| 1 | 田中 悠大 | 洛南高校 | 3:47.61 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | ボイ ビリス | 札幌山の手高校 | 3:49.16 | +1.55 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 3 | 小池 大晴 | 相洋高校 | 3:55.49 | +7.88 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 4 | 朝倉 悠羽 | 山梨学院高校 | 3:56.71 | +9.10 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 5 | 鈴木 朝陽 | 青森山田高校 | 3:57.24 | +9.63 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 6 | 稲垣 翔馴 | 洛南高校 | 4:00.02 | +12.41 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 7 | 角舘 歩樹 | 城西大城西高校 | 4:02.11 | +14.50 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 8 | 成田 光希 | 相洋高校 | 4:02.13 | +14.52 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 9 | 山中 朔児 | 城西大城西高校 | 4:02.15 | +14.54 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 10 | 梅木 大輝 | 足立新田高校 | 4:04.70 | +17.09 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
|
| 11 | 臼井 礼翔 | 武蔵越生高校 | 4:04.74 | +17.13 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 12 | 中岫 奏輔 | 青森山田高校 | 4:05.41 | +17.80 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 13 | 坂下 漣 | 青森山田高校 | 4:06.02 | +18.41 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 14 | 菊池 大夢 | 青森山田高校 | 4:06.44 | +18.83 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 15 | 鈴木 颯太 | 桑名西高 | 4:06.75 | +19.14 | 第36回関東学生新人陸上競技選手権大会兼関東学生リレー競技会 |
| 16 | 石塚 煌人 | 東京農大三高校 | 4:07.11 | +19.50 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 17 | 永井 琉惺 | 城西大城西高校 | 4:07.17 | +19.56 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 18 | 柴田 悠真 | 相洋高校 | 4:07.58 | +19.97 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 19 | 櫻井 信吾 | 城北高校 | 4:07.93 | +20.32 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 20 | 南川 雄界 | 城西大城西高校 | 4:08.05 | +20.44 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 21 | 後藤 大晴 | 相洋高校 | 4:08.13 | +20.52 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 22 | 清藤 優成 | 城西大城西高校 | 4:08.16 | +20.55 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 23 | 丸山 遙輝 | 城西大城西高校 | 4:08.48 | +20.87 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 24 | 佐々木 凉蒼 | 青森山田高校 | 4:09.73 | +22.12 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 25 | 鳥谷部 凌央 | 青森山田高校 | 4:11.18 | +23.57 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 26 | 中村 舜大 | 長野日大高校 | 4:11.55 | +23.94 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 27 | 久保田 莉央 | 武蔵越生高校 | 4:12.32 | +24.71 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 28 | 山本 穂高 | 城西大城西高校 | 4:14.29 | +26.68 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 29 | 伊藤 翔貴 | 城西大城西高校 | 4:14.60 | +26.99 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 30 | 駒澤 直弥 | 相洋高校 | 4:15.82 | +28.21 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 31 | 田嶋 禮貴歩 | 青森山田高校 | 4:16.20 | +28.59 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 32 | メリー ムソニ | 青森山田高校 | 4:16.55 | +28.94 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 33 | 長森 結愛 | 仙台育英 | 4:17.46 | +29.85 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 34 | 加茂 史也 | 智辯和歌山高 | 4:18.11 | +30.50 | 和歌山県春季陸上競技選手権大会 |
| 35 | 夜野 統真 | 大津商高 | 4:20.46 | +32.85 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 36 | 黒川 志帆 | 仙台育英 | 4:20.80 | +33.19 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 37 | 布野 央士 | 出雲工高 | 4:21.03 | +33.42 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 38 | 石原 万結 | 仙台育英高校 | 4:21.07 | +33.46 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 39 | 長森 結愛 | 仙台育英高校 | 4:21.38 | +33.77 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 40 | 黒川 志帆 | 仙台育英高校 | 4:22.70 | +35.09 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 41 | 大木 陽輝 | 相洋高校 | 4:24.02 | +36.41 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 42 | ノラ ジェロティッチ | 世羅 | 4:25.09 | +37.48 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 43 | 永瀬 楓真 | 相洋高校 | 4:26.28 | +38.67 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 44 | 井上 佳奈 | 山形城北 | 4:26.68 | +39.07 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 45 | 瀬戸口 恋空 | 鹿児島神村学園 | 4:28.16 | +40.55 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 46 | 村松 帆乃美 | 東海大相模高校 | 4:28.69 | +41.08 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 47 | 山本 碧 | 出雲工高 | 4:28.89 | +41.28 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 48 | 横山 玲央 | 彦根翔西館高 | 4:28.90 | +41.29 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 49 | 南 和奏 | 岡山朝日高 | 4:29.22 | +41.61 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 50 | 立石 沙里菜 | 城東 | 4:29.49 | +41.88 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 51 | 菊池 恵愛 | 花巻東高校 | 4:29.50 | +41.89 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 52 | 三明 淳一 | 開星 | 4:29.57 | +41.96 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 53 | 坂本 美來 | 滋賀学園高校 | 4:30.04 | +42.43 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 54 | 福嶋 円嘉 | 大分東明高校 | 4:30.39 | +42.78 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 55 | 藤澤 心々 | 共愛学園高校 | 4:31.21 | +43.60 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 56 | 近藤 楓香 | 聖カタリナ学園高 | 4:32.75 | +45.14 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 57 | 源代 恵麻 | 新居浜東高 | 4:32.86 | +45.25 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 58 | 西山 雛子 | ヌヴェール学院高 | 4:32.94 | +45.33 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 59 | 田口 心愛 | 城西大城西高校 | 4:34.20 | +46.59 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 60 | 近藤 楓香 | 東大阪大敬愛高校 | 4:34.23 | +46.62 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 61 | 藤田 琉里 | 比叡山高 | 4:34.69 | +47.08 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 62 | 菅原 雛星 | 埼玉栄高校 | 4:35.52 | +47.91 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 63 | 大継 詩乃 | 大阪薫英女学院高校 | 4:35.85 | +48.24 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 64 | 大峠 ほたる | 益田 | 4:36.44 | +48.83 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 65 | 前川 莉澄 | 虎姫高 | 4:36.48 | +48.87 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 66 | 牧野 智彩 | 草津東高 | 4:37.05 | +49.44 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 67 | 吉田 治且 | 彦根東高 | 4:37.09 | +49.48 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 68 | 藤井 志帆 | 園田学園高 | 4:37.32 | +49.71 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 69 | 北村 愛介 | 日野高 | 4:37.59 | +49.98 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 70 | 新谷 恵麻 | 山田 | 4:37.68 | +50.07 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 71 | 谷山 璃來 | 開星 | 4:38.82 | +51.21 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 72 | 杉村 優介 | 八幡高 | 4:39.92 | +52.31 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 73 | 日下 琉楓 | 学法石川高校 | 4:39.96 | +52.35 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 74 | 奥村 望愛 | 鯖江高校 | 4:40.41 | +52.80 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 75 | 山岡 勇登 | 膳所高 | 4:41.17 | +53.56 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 76 | 大山 椋平 | 高島高 | 4:41.33 | +53.72 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 77 | 研屋 杏虹 | 稲生高校 | 4:42.03 | +54.42 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 78 | 中松 丈 | 乙訓高 | 4:43.78 | +56.17 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 79 | 隅田 美月 | 豊川高校 | 4:43.80 | +56.19 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 80 | 山本 留衣 | 東大阪大敬愛高校 | 4:44.90 | +57.29 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 81 | 櫛渕 光愛 | 白鵬女子高校 | 4:45.31 | +57.70 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 82 | 青山 松史 | 草津高 | 4:45.40 | +57.79 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 83 | 新井 璃桜 | 市立橘高校 | 4:45.43 | +57.82 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 84 | 西堀 昇之介 | 八日市高 | 4:46.40 | +58.79 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 85 | 田口 心愛 | 城西高 | 4:46.79 | +59.18 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 86 | 岡田 圭祐 | 石山高 | 4:47.92 | +1:00.31 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 87 | 白井 澄人 | 八幡高 | 4:48.36 | +1:00.75 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 88 | 山本 朝陽 | 八日市高 | 4:48.50 | +1:00.89 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 89 | 鴨狩 侑奈 | 錦城学園高校 | 4:49.01 | +1:01.40 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 90 | 福山 隼矢 | 日野高 | 4:49.16 | +1:01.55 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 91 | 小葉 海人 | 近江高 | 4:50.05 | +1:02.44 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 92 | 小林 琉生 | 八日市高 | 4:53.53 | +1:05.92 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 93 | 橘山 瑠南 | 山梨学院高校 | 4:54.91 | +1:07.30 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 94 | 北村 和奏 | 埼玉栄高校 | 4:56.32 | +1:08.71 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 95 | 上野 愛夏 | 城西大城西高校 | 4:56.47 | +1:08.86 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 96 | 鳴海 詩音 | 旭川龍谷高校 | 4:57.15 | +1:09.54 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 97 | 神村 岳 | 彦根東高 | 4:59.40 | +1:11.79 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 98 | 小川 紗希 | 水口東高 | 4:59.47 | +1:11.86 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 99 | 長岩 来維 | 白鵬女子高校 | 4:59.76 | +1:12.15 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 100 | 久保 友香 | 水口東高 | 5:00.40 | +1:12.79 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
