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 45 | 杉山 翔梧 | 湘南工科大学 | 4:16.56 | +33.80 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 46 | 鈴木 朝陽 | 東北大学 | 4:17.61 | +34.85 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 47 | 和佐田 拓海 | 育英大学 | 4:18.55 | +35.79 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |