| 1 | 藤井 雄大 | 宮崎宮崎日大 | 8:11.33 | | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 2 | 中島 陸斗 | 鹿児島鹿児島城西高 | 8:11.64 | +0.31 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 3 | 市川 太羅 | 仙台育英 | 8:15.08 | +3.75 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 4 | 久保 俊太 | 美濃加茂高校 | 8:16.58 | +5.25 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 5 | 大沼 光琉 | 豊川高校 | 8:18.45 | +7.12 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 6 | 辻 竜乃介 | 鳥栖工高 | 8:19.28 | +7.95 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 7 | 出口 幸汰 | 宮崎宮崎日大 | 8:21.30 | +9.97 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 8 | 森松 彩夢 | 一関学院高校 | 8:21.59 | +10.26 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 9 | 渡邊 来希 | 早稲佐高 | 8:21.74 | +10.41 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 10 | 圓 太喜 | 城西 | 8:21.76 | +10.43 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
|
| 11 | 堀 友大郎 | 中京大中京高校 | 8:21.92 | +10.59 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 12 | 中村 仁 | 津島東高校 | 8:22.56 | +11.23 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 13 | 吉田 惺和 | 川口市立高 | 8:22.70 | +11.37 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 14 | 片岡 宇龍 | 豊田大谷高校 | 8:23.25 | +11.92 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 15 | 平沼 大晴 | 興國高校 | 8:23.46 | +12.13 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 16 | 小菅 誠太 | 一関学院 | 8:24.21 | +12.88 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 17 | 妹尾 海俐 | 市立松戸高校 | 8:28.10 | +16.77 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 18 | 猪熊 凌摂 | 中京大学 | 8:29.34 | +18.01 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 19 | 滝澤 秀斗 | 上伊那農高 | 8:30.48 | +19.15 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 20 | 久富 廉 | 鳥栖工高 | 8:34.38 | +23.05 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 21 | 岩岡 一暉 | 昌平高校 | 8:37.79 | +26.46 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 22 | 中野 誉一 | 草津東高 | 8:47.49 | +36.16 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 23 | 多胡 圭祐 | 草津東高 | 8:47.62 | +36.29 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 24 | 市川 大惺 | 市立松戸高校 | 8:48.31 | +36.98 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 25 | 新 悠翔 | 草津東高 | 8:48.51 | +37.18 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 26 | 梅津 雄飛 | 白樺学園高校 | 8:49.75 | +38.42 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 27 | 山本 秀路 | 大津商高 | 8:53.64 | +42.31 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 28 | 牛田 吏己 | 城南高 | 8:54.94 | +43.61 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 29 | アカイ メアリー | 白鵬女高 | 8:55.02 | +43.69 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 30 | 川上 南海 | 長野東高校 | 9:04.22 | +52.89 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 31 | 尾﨑 一樺 | 智辯カレッジ高 | 9:05.12 | +53.79 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 32 | 奥田 凛太郎 | 水口東高 | 9:05.29 | +53.96 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 33 | ミリアム ジェリ | 仙台育英高校 | 9:05.41 | +54.08 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 34 | 男乕 結衣 | 東北 | 9:07.16 | +55.83 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 35 | 奥野 陽翔 | 大津商高 | 9:07.76 | +56.43 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 36 | 久保 凛 | 東大阪大敬愛高校 | 9:07.80 | +56.47 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 37 | 川上 南海 | 長野東高校 | 9:08.08 | +56.75 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 38 | 瀬戸口 凜 | 神村学園高校 | 9:08.23 | +56.90 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 39 | 村井 和果 | 薫英女学院高校 | 9:08.63 | +57.30 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 40 | キャサリン ムティダ | 山梨学院高校 | 9:09.11 | +57.78 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 41 | ムトニ マーガレット | 神村学園 | 9:12.34 | +1:01.01 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 42 | シュブルチェック アンナ | 牛久高校 | 9:15.60 | +1:04.27 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 43 | 宇都宮 桃奈 | 札幌山の手高校 | 9:16.89 | +1:05.56 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 44 | 齋藤 瑠来 | 北見北斗高校 | 9:17.26 | +1:05.93 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 45 | アカイ メアリー | 白鵬女子高校 | 9:17.38 | +1:06.05 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 46 | 男乕 結衣 | 東北高校 | 9:18.61 | +1:07.28 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 47 | ニャンブラ サラ | 札幌山の手高校 | 9:19.08 | +1:07.75 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 48 | 寺谷 絢吾 | 大津商高 | 9:19.59 | +1:08.26 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 49 | 鈴木 かのん | 仙台育英高校 | 9:20.57 | +1:09.24 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 50 | 仁賀 あかり | 大阪薫英女学院高校 | 9:20.96 | +1:09.63 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 51 | 稲井 円花 | 共愛学園高校 | 9:21.73 | +1:10.40 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 52 | 綿本 猛虎 | 大津商高 | 9:21.84 | +1:10.51 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 53 | 松本 琉里 | 清和高 | 9:22.24 | +1:10.91 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 54 | 薮谷 柚芽 | 大阪薫英女学院高校 | 9:22.25 | +1:10.92 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 55 | 長谷川 結都 | 東大阪大敬愛高校 | 9:22.88 | +1:11.55 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 56 | 橘 のん | 仙台育英高校 | 9:23.10 | +1:11.77 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 57 | 福本 真生 | 薫英女学院高校 | 9:23.35 | +1:12.02 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 58 | 岩村 莉奈 | 銀河学院高校 | 9:24.53 | +1:13.20 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 59 | 井上 穂奏 | 東海大相模高校 | 9:24.98 | +1:13.65 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 60 | ムティダ キャサリン | 山梨学院高校 | 9:25.58 | +1:14.25 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 61 | 村井 和果 | 薫英女学院 | 9:25.85 | +1:14.52 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 62 | 立石 里央菜 | 城東 | 9:26.87 | +1:15.54 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 63 | 今井 玲那 | 長野東高校 | 9:29.23 | +1:17.90 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 64 | 伊藤 晴香 | 駒大高校 | 9:29.85 | +1:18.52 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 65 | 松下 千紗 | 仙台育英高校 | 9:30.54 | +1:19.21 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 66 | 黒田 六花 | 仙台育英 | 9:30.75 | +1:19.42 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 67 | 鈴木 かのん | 仙台育英 | 9:30.79 | +1:19.46 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 68 | 西村 美羽菜 | 須磨学園高校 | 9:31.21 | +1:19.88 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 69 | 岩橋 菜乃 | 学法石川高校 | 9:31.79 | +1:20.46 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 70 | 大木 優奈 | 仙台育英 | 9:32.36 | +1:21.03 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 71 | 金原 埜乃 | 学法石川高校 | 9:32.42 | +1:21.09 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 72 | 高木 結埜 | 城西大城西高校 | 9:33.12 | +1:21.79 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 73 | 角地 萌音 | 長野東高校 | 9:35.25 | +1:23.92 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 74 | 河合 柚奈 | 浜松市立高 | 9:35.34 | +1:24.01 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 75 | 白石 真子 | 筑紫女学園高 | 9:35.45 | +1:24.12 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 76 | 大木 優奈 | 仙台育英高校 | 9:36.19 | +1:24.86 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 77 | 黒田 六花 | 仙台育英高校 | 9:37.01 | +1:25.68 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 78 | 人見 芽依 | 宇都宮文星女子高校 | 9:37.64 | +1:26.31 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 79 | 西川 遼 | 近江高 | 9:37.69 | +1:26.36 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 80 | 丹野 星愛 | 学法石川高校 | 9:37.86 | +1:26.53 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 81 | 松田 風香 | 法政大学第二高校 | 9:38.08 | +1:26.75 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 82 | 田村 実彩 | 東大阪大敬愛高校 | 9:39.01 | +1:27.68 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 83 | 植田 柚衣 | 立命館宇治高校 | 9:39.87 | +1:28.54 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 84 | 山本 心愛 | 西脇工高 | 9:39.89 | +1:28.56 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 85 | 菅原 綺星 | 青森山田高校 | 9:40.70 | +1:29.37 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 86 | 野村 比奈姫 | 西京高 | 9:40.98 | +1:29.65 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 87 | 栗原 未羽 | 共愛学園高校 | 9:41.33 | +1:30.00 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 88 | 藤井 柑奈 | 西条農 | 9:41.92 | +1:30.59 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 89 | 服部 奈夢 | 日大東北高校 | 9:41.94 | +1:30.61 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 90 | 伊藤 晴香 | 駒澤大学 | 9:41.99 | +1:30.66 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 91 | 田村 爽葉 | 共愛学園高校 | 9:42.41 | +1:31.08 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 92 | 小林 由依 | 東大阪大敬愛高校 | 9:42.83 | +1:31.50 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 93 | 木戸 望乃実 | 学法石川高校 | 9:43.06 | +1:31.73 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 94 | 古川 真子 | 日大三島高校 | 9:43.12 | +1:31.79 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 95 | 松岡 聖奈 | 広島工大 | 9:43.39 | +1:32.06 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 96 | 鈴木 葉希妃 | 花巻東高校 | 9:43.56 | +1:32.23 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 97 | 林 楓夏 | 東北高校 | 9:43.62 | +1:32.29 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 98 | 嵐 夢乃 | 鈴鹿高校 | 9:43.66 | +1:32.33 | 日体大女子長距離競技会 |
| 99 | 森高 榎梨 | 城西大城西高校 | 9:44.28 | +1:32.95 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 100 | 天内 星来 | 青森山田高校 | 9:45.02 | +1:33.69 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |