| 1 | フェリックス ムティアニ高3 | 山梨学院高校 | 3:39.20 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | 新妻 遼己高3 | 西脇工高 | 3:40.83 | +1.63 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 3 | 山本 聖也高3 | 高知農高 | 3:42.05 | +2.85 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 4 | 吉田 星高2 | 東海大札幌高校 | 3:42.27 | +3.07 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 5 | 小林 環高3 | 静岡東高校 | 3:43.50 | +4.30 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 6 | 森 亮太高3 | 美濃加茂高校 | 3:43.59 | +4.39 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 7 | 伊勢村 羚太高3 | 滋賀学園高校 | 3:43.96 | +4.76 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 8 | 黒岩 蘭太朗高3 | 長崎日本大学高 | 3:44.24 | +5.04 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 9 | 曽我 瑛 | 清新JAC | 3:44.36 | +5.16 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 10 | 簡 子傑 | 仙台育英 | 3:45.26 | +6.06 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
|
| 11 | 鈴木 太智 | 中京大中京 | 3:45.50 | +6.30 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 12 | 川口 峻太朗 | 順天堂大学 | 3:46.35 | +7.15 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 13 | 近藤 寿樹 | 東海大学 | 3:46.66 | +7.46 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 14 | 梅田 大陸高2 | 須磨学園高校 | 3:46.78 | +7.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 15 | 今村 仁高3 | 鳥栖工高 | 3:46.85 | +7.65 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 16 | 本田 桜二郎高3 | 鳥取城北高校 | 3:46.86 | +7.66 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 17 | 飯干 颯大高2 | 智辯カレッジ高 | 3:47.34 | +8.14 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 18 | 田中 悠大高1 | 洛南高校 | 3:47.61 | +8.41 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 19 | 鈴木 太智高3 | 中京大中京高校 | 3:47.97 | +8.77 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 20 | 後藤 颯星高3 | 酒田南高校 | 3:47.99 | +8.79 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 21 | 森松 彩夢 | 一関学院 | 3:48.32 | +9.12 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 22 | 家光 応輔高3 | 美方高校 | 3:48.34 | +9.14 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 23 | 大関 星斗高3 | 土浦日大 | 3:48.58 | +9.38 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 24 | ボイ ビリス高1 | 札幌山の手高校 | 3:49.16 | +9.96 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 25 | 小菅 誠太 | 一関学院 | 3:49.31 | +10.11 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 26 | 中島 陸斗高2 | 鹿児島鹿児島城西高 | 3:49.78 | +10.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 27 | 桒田 旬斗高3 | 倉敷高 | 3:49.87 | +10.67 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 28 | 氷見 練之介高3 | 富山商高 | 3:50.25 | +11.05 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 29 | 森田 瑛仁高2 | 市立松戸高校 | 3:50.30 | +11.10 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 30 | 丸山 展 | 中越 | 3:50.48 | +11.28 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 31 | 俵 匠生高2 | 長崎日本大学高 | 3:50.55 | +11.35 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 32 | 矢野 侑典 | 宮崎小林 | 3:50.69 | +11.49 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 33 | 佐藤 新太 | 山梨学院 | 3:50.78 | +11.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 34 | 近藤 寿樹高3 | 東海大相模高校 | 3:50.85 | +11.65 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 35 | 古賀 想太 | 市立前橋 | 3:50.86 | +11.66 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 36 | 松山 唯人 | 東海大学 | 3:51.04 | +11.84 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 37 | 百田 好希高2 | 鎮西学院高校 | 3:51.05 | +11.85 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 38 | 尾池 駿一高2 | 城ノ内中等高 | 3:51.22 | +12.02 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 39 | 中村 仁 | 津島東 | 3:51.46 | +12.26 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 40 | 中村 仁高2 | 津島東高校 | 3:51.63 | +12.43 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 41 | 佐藤 新太高3 | 山梨学院高校 | 3:51.70 | +12.50 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 42 | 大藪 遙斗高3 | 東京農大三高校 | 3:51.84 | +12.64 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 43 | 温水 英真 | 城西大学 | 3:51.86 | +12.66 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 44 | 根ヶ山 蓮 | 埼玉栄 | 3:51.88 | +12.68 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 45 | 吉田 太郎高2 | 鳥取城北高校 | 3:52.09 | +12.89 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 46 | 齋藤 瑠来高2 | 北見北斗高校 | 3:52.18 | +12.98 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 47 | 山本 圭悟 | 米子東 | 3:53.13 | +13.93 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 48 | 川副 剛煌高3 | 鳥栖工高 | 3:53.20 | +14.00 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 49 | 山口 翼高3 | 鯖江高校 | 3:53.55 | +14.35 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 50 | 梅津 雄飛高2 | 白樺学園高校 | 3:53.73 | +14.53 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 51 | 関口 海翔高2 | 前橋育英高校 | 3:53.78 | +14.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 52 | 吉村 莉一郎高3 | 市立船橋高校 | 3:53.79 | +14.59 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 53 | 五藤 大智高3 | 駒大高校 | 3:54.00 | +14.80 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 54 | 渡邊 来希高2 | 早稲佐高 | 3:54.13 | +14.93 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 55 | 竹ノ下 鳳瞳高2 | 鳥取城北高校 | 3:54.28 | +15.08 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 56 | 山口 幸太郎高3 | 駒大高校 | 3:54.36 | +15.16 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 57 | 田中 允紳 | 熊本九州学院 | 3:54.37 | +15.17 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 58 | 清水 悠翔高2 | 城西大城西高校 | 3:54.39 | +15.19 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 59 | 森田 陽翔 | 豊川 | 3:54.49 | +15.29 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 60 | 深津 良太 | 群馬大学 | 3:54.90 | +15.70 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 61 | 萬壽 元気 | 小林 | 3:55.20 | +16.00 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 62 | 松崎 悠生高2 | 浜田商業高 | 3:55.39 | +16.19 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 63 | 小池 大晴高1 | 相洋高校 | 3:55.49 | +16.29 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 64 | 帯刀 唯高3 | 相洋高校 | 3:55.54 | +16.34 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 65 | 三好 悠太 | 宇和 | 3:55.66 | +16.46 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 66 | 松本 育也高2 | 那須拓陽高校 | 3:55.88 | +16.68 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 67 | 小林 天高3 | 城西大城西高校 | 3:56.40 | +17.20 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 68 | 泉亭 拓海高3 | 札幌開成高 | 3:56.44 | +17.24 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 69 | 山根 爽楽 | 鳥取城北 | 3:56.46 | +17.26 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 70 | 小林 亮太 | 神奈川大学 | 3:56.60 | +17.40 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 71 | 朝倉 悠羽高1 | 山梨学院高校 | 3:56.71 | +17.51 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 72 | 大濵 康瑛高3 | 宇部鴻城高 | 3:56.98 | +17.78 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 73 | 白石 慎治 | 宇和 | 3:57.23 | +18.03 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 73 | 佐藤 蒼空高3 | 山形中央高校 | 3:57.23 | +18.03 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 75 | 鈴木 朝陽高1 | 青森山田高校 | 3:57.24 | +18.04 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 75 | 堀井 敬悟高3 | 遊学館高校 | 3:57.24 | +18.04 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 77 | 谷 隆誠高2 | 滋賀学園高校 | 3:57.42 | +18.22 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 78 | 高橋 理央高2 | 松山商高 | 3:57.63 | +18.43 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 79 | 後藤 立樹高2 | 日大三島高校 | 3:58.42 | +19.22 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 80 | 稲垣 瑛心 | 稲生 | 3:58.70 | +19.50 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 81 | 那須村 海 | 矢部 | 3:58.93 | +19.73 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 82 | 小森 幹矢高3 | 京産大附高 | 3:59.09 | +19.89 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 83 | 清水 悠翔高3 | 城西高 | 3:59.17 | +19.97 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 84 | 小林 駆高3 | 城西大城西高校 | 3:59.52 | +20.32 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 85 | 清久 時臣高3 | 倉敷高 | 3:59.64 | +20.44 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 86 | 黒川 蒼介高2 | 四学香川西高 | 3:59.88 | +20.68 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 87 | 稲垣 翔馴高1 | 洛南高校 | 4:00.02 | +20.82 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 88 | 本間 空高3 | 相洋高校 | 4:00.12 | +20.92 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 89 | 三谷 大輝高3 | 英明高 | 4:00.48 | +21.28 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 90 | 渡邊 義仁 | 芝浦工業大学 | 4:00.53 | +21.33 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 91 | 佐藤 煉高2 | 滋賀学園高校 | 4:01.08 | +21.88 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 92 | 依田 弥央高3 | 京都外大西高校 | 4:01.25 | +22.05 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 93 | 齊藤 弘世高3 | 札幌山の手高校 | 4:01.63 | +22.43 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 94 | 沼山 在音高3 | 青森山田高校 | 4:01.95 | +22.75 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 95 | 角舘 歩樹高1 | 城西大城西高校 | 4:02.11 | +22.91 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 96 | 成田 光希高1 | 相洋高校 | 4:02.13 | +22.93 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 97 | 山中 朔児高1 | 城西大城西高校 | 4:02.15 | +22.95 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 98 | 佐藤 陽紀高2 | 相洋高校 | 4:02.26 | +23.06 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 99 | 福田 遥己高2 | 武蔵越生高校 | 4:02.38 | +23.18 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 100 | 滝澤 秀斗高2 | 上伊那農業高校 | 4:02.53 | +23.33 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
