| 1 | 寺田 向希 | 中央大学 | 3:38.58 | | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 2 | 成沢 翔英 | 慶應義塾大学 | 3:42.17 | +3.59 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 3 | 井口 愁斗 | 東京国際大学 | 3:42.22 | +3.64 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 4 | 久山 大祐 | 関西学院大学 | 3:42.64 | +4.06 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 5 | 平井 璃空 | 東海大学 | 3:43.61 | +5.03 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 6 | 水野 瑛人 | 中京大学 | 3:44.08 | +5.50 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 7 | 立迫 大徳 | 早稲田大学 | 3:45.08 | +6.50 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 8 | 大門 晃士 | 早大同 | 3:45.15 | +6.57 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 9 | 福田 海未 | 城西大学 | 3:45.61 | +7.03 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 10 | 池間 凛斗 | 順天堂大学 | 3:46.65 | +8.07 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
|
| 11 | 野川 元希 | 明治大学 | 3:47.00 | +8.42 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 12 | 柴田 侑 | 城西大学 | 3:47.14 | +8.56 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 13 | 齋藤 一筋 | 創価大学 | 3:47.71 | +9.13 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 14 | 前川 拓斗 | 立教大学 | 3:47.95 | +9.37 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 15 | 馬場 ｱﾝｼﾞｪﾛ光 | 東洋大学 | 3:48.00 | +9.42 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 16 | 平野 音郁 | 亜細亜大学 | 3:48.07 | +9.49 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 17 | 林 祐一郎 | 至学館大学 | 3:48.31 | +9.73 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 18 | 花井 日友雅 | 帝京大学 | 3:48.78 | +10.20 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 19 | 成田 太陽 | 拓殖大学 | 3:49.25 | +10.67 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 20 | 小野 太廊 | 日本体育大学 | 3:50.18 | +11.60 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 21 | 藤本 祐輔 | 東洋大学 | 3:50.45 | +11.87 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 22 | 成田 太陽 | - | 3:50.59 | +12.01 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 23 | 増子 風希 | 明治大学 | 3:50.71 | +12.13 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 24 | 八巻 琉伊 | 国士舘大学 | 3:51.21 | +12.63 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 25 | 関野 大空 | 明治学院大学 | 3:51.50 | +12.92 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 26 | 小野 真忠 | 東海大学 | 3:51.52 | +12.94 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 27 | 野尻 七星 | 創価大学 | 3:51.71 | +13.13 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 28 | 宮本 錬 | 清和大学 | 3:51.80 | +13.22 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 29 | 松下 俊海 | 環太平洋大学 | 3:52.32 | +13.74 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 30 | 山田 直希 | 東海大学 | 3:52.38 | +13.80 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 31 | 葛城 渚 | 城西大学 | 3:52.52 | +13.94 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 32 | 松尾 悠登 | - | 3:52.66 | +14.08 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 33 | 松瀬 優慎 | 長崎国際大学 | 3:53.52 | +14.94 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 34 | 大橋 正昊 | 駿河台大学 | 3:53.78 | +15.20 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 35 | 杉原 立樹 | 上武大学 | 3:54.28 | +15.70 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 36 | 金森 晴音 | 立命館大学 | 3:54.71 | +16.13 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 37 | 遠藤 煌斗 | 日本体育大学 | 3:54.77 | +16.19 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 38 | 小田 伊織 | 城西大学 | 3:55.46 | +16.88 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 39 | 吉田 山登 | - | 3:55.91 | +17.33 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 40 | 小林 周太郎 | 明治大学 | 3:56.18 | +17.60 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 41 | 小川 隼登 | 東洋大学 | 3:56.55 | +17.97 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 42 | 東 悠太 | 専修大学 | 3:56.94 | +18.36 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 43 | 岩崎 輝翔 | 帝京大学 | 3:57.19 | +18.61 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 44 | 市川 和英 | 関東学院大学 | 3:57.64 | +19.06 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 45 | 木村 隼太朗 | 帝京大学 | 3:57.69 | +19.11 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 46 | 湧川 辰哉 | 関東学院大学 | 3:57.79 | +19.21 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 47 | 竹村 勇輝 | 湘南工科大学 | 3:58.66 | +20.08 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 48 | 澤田 薫 | 慶應義塾大学 | 3:58.73 | +20.15 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 49 | 和佐田 拓海 | 育英大学 | 3:58.94 | +20.36 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 50 | 吉岡 龍一 | 千葉陸協 | 3:59.18 | +20.60 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 51 | ダースト元気 | 帝京平成大学 | 3:59.21 | +20.63 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 52 | 松本 爽汰 | 関東学院大学 | 3:59.44 | +20.86 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 53 | 佐藤 匠真 | 東京陸協 | 3:59.46 | +20.88 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 54 | 松岡 空良 | 城西大学 | 4:00.83 | +22.25 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 54 | 森 陸飛 | 帝京大学 | 4:00.83 | +22.25 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 56 | 井口 愁斗 | - | 4:01.29 | +22.71 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 57 | 間 翔太 | 立教大学 | 4:01.80 | +23.22 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 58 | 中村 碧海 | 法大II部 | 4:01.99 | +23.41 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 59 | 垣内 翼 | 帝京大学 | 4:02.14 | +23.56 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 60 | 田口 博教 | 千葉大学 | 4:02.36 | +23.78 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 61 | 柳田 光 | 燕市陸協 | 4:02.64 | +24.06 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 62 | 髙橋 柊 | 芝浦工業大学 | 4:03.33 | +24.75 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 63 | 中山 達貴 | 至学館大学 | 4:03.77 | +25.19 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 64 | 山尾 啓太 | 鳥取大 | 4:03.85 | +25.27 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 65 | 登坂 天翔 | 育英大学 | 4:03.88 | +25.30 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 66 | 小松 大起 | 獨協大学 | 4:03.98 | +25.40 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 67 | 砂川 大和 | 帝京大学 | 4:04.93 | +26.35 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 68 | 清水 蒼太郎 | 慶應義塾大学 | 4:05.29 | +26.71 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 69 | 遠藤 秀真 | 川崎市陸協 | 4:05.43 | +26.85 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 70 | 上原 駿希 | 芝浦工業大学 | 4:05.82 | +27.24 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 70 | 上田 大晴 | 信州大学 | 4:05.82 | +27.24 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 72 | 小黒 慧 | 日本体育大学 | 4:07.49 | +28.91 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 73 | 長崎 海弥 | - | 4:08.90 | +30.32 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 74 | 矢野 凜誠 | 城西大学 | 4:09.22 | +30.64 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 75 | 品川 夢翔 | 法大II部 | 4:09.37 | +30.79 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 76 | 稲生 健人 | 慶應義塾大学 | 4:09.94 | +31.36 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 77 | 杉山 翔梧 | 湘南工科大学 | 4:10.82 | +32.24 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 78 | 森田 歩充 | 帝京大学 | 4:11.51 | +32.93 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 79 | 湯野川 綴 | 横浜国大 | 4:11.81 | +33.23 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 80 | 杉井 淳人 | 帝京大学 | 4:12.17 | +33.59 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 81 | 松本 大河 | - | 4:12.23 | +33.65 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 82 | 湯野川 綴 | 横浜国立大学 | 4:12.42 | +33.84 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 83 | 山田 望仁 | 東京大学 | 4:13.72 | +35.14 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 84 | 森 宏平 | 慶應義塾大学 | 4:13.77 | +35.19 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 85 | 平川 椋久 | 東京都立大学 | 4:15.94 | +37.36 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 86 | 宮池 真吾 | 千葉大学 | 4:15.97 | +37.39 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 87 | 伊東 誉礼 | 電気通信大学 | 4:16.72 | +38.14 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 88 | 久米 海璃 | 至学館大学 | 4:17.62 | +39.04 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 89 | 菊池 翔太 | 星槎大学 | 4:18.67 | +40.09 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 90 | 山中 悠生 | 東京陸協 | 4:22.08 | +43.50 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 91 | 髙木 蒼太 | 神奈川大学 | 4:22.30 | +43.72 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 92 | 平出 凌大 | - | 4:22.53 | +43.95 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 93 | 河野 正梧 | 電気通信大学 | 4:23.78 | +45.20 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 94 | 久保 寛恭 | 神奈川大学 | 4:27.26 | +48.68 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 95 | 生田 柊弥 | 日本体育大学 | 4:30.30 | +51.72 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 96 | 鈴木 大翔 | 神奈川大学 | 4:34.54 | +55.96 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 97 | 前田 智也 | 電気通信大学 | 4:49.17 | +1:10.59 | 第248回東海大学長距離競技会 |
