| 1 | アカイ メアリー | 白鵬女高 | 8:55.02 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | 川上 南海 | 長野東高校 | 9:04.22 | +9.20 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 3 | 尾﨑 一樺 | 智辯カレッジ高 | 9:05.12 | +10.10 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 4 | ミリアム ジェリ | 仙台育英高校 | 9:05.41 | +10.39 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 5 | 男乕 結衣 | 東北 | 9:07.16 | +12.14 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 6 | 久保 凛 | 東大阪大敬愛高校 | 9:07.80 | +12.78 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 7 | 川上 南海 | 長野東高校 | 9:08.08 | +13.06 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 8 | 瀬戸口 凜 | 神村学園高校 | 9:08.23 | +13.21 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 9 | 村井 和果 | 薫英女学院高校 | 9:08.63 | +13.61 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 10 | キャサリン ムティダ | 山梨学院高校 | 9:09.11 | +14.09 | 第79回国民スポーツ大会 |
|
| 11 | ムトニ マーガレット | 神村学園 | 9:12.34 | +17.32 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 12 | シュブルチェック アンナ | 牛久高校 | 9:15.60 | +20.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 13 | 宇都宮 桃奈 | 札幌山の手高校 | 9:16.89 | +21.87 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 14 | アカイ メアリー | 白鵬女子高校 | 9:17.38 | +22.36 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 15 | 男乕 結衣 | 東北高校 | 9:18.61 | +23.59 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 16 | ニャンブラ サラ | 札幌山の手高校 | 9:19.08 | +24.06 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 17 | 鈴木 かのん | 仙台育英高校 | 9:20.57 | +25.55 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 18 | 仁賀 あかり | 大阪薫英女学院高校 | 9:20.96 | +25.94 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 19 | 稲井 円花 | 共愛学園高校 | 9:21.73 | +26.71 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 20 | 松本 琉里 | 清和高 | 9:22.24 | +27.22 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 21 | 薮谷 柚芽 | 大阪薫英女学院高校 | 9:22.25 | +27.23 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 22 | 長谷川 結都 | 東大阪大敬愛高校 | 9:22.88 | +27.86 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 23 | 橘 のん | 仙台育英高校 | 9:23.10 | +28.08 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 24 | 福本 真生 | 薫英女学院高校 | 9:23.35 | +28.33 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 25 | 岩村 莉奈 | 銀河学院高校 | 9:24.53 | +29.51 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 26 | 井上 穂奏 | 東海大相模高校 | 9:24.98 | +29.96 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 27 | ムティダ キャサリン | 山梨学院高校 | 9:25.58 | +30.56 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 28 | 村井 和果 | 薫英女学院 | 9:25.85 | +30.83 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 29 | 立石 里央菜 | 城東 | 9:26.87 | +31.85 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 30 | 今井 玲那 | 長野東高校 | 9:29.23 | +34.21 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 31 | 伊藤 晴香 | 駒大高校 | 9:29.85 | +34.83 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 32 | 松下 千紗 | 仙台育英高校 | 9:30.54 | +35.52 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 33 | 黒田 六花 | 仙台育英 | 9:30.75 | +35.73 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 34 | 鈴木 かのん | 仙台育英 | 9:30.79 | +35.77 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 35 | 西村 美羽菜 | 須磨学園高校 | 9:31.21 | +36.19 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 36 | 岩橋 菜乃 | 学法石川高校 | 9:31.79 | +36.77 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 37 | 大木 優奈 | 仙台育英 | 9:32.36 | +37.34 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 38 | 金原 埜乃 | 学法石川高校 | 9:32.42 | +37.40 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 39 | 高木 結埜 | 城西大城西高校 | 9:33.12 | +38.10 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 40 | 角地 萌音 | 長野東高校 | 9:35.25 | +40.23 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 41 | 河合 柚奈 | 浜松市立高 | 9:35.34 | +40.32 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 42 | 白石 真子 | 筑紫女学園高 | 9:35.45 | +40.43 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 43 | 大木 優奈 | 仙台育英高校 | 9:36.19 | +41.17 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 44 | 黒田 六花 | 仙台育英高校 | 9:37.01 | +41.99 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 45 | 人見 芽依 | 宇都宮文星女子高校 | 9:37.64 | +42.62 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 46 | 丹野 星愛 | 学法石川高校 | 9:37.86 | +42.84 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 47 | 松田 風香 | 法政大学第二高校 | 9:38.08 | +43.06 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 48 | 田村 実彩 | 東大阪大敬愛高校 | 9:39.01 | +43.99 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 49 | 植田 柚衣 | 立命館宇治高校 | 9:39.87 | +44.85 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 50 | 山本 心愛 | 西脇工高 | 9:39.89 | +44.87 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 51 | 菅原 綺星 | 青森山田高校 | 9:40.70 | +45.68 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 52 | 野村 比奈姫 | 西京高 | 9:40.98 | +45.96 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 53 | 栗原 未羽 | 共愛学園高校 | 9:41.33 | +46.31 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 54 | 藤井 柑奈 | 西条農 | 9:41.92 | +46.90 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 55 | 服部 奈夢 | 日大東北高校 | 9:41.94 | +46.92 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 56 | 伊藤 晴香 | 駒澤大学 | 9:41.99 | +46.97 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 57 | 田村 爽葉 | 共愛学園高校 | 9:42.41 | +47.39 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 58 | 小林 由依 | 東大阪大敬愛高校 | 9:42.83 | +47.81 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 59 | 木戸 望乃実 | 学法石川高校 | 9:43.06 | +48.04 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 60 | 古川 真子 | 日大三島高校 | 9:43.12 | +48.10 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 61 | 松岡 聖奈 | 広島工大 | 9:43.39 | +48.37 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 62 | 鈴木 葉希妃 | 花巻東高校 | 9:43.56 | +48.54 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 63 | 林 楓夏 | 東北高校 | 9:43.62 | +48.60 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 64 | 嵐 夢乃 | 鈴鹿高校 | 9:43.66 | +48.64 | 日体大女子長距離競技会 |
| 65 | 森高 榎梨 | 城西大城西高校 | 9:44.28 | +49.26 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 66 | 天内 星来 | 青森山田高校 | 9:45.02 | +50.00 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 67 | 板垣 優依 | 健大高崎高校 | 9:45.09 | +50.07 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 68 | 東 はる | 須磨学園高校 | 9:45.17 | +50.15 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 69 | 遠藤 雫 | 日体大柏高校 | 9:45.86 | +50.84 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 70 | 藤重 桃子 | 東洋大学 | 9:46.67 | +51.65 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 71 | 藤田 莉沙 | 倉敷高 | 9:46.82 | +51.80 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 72 | 杉安 一葉 | 熊本ルーテル学院 | 9:46.97 | +51.95 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 73 | 谷口 楓 | 京都外大西高校 | 9:49.23 | +54.21 | エディオンディスタンスチャレンジin大阪2025 |
| 74 | 岡安 果凜 | 昌平高校 | 9:49.64 | +54.62 | 日体大女子長距離競技会 |
| 75 | 穗岐山 実結 | 山田 | 9:50.39 | +55.37 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 76 | 永井 そら | 埼玉栄高校 | 9:50.47 | +55.45 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 77 | 井門 萌 | 聖カタリナ高 | 9:50.50 | +55.48 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 78 | 藤田 このあ | 西脇工業高 | 9:50.51 | +55.49 | エディオンディスタンスチャレンジin大阪2025 |
| 79 | 藤田 このあ | 西脇工高 | 9:50.60 | +55.58 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 80 | 井内 櫻子 | 札幌日大高校 | 9:51.00 | +55.98 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 81 | 竹内 倖菜 | 青森山田高校 | 9:51.12 | +56.10 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 82 | 神谷 早紀 | 豊川高校 | 9:51.34 | +56.32 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 83 | 渡邉 美心都 | 十日町高校 | 9:51.61 | +56.59 | 日体大女子長距離競技会 |
| 84 | 金子 希来莉 | 共愛学園高校 | 9:52.19 | +57.17 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 85 | 新井 萌々花 | 共愛学園高校 | 9:52.40 | +57.38 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 86 | 御手洗 心菜 | 今治西 | 9:53.15 | +58.13 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 87 | 荒木 結心 | 山形城北高 | 9:53.19 | +58.17 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 87 | 吉岡 里織 | 大阪桐蔭高 | 9:53.19 | +58.17 | エディオンディスタンスチャレンジin大阪2025 |
| 89 | 宮田 莉子 | 鈴鹿高校 | 9:53.29 | +58.27 | 日体大女子長距離競技会 |
| 90 | 倉橋 響 | 大阪桐蔭高 | 9:53.67 | +58.65 | エディオンディスタンスチャレンジin大阪2025 |
| 91 | 天羽 海乃 | 市立船橋高校 | 9:54.53 | +59.51 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 92 | 橋本 桃音 | 健大高崎高校 | 9:55.40 | +1:00.38 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 93 | 髙橋 愛々 | 稲生高校 | 9:55.88 | +1:00.86 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 94 | 渡辺 栞弓 | 札幌山の手高校 | 9:55.99 | +1:00.97 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 95 | 遠藤 絢愛 | 新潟商業高校 | 9:56.15 | +1:01.13 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 96 | 光岡 琴奈 | 白石高 | 9:56.56 | +1:01.54 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 97 | 堀米 凛花 | 昌平高校 | 9:56.91 | +1:01.89 | 日体大女子長距離競技会 |
| 98 | 大杉 茉希 | 春日部女子高校 | 9:57.11 | +1:02.09 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 99 | 星野 かりん | 法政大学第二高校 | 9:57.69 | +1:02.67 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 100 | 安井 椛 | 広島工大高校 | 9:58.67 | +1:03.65 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |