| 1 | 大野 聖登 | 順天堂大学 | 3:39.95 | | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 2 | 青木 龍翔 | 立教大学 | 3:40.39 | +0.44 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 3 | 中村 晃斗 | 志學館大 | 3:42.69 | +2.74 | 第20回トワイライト・ゲームス |
| 4 | 柴田 大地 | 中央大学 | 3:44.96 | +5.01 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 5 | 高坂 光希 | 札幌学院大学 | 3:46.53 | +6.58 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 6 | 後藤 琉太朗 | 中央大学 | 3:46.84 | +6.89 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 7 | 森玉 鳳雅 | 関西大学 | 3:48.55 | +8.60 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 8 | 塩原 匠 | 富士山GX | 3:48.57 | +8.62 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 9 | 田中 純 | 東洋大学 | 3:49.06 | +9.11 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 10 | 片桐 貫太 | MORE | 3:49.73 | +9.78 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
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| 11 | 加藤 元晴 | 拓殖大学 | 3:49.98 | +10.03 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 12 | 美馬 伊吹 | 環太平洋大学 | 3:50.19 | +10.24 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 13 | 吉田 山登 | 平成国際大学 | 3:50.21 | +10.26 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 14 | 東 純大 | 鹿屋体育大学 | 3:50.27 | +10.32 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 15 | 小川 晴也 | 広島経済大学 | 3:50.89 | +10.94 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 16 | 國森 郁光 | 山口大学 | 3:51.13 | +11.18 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 17 | 中村 光樹 | 武蔵野学院大学 | 3:51.36 | +11.41 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 18 | 吉田 僚 | 環太平洋大学 | 3:52.21 | +12.26 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 19 | 戸田 夏輝 | NDソフト | 3:53.21 | +13.26 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 20 | 大森 智 | 東京大学 | 3:54.79 | +14.84 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 21 | 岩野 史弥 | 関西大学 | 3:54.90 | +14.95 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 22 | 藪田 虎志朗 | 立命館大学 | 3:55.14 | +15.19 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 23 | 佐藤 瑞 | 慶應義塾大学 | 3:55.39 | +15.44 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 24 | 橋本 陽太 | 日本体育大学 | 3:55.92 | +15.97 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 25 | 宮本 凪 | 城西大学 | 3:56.21 | +16.26 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 26 | 小松 幹汰 | 環太平洋大学 | 3:56.62 | +16.67 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 27 | 西園 悠人 | 大阪公立大学 | 3:56.94 | +16.99 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 28 | 野田 大晴 | 慶應義塾大学 | 3:57.11 | +17.16 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 29 | 加世堂 懸 | 明治大学 | 3:57.73 | +17.78 | 2025ホクレン・ディスタンスチャレンジin北海道 第4戦 北見大会 |
| 30 | 酒巻 輝希 | 埼玉陸協 | 3:57.75 | +17.80 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 31 | 竹石 優 | 環太平洋大学 | 3:58.63 | +18.68 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 32 | 渡邉 憲司 | 筑波大学 | 3:58.92 | +18.97 | 第36回関東学生新人陸上競技選手権大会兼関東学生リレー競技会 |
| 33 | 松尾 悠登 | 東京国際大学 | 3:59.94 | +19.99 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 34 | 三柴 嗣音 | 聖学院大学 | 4:00.23 | +20.28 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 35 | 渡邉 優典 | 東北大学 | 4:00.54 | +20.59 | 第20回トワイライト・ゲームス |
| 36 | 梶岡 拓真 | 一橋大学 | 4:00.89 | +20.94 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 37 | 尾崎 遮那 | 山梨学院大学 | 4:01.02 | +21.07 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 38 | 西脇 駿 | 関西大学 | 4:01.12 | +21.17 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 39 | 儘田 蓮冬 | 千葉大学 | 4:03.24 | +23.29 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 40 | 福島 孝介 | 国際武道大学 | 4:03.71 | +23.76 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 41 | 田沼 知樹 | 札幌学院大学 | 4:03.96 | +24.01 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 42 | 渡邉 慶大 | 東京大学 | 4:05.58 | +25.63 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 43 | 嘉良戸 翔太 | 関西学院大学 | 4:09.04 | +29.09 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 44 | 堀 翼 | 日本体育大学 | 4:13.98 | +34.03 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 45 | 山田 勇斗 | 日本体育大学 | 4:14.62 | +34.67 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 46 | 志村 優太 | 帝京大学 | 4:15.71 | +35.76 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 47 | 矢野 凜誠 | 城西大学 | 4:16.58 | +36.63 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 48 | 杉井 淳人 | 帝京大学 | 4:17.95 | +38.00 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 49 | 中原 諒一朗 | 帝京大学 | 4:20.02 | +40.07 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 50 | 棚田 徹志 | 千葉大学 | 4:23.54 | +43.59 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 51 | 平澤 蒼 | 帝京大学 | 4:25.26 | +45.31 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |