| 1 | 竹田 櫂司 | 小林高校 | 8:18.46 | | 第79回国民スポーツ大会 |
| 2 | 長尾 羚煌 | 長崎商高 | 8:23.41 | +4.95 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 3 | 向岩 玖恩 | 敦賀気比高校 | 8:26.10 | +7.64 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 4 | 出田 隆之助 | 中京中 | 8:39.22 | +20.76 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 5 | 伊折 駿希 | 東京農大二高校 | 8:39.27 | +20.81 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 6 | 遅澤 友海 | 矢板中 | 8:50.85 | +32.39 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 7 | 本庄 瑛太 | 竜王中 | 8:55.23 | +36.77 | 第2回陸協記録会 |
| 8 | 福岡 樹 | 有馬 | 8:56.83 | +38.37 | 第73回兵庫リレーカーニバル 日本ｸﾞﾗﾝﾌﾟﾘｼﾘｰｽﾞ 神戸大会 |
| 9 | 田中 郁人 | 葉山中 | 8:58.69 | +40.23 | 第2回陸協記録会 |
| 10 | 野本 琉樹哉 | 大田原中 | 9:02.11 | +43.65 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
|
| 11 | 勝瀬 琉生 | 彦根翔西館高 | 9:03.56 | +45.10 | 第2回陸協記録会 |
| 12 | 宮田 蒼空 | 学法石川高校 | 9:05.05 | +46.59 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 13 | 赤松 新太 | 四学香川西高 | 9:05.61 | +47.15 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 14 | 福地 レオ | 足利陸上クラブ | 9:14.35 | +55.89 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 15 | 髙橋 隼人 | 新堂中 | 9:18.38 | +59.92 | 第2回陸協記録会 |
| 16 | 奥野 カイア | 大阪薫英女学院高校 | 9:22.46 | +1:04.00 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 17 | 村松 帆乃美 | 東海大相模高校 | 9:25.79 | +1:07.33 | 日体大女子長距離競技会 |
| 18 | 岡部 楓冬 | 南犬飼中 | 9:25.94 | +1:07.48 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 19 | 朝日 小都子 | 大阪薫英女学院高校 | 9:27.83 | +1:09.37 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 20 | 喜田 航生 | 栗東西中 | 9:28.95 | +1:10.49 | 第2回陸協記録会 |
| 21 | 篠原 煌祐 | 加蘇中 | 9:29.47 | +1:11.01 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 22 | 佐々木 季咲 | 花巻東高校 | 9:29.69 | +1:11.23 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 23 | 中村 良碧 | 能登川中 | 9:35.50 | +1:17.04 | 第2回陸協記録会 |
| 24 | 柴 泰河 | 野洲中 | 9:36.08 | +1:17.62 | 第2回陸協記録会 |
| 25 | 鈴木 陽翔 | 樹徳 | 9:37.66 | +1:19.20 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 26 | 山口 朱里 | つるぎ | 9:39.58 | +1:21.12 | 第73回兵庫リレーカーニバル 日本ｸﾞﾗﾝﾌﾟﾘｼﾘｰｽﾞ 神戸大会 |
| 27 | 伊勢村 爽王 | 明富中 | 9:40.41 | +1:21.95 | 第2回陸協記録会 |
| 28 | 五味 暖翔 | 小山中 | 9:42.26 | +1:23.80 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 29 | 菅間 大翔 | 真岡東中 | 9:42.39 | +1:23.93 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 30 | 黒木 遊 | 烏山中 | 9:42.95 | +1:24.49 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 31 | 中里 樹乃 | 山梨学院高校 | 9:43.67 | +1:25.21 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 32 | 常盤 清人 | 若草中 | 9:44.83 | +1:26.37 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 33 | 花田 裕也 | 城山中学校 | 9:45.98 | +1:27.52 | 第2回陸協記録会 |
| 34 | 荻原 明優 | 泉が丘中 | 9:47.35 | +1:28.89 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 35 | 山田 梓月 | 旭中 | 9:48.03 | +1:29.57 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 36 | 日下部 仁美 | 東海大相模高校 | 9:49.09 | +1:30.63 | 日体大女子長距離競技会 |
| 37 | 川口 恋羽 | 秋田北鷹高校 | 9:51.42 | +1:32.96 | 日体大女子長距離競技会 |
| 38 | 秋葉 恭之介 | あそ野学園中 | 9:51.51 | +1:33.05 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 39 | 成田 宏成 | 間々田中 | 9:52.36 | +1:33.90 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 40 | 青山 未來 | 東海大相模高校 | 9:52.71 | +1:34.25 | 日体大女子長距離競技会 |
| 41 | 田井 瑞季 | 大沢中 | 9:52.72 | +1:34.26 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 42 | 石塚 遥翔 | 姿川中 | 9:53.55 | +1:35.09 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 43 | 古川 蒼椛 | 豊川高校 | 9:54.07 | +1:35.61 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 44 | 久保 柑奈 | 旭川龍谷高校 | 9:54.73 | +1:36.27 | 日体大女子長距離競技会 |
| 45 | 萩原 一賀 | 金田北中学校 | 9:56.29 | +1:37.83 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 46 | 永嶋 伶 | 茂木中 | 9:57.85 | +1:39.39 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 47 | 山口 凛華 | 宇都宮文星女子高校 | 9:58.43 | +1:39.97 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 48 | 京極 春人 | 守山南中 | 9:59.27 | +1:40.81 | 第2回陸協記録会 |
| 49 | 鮫島 杏花 | 順天高校 | 10:02.23 | +1:43.77 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 50 | 松本 千穂 | 市立橘高校 | 10:02.27 | +1:43.81 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 51 | 林 海心 | 鹿沼北中 | 10:05.90 | +1:47.44 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 52 | 阿久津 善生 | 鹿沼東中 | 10:06.88 | +1:48.42 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 53 | 青山 心 | 氏家中 | 10:09.24 | +1:50.78 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 54 | 池村 翔太 | 水口中 | 10:16.03 | +1:57.57 | 第2回陸協記録会 |
| 55 | 福田 桃愛 | 西脇工業高 | 10:16.61 | +1:58.15 | エディオンディスタンスチャレンジin大阪2025 |
| 56 | 長島 慎太 | 佐野高校附中 | 10:17.17 | +1:58.71 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 57 | 青木 柚奈 | 錦城学園高校 | 10:17.61 | +1:59.15 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 58 | 水野 伶美 | 早稲田実業高校 | 10:17.69 | +1:59.23 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 59 | 市川 心菜 | 木更津総合高校 | 10:18.30 | +1:59.84 | 日体大女子長距離競技会 |
| 60 | 中宗 梨音 | 東大阪大敬愛高校 | 10:20.64 | +2:02.18 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 61 | 廣 七々海 | 荏田高校 | 10:21.85 | +2:03.39 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 62 | 弘山 美輝 | 成田高校 | 10:23.79 | +2:05.33 | 日体大女子長距離競技会 |
| 63 | 安藤 理央奈 | 宇都宮文星女子高校 | 10:24.45 | +2:05.99 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 64 | 大西 悠騎 | 米原中 | 10:27.36 | +2:08.90 | 第2回陸協記録会 |
| 65 | 林 咲羽 | 成田高校 | 10:32.82 | +2:14.36 | 日体大女子長距離競技会 |
| 66 | 鈴木 大地 | 今市中 | 10:33.74 | +2:15.28 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 67 | 久下 美咲 | 春日部女子高校 | 10:34.50 | +2:16.04 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 68 | 神岡 大牙 | 那珂川馬頭中 | 10:35.61 | +2:17.15 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 69 | 岩田 麻里 | 人環大附属岡崎高校 | 10:38.90 | +2:20.44 | 日体大女子長距離競技会 |
| 70 | 古井戸 苺花 | 新島学園高校 | 10:40.88 | +2:22.42 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 71 | 小口 太都 | 芳賀中 | 10:41.03 | +2:22.57 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 72 | 塩川 澪 | 那須拓陽高校 | 10:41.60 | +2:23.14 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 73 | 積木 夕亞 | 津商業高校 | 10:46.26 | +2:27.80 | 日体大女子長距離競技会 |
| 74 | 水谷 咲菜 | 岡崎城西高校 | 10:48.04 | +2:29.58 | 日体大女子長距離競技会 |
| 75 | 小竹 和花 | 白大学足利高校 | 10:51.53 | +2:33.07 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 76 | 阿部 杏菜 | 十日町高校 | 10:51.66 | +2:33.20 | 日体大女子長距離競技会 |
| 77 | 佐野 美涼 | 豊川高校 | 10:59.01 | +2:40.55 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 78 | 福田 晴仁 | 佐野南中 | 11:02.07 | +2:43.61 | 第78回栃木県中学校総合体育大会陸上競技大会 |
| 79 | 松井 優歩 | 岡崎城西高校 | 11:03.89 | +2:45.43 | 日体大女子長距離競技会 |
| 80 | 廣瀬 安美 | 韮崎高校 | 11:05.29 | +2:46.83 | 日体大女子長距離競技会 |
| 81 | 藤井 実咲 | 人環大附属岡崎高校 | 11:11.18 | +2:52.72 | 日体大女子長距離競技会 |
| 82 | 秋元 琴葉 | 市立柏高校 | 11:14.38 | +2:55.92 | 日体大女子長距離競技会 |
| 83 | 瀧島 彩奈 | 那須拓陽高校 | 11:22.61 | +3:04.15 | 日体大女子長距離競技会 |
| 84 | 安達 光江 | 岡崎城西高校 | 11:27.68 | +3:09.22 | 日体大女子長距離競技会 |
| 85 | 小倉 優菜 | 岡崎城西高校 | 11:33.99 | +3:15.53 | 日体大女子長距離競技会 |
| 86 | 山本 汐莉 | 登別明日中等 | 11:41.02 | +3:22.56 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 87 | 早田 あみ | 浦和実業学園高校 | 11:44.60 | +3:26.14 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 88 | 田島 柚 | 盛岡大附属高校 | 11:49.95 | +3:31.49 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 89 | 久保田 結夕 | 水口中 | 11:50.65 | +3:32.19 | 第2回陸協記録会 |
| 90 | 西岡 綸音 | 愛知高校 | 11:51.92 | +3:33.46 | 日体大女子長距離競技会 |
