| 1 | 稲垣 翔馴 | 洛南高校 | 8:11.75 | | 第79回国民スポーツ大会 |
| 2 | 藤田 翔蒼 | 豊川高校 | 8:13.95 | +2.20 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 3 | 小原 健太郎 | 花巻東 | 8:17.68 | +5.93 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 4 | 若田 大尚 | 学法石川高校 | 8:18.97 | +7.22 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 5 | 杉田 來翔 | 東海大札幌高校 | 8:20.74 | +8.99 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 6 | 谷 颯真 | 佐野日大高校 | 8:21.14 | +9.39 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 7 | 伊藤 遼 | 佐久長聖高校 | 8:22.92 | +11.17 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 8 | 西澤 惟定 | 諏訪二葉高校 | 8:23.17 | +11.42 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 9 | 長 煌介 | 鳥取城北高校 | 8:23.67 | +11.92 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 10 | 朝倉 悠羽 | 山梨学院高校 | 8:26.08 | +14.33 | 第79回国民スポーツ大会 |
|
| 11 | 加賀 龍之介 | 國學院久我山 | 8:29.19 | +17.44 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 12 | 河野 蒼人 | 世羅高校 | 8:30.06 | +18.31 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 13 | 杉平 颯志 | 鳥栖工業 | 8:33.47 | +21.72 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 14 | 中岫 奏輔 | 青森山田高校 | 8:33.48 | +21.73 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 15 | 山﨑 圭人 | 東海大相模高校 | 8:35.18 | +23.43 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 16 | 川口 頼輝 | 開新高校 | 8:35.25 | +23.50 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 17 | 薮﨑 一心 | 市立松戸高校 | 8:36.08 | +24.33 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 18 | 加田 蒼 | 稲生高校 | 8:38.63 | +26.88 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 19 | 田代常太 郎 | 鳥栖工高 | 8:40.22 | +28.47 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 20 | 喜多 勇貴 | 徳島科学技術高 | 8:43.20 | +31.45 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 21 | 中尾 瞭佑 | 膳所高 | 8:44.55 | +32.80 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 22 | 大林 凛太郎 | 草津東高 | 8:44.71 | +32.96 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 23 | 中尾 駿佑 | 膳所高 | 8:47.03 | +35.28 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 24 | 内山 翔羽 | 鹿児島工高 | 8:56.38 | +44.63 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 25 | 岩下 幾海 | 高知工高 | 8:58.30 | +46.55 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 26 | 松本 優哉 | 西京高 | 9:04.44 | +52.69 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 27 | 長森 結愛 | 仙台育英高校 | 9:04.77 | +53.02 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 28 | 杉田 琉威 | 富山商高 | 9:10.77 | +59.02 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 29 | 多久和 竜空 | 出雲工高 | 9:12.50 | +1:00.75 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 30 | ムリティ マーシー | 神村学園高校 | 9:12.74 | +1:00.99 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 31 | 黒川 志帆 | 仙台育英高校 | 9:13.41 | +1:01.66 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 32 | メリー ムソニ | 青森山田高校 | 9:14.28 | +1:02.53 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 33 | 大石 蒼依 | 仙台育英高校 | 9:14.29 | +1:02.54 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 34 | 谷 康平 | 草津東高 | 9:14.51 | +1:02.76 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 35 | 大﨑 次朗 | 草津東高 | 9:15.60 | +1:03.85 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 36 | 岡本 玲哉 | 智辯和歌山高 | 9:16.89 | +1:05.14 | 和歌山県春季陸上競技選手権大会 |
| 37 | 夜野 統真 | 大津商高 | 9:16.92 | +1:05.17 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 38 | 瀬戸口 恋空 | 神村学園高校 | 9:19.57 | +1:07.82 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 39 | 藤澤 心々 | 共愛学園高校 | 9:22.67 | +1:10.92 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 40 | 黒川 志帆 | 仙台育英 | 9:24.53 | +1:12.78 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 41 | 下地 惺大 | 大津商高 | 9:25.00 | +1:13.25 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 42 | 南村 京伽 | 立命館宇治高校 | 9:26.01 | +1:14.26 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 43 | 田谷 玲 | 大阪薫英女学院高校 | 9:26.60 | +1:14.85 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 44 | 井上 穂奏 | 東海大相模高校 | 9:26.91 | +1:15.16 | 日体大女子長距離競技会 |
| 45 | 北川 仁貴 | 水口東高 | 9:27.05 | +1:15.30 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 46 | 谷内 七海 | 東大阪大敬愛高校 | 9:27.33 | +1:15.58 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 47 | 本田 結彩 | 長野東高校 | 9:27.44 | +1:15.69 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 48 | 武田 星莉 | 神村学園高校 | 9:28.92 | +1:17.17 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 49 | 大石 蒼依 | 仙台育英 | 9:29.79 | +1:18.04 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 50 | 田谷 玲 | 薫英女学院高校 | 9:30.74 | +1:18.99 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 51 | 東 心絆 | 銀河学院 | 9:31.33 | +1:19.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 52 | 本田 佳穂 | 長崎商高 | 9:31.41 | +1:19.66 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 52 | 長島 彩音 | 宇都宮文星女子高校 | 9:31.41 | +1:19.66 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 54 | 伊藤 彩由奈 | 須磨学園高校 | 9:31.74 | +1:19.99 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 55 | 武田 星莉 | 鹿児島神村学園 | 9:34.24 | +1:22.49 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 56 | 鴨狩 侑奈 | 錦城学園高校 | 9:35.60 | +1:23.85 | 日体大女子長距離競技会 |
| 57 | 近藤 楓香 | 東大阪大敬愛高校 | 9:35.77 | +1:24.02 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 58 | 池野 芹梨 | 須磨学園高校 | 9:35.83 | +1:24.08 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 59 | 本澤 怜望 | 宇都宮文星女子高校 | 9:36.22 | +1:24.47 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 60 | 村松 帆乃美 | 東海大相模高校 | 9:36.80 | +1:25.05 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 61 | 寺元 咲結 | 坂戸西高校 | 9:37.53 | +1:25.78 | 日体大女子長距離競技会 |
| 62 | 三宅 凜 | 広島工大高校 | 9:38.72 | +1:26.97 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 63 | 山本 留衣 | 東大阪大敬愛高校 | 9:38.88 | +1:27.13 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 64 | 白鳥 光姫 | 札幌山の手高校 | 9:41.20 | +1:29.45 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 65 | 井上 佳奈 | 山形城北 | 9:42.21 | +1:30.46 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 66 | 岡村 悠花 | 北九州市立高 | 9:42.75 | +1:31.00 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 67 | 石田 萌愛菜 | 青森山田高校 | 9:42.91 | +1:31.16 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 68 | 櫛渕 光愛 | 白鵬女子高校 | 9:43.24 | +1:31.49 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 69 | 石原 万結 | 仙台育英高校 | 9:44.09 | +1:32.34 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 70 | 大泉 はなの | 花巻東高校 | 9:44.54 | +1:32.79 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 71 | 田中 優奈 | 柏崎翔洋中等高校 | 9:45.45 | +1:33.70 | 日体大女子長距離競技会 |
| 72 | 中村 うら蘭 | 春日部女子高校 | 9:45.58 | +1:33.83 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 73 | 守屋 咲希 | 成田高校 | 9:45.77 | +1:34.02 | 日体大女子長距離競技会 |
| 74 | 小林 彩音 | 駒大高校 | 9:45.90 | +1:34.15 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 75 | 朝倉 萌衣 | 旭川龍谷高校 | 9:45.98 | +1:34.23 | 日体大女子長距離競技会 |
| 76 | 隅田 美月 | 豊川高校 | 9:46.38 | +1:34.63 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 77 | 本田 瑞希 | 東海大相模高校 | 9:47.93 | +1:36.18 | 日体大女子長距離競技会 |
| 78 | 日下 琉楓 | 学法石川高校 | 9:48.04 | +1:36.29 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 79 | 加藤 紗彩 | 愛知高校 | 9:48.68 | +1:36.93 | 日体大女子長距離競技会 |
| 80 | 瀬戸口 恋空 | 鹿児島神村学園 | 9:48.95 | +1:37.20 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 81 | 柏木 ことみ | 東海大相模高校 | 9:48.98 | +1:37.23 | 日体大女子長距離競技会 |
| 82 | 森田 華音 | 長野東高校 | 9:49.63 | +1:37.88 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 83 | 脇坂 梨王南 | 須磨学園高校 | 9:49.78 | +1:38.03 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 84 | 研屋 杏虹 | 稲生高校 | 9:50.58 | +1:38.83 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 85 | 上野 愛夏 | 城西大城西高校 | 9:51.26 | +1:39.51 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 86 | 荻野 珠琳 | 鯖江高校 | 9:51.67 | +1:39.92 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 87 | 田口 心愛 | 城西大城西高校 | 9:52.66 | +1:40.91 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 88 | 菊池 里咲 | 花巻東高校 | 9:52.71 | +1:40.96 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 89 | 西堀 昇之介 | 八日市高 | 9:52.98 | +1:41.23 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 90 | 大塚 結衣 | 鯖江高校 | 9:53.18 | +1:41.43 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 91 | 鈴木 莉央 | 市立松戸高校 | 9:53.38 | +1:41.63 | 日体大女子長距離競技会 |
| 92 | 山下 想和 | 東海大相模高校 | 9:53.76 | +1:42.01 | 日体大女子長距離競技会 |
| 93 | 北村 玲華 | 駒大高校 | 9:54.79 | +1:43.04 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 94 | 大西 菜南子 | 大阪桐蔭高 | 9:55.05 | +1:43.30 | エディオンディスタンスチャレンジin大阪2025 |
| 94 | 阿部 帆夏 | 常磐高校 | 9:55.05 | +1:43.30 | 日体大女子長距離競技会 |
| 96 | 長谷川 泰大 | 瀬田工高 | 9:55.53 | +1:43.78 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 97 | 長谷川 埜恵 | 城西大城西高校 | 9:55.73 | +1:43.98 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 98 | 新谷 恵麻 | 山田 | 9:55.84 | +1:44.09 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 99 | 浦山 美咲 | 豊川高校 | 9:56.69 | +1:44.94 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 100 | 奥村 望愛 | 鯖江高校 | 9:56.76 | +1:45.01 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |