| 1 | 近藤 寿樹 | 東海大学 | 3:40.07 | | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 2 | 川口 峻太朗 | 順天堂大学 | 3:43.51 | +3.44 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 3 | 森 亮太 | 順天堂大学 | 3:45.71 | +5.64 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 4 | 村上 遵世 | 創価大学 | 3:46.39 | +6.32 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 5 | 松山 唯人 | 東海大学 | 3:47.20 | +7.13 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 6 | 大藪 遙斗 | 青山学院大学 | 3:47.43 | +7.36 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 7 | 保芦 摩比呂 | 創価大学 | 3:47.77 | +7.70 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 8 | 佐藤 新太 | 東京国際大学 | 3:48.24 | +8.17 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 9 | 内田 涼太 | 創価大学 | 3:48.51 | +8.44 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 10 | 山本 悠悟 | 國學院大學 | 3:48.64 | +8.57 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
|
| 11 | 田村 幸太 | 創価大学 | 3:49.60 | +9.53 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 12 | 小林 環 | 明治大学 | 3:51.43 | +11.36 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 13 | 五十嵐 新太 | 國學院大學 | 3:51.62 | +11.55 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 14 | 根ヶ山 蓮 | 埼玉栄 | 3:52.25 | +12.18 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 15 | 山崎 寿和 | 神奈川大学 | 3:53.21 | +13.14 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 16 | 丸山 堪大 | 城西国際大学 | 3:53.27 | +13.20 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 17 | 大関 星斗 | 芝浦工業大学 | 3:53.59 | +13.52 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 18 | 白岩 敬吾 | 山梨学院大学 | 3:54.00 | +13.93 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 19 | 落合 智優 | 帝京大学 | 3:54.14 | +14.07 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 20 | 矢島 旬 | 桜美林大学 | 3:54.33 | +14.26 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 21 | 池田 琢真 | 武蔵野学院大学 | 3:54.49 | +14.42 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 22 | 髙橋 功平 | 神奈川大学 | 3:54.52 | +14.45 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 23 | 石田 優 | 山梨学院大学 | 3:54.57 | +14.50 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 24 | 山崎 碧葉 | 神奈川大学 | 3:54.77 | +14.70 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 25 | 佐伯 俊徳 | 東海大学 | 3:54.84 | +14.77 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 26 | 小林 歩夢 | 神奈川大学 | 3:55.28 | +15.21 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 27 | 石崎 友太朗 | 早稲田大学 | 3:55.86 | +15.79 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 28 | 梅原 龍聖 | 立正大学 | 3:56.26 | +16.19 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 29 | 松山 優太 | 東海大学 | 3:56.27 | +16.20 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 30 | 高森 はる | 芝浦工業大学 | 3:56.83 | +16.76 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 30 | 山 本祐貴 | 慶應義塾大学 | 3:56.83 | +16.76 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 32 | 田村 竜吾 | 慶應義塾大学 | 3:57.75 | +17.68 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 33 | 渡邊 義仁 | 芝浦工業大学 | 3:57.87 | +17.80 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 34 | 佐藤 楓羽 | - | 3:58.10 | +18.03 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 35 | 八嶋 春樹 | 芝浦工業大学 | 3:58.28 | +18.21 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 36 | 黒岩 蘭太朗 | 東洋大学 | 3:58.69 | +18.62 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 37 | 太田 翼 | - | 3:58.89 | +18.82 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 38 | 加藤 倖太 | 東京経済大学 | 3:59.08 | +19.01 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 39 | 田中 敬 | 芝浦工業大学 | 3:59.20 | +19.13 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 39 | 曽我 瑛 | 清新JAC | 3:59.20 | +19.13 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 41 | 笠嶋 祐樹 | 芝浦工業大学 | 3:59.46 | +19.39 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 42 | 佐藤 和隆 | 電気通信大学 | 3:59.53 | +19.46 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 43 | 吉田 悠輝 | 関東学院大学 | 4:00.13 | +20.06 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 44 | 篠原 真仁 | 明治学院大学 | 4:00.21 | +20.14 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 45 | 川又 大知 | 東海大学 | 4:01.18 | +21.11 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 46 | 高松 桜太 | 芝浦工業大学 | 4:01.66 | +21.59 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 47 | 千葉 純矢 | - | 4:01.98 | +21.91 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 48 | 下島 凌空 | 芝浦工業大学 | 4:02.00 | +21.93 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 49 | 小田垣 茉周 | 神奈川大学 | 4:02.23 | +22.16 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 50 | 髙橋 泰生 | 芝浦工業大学 | 4:02.56 | +22.49 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 51 | 伊藤 柊翔 | 清和大学 | 4:02.61 | +22.54 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 52 | 笠嶋 佑樹 | 芝浦工業大学 | 4:03.21 | +23.14 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 53 | 水野 太介 | 芝浦工業大学 | 4:03.40 | +23.33 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 54 | 小塚 希生 | 関東学院大学 | 4:04.97 | +24.90 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 55 | 山川 真裕 | 東京陸協 | 4:06.29 | +26.22 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 56 | 中村 悠吾 | 芝浦工業大学 | 4:06.80 | +26.73 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 57 | 梶尾 秀汰 | 清和大学 | 4:06.88 | +26.81 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 58 | 鈴木 瑛太 | - | 4:08.32 | +28.25 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 59 | 日下 稜空 | - | 4:08.69 | +28.62 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 60 | 佐川 旭 | 湘南工科大学 | 4:08.80 | +28.73 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 61 | 高橋 真輝 | - | 4:09.25 | +29.18 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 62 | 川口 陽平 | 法政大学 | 4:10.89 | +30.82 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 63 | 藤本 康生 | 湘南工科大学 | 4:11.40 | +31.33 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 64 | 渡辺 夕月 | 新潟経営大学 | 4:13.31 | +33.24 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 65 | 田邉 諒 | 清和大学 | 4:13.89 | +33.82 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 66 | 石田 璃久登 | 相洋高校 | 4:14.12 | +34.05 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 67 | 柳井 快音 | 清和大学 | 4:15.32 | +35.25 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 68 | 秋田 央介 | 相洋高校 | 4:15.71 | +35.64 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 69 | 海老名 翔 | 日本体育大学 | 4:18.17 | +38.10 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 70 | 中沢 海陽 | 湘南工科大学 | 4:18.42 | +38.35 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 71 | 尾藤 寿哉 | 神奈川陸協 | 4:19.78 | +39.71 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 72 | 多田 悠翼 | 横浜国立大学 | 4:20.15 | +40.08 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 73 | 神 聖音 | 帝京平成大学 | 4:22.43 | +42.36 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 74 | 川島 悠利 | - | 4:25.09 | +45.02 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 75 | 櫻井 悠暁 | 上智大 | 4:40.03 | +59.96 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 76 | 池原 結太郎 | 法政大学 | 4:52.03 | +1:11.96 | 第245回東海大学長距離競技会 |
