| 1 | 増子 陽太高3 | 学法石川高校 | 13:27.26 | | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 2 | ボイ ビリス高1 | 札幌山の手高校 | 13:27.52 | +0.26 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 3 | ジェームス カルリ高3 | 青森山田高校 | 13:31.38 | +4.12 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 4 | 栗村 凌高3 | 学法石川高校 | 13:34.38 | +7.12 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 5 | 新妻 遼己高3 | 西脇工高 | 13:35.33 | +8.07 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 6 | 土間 董哉高2 | 世羅高校 | 13:39.13 | +11.87 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 7 | フェリックス ムティアニ高3 | 山梨学院高校 | 13:41.04 | +13.78 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 8 | キプロブ ケンボイ高2 | 倉敷高 | 13:43.92 | +16.66 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 9 | 本田 桜二郎高3 | 鳥取城北高校 | 13:44.44 | +17.18 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 10 | 首藤 海翔高3 | 倉敷高 | 13:44.74 | +17.48 | 第79回国民スポーツ大会 |
|
| 11 | 吉田 星高2 | 東海大札幌高校 | 13:46.49 | +19.23 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 12 | キプタム ヴィクター | 安川電機 | 13:46.65 | +19.39 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 13 | 菅野 元太高3 | 仙台育英高校 | 13:46.97 | +19.71 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 14 | 今村 仁高3 | 鳥栖工高 | 13:48.83 | +21.57 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 15 | 簡 子傑高3 | 仙台育英学園高校 | 13:48.99 | +21.73 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 16 | 五十嵐 新太高3 | 水城高校 | 13:49.50 | +22.24 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 17 | 山本 聖也高3 | 高知農高 | 13:50.88 | +23.62 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 18 | 若林 司 | 大東文化大学 | 13:51.30 | +24.04 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 19 | 川口 峻太朗 | 順天堂大学 | 13:51.68 | +24.42 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 20 | 林 柚杏高2 | 札幌山の手高校 | 13:51.83 | +24.57 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 21 | 工藤 優唯高3 | 青森山田高校 | 13:52.00 | +24.74 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 22 | 内田 涼太高2 | 鎮西学院高校 | 13:53.40 | +26.14 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 23 | ガユ サミュエル高2 | 札幌山の手高校 | 13:54.09 | +26.83 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 24 | 鈴木 大翔 | 仙台育英 | 13:54.44 | +27.18 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 25 | 松尾 航希高3 | 市立船橋高校 | 13:55.07 | +27.81 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 26 | 赤坂 勇輔高3 | 西脇工高 | 13:55.08 | +27.82 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 27 | 池谷 陸斗高2 | 駒大高校 | 13:55.61 | +28.35 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 28 | 酒井 崇史高3 | 佐久長聖高校 | 13:55.96 | +28.70 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 29 | 佐藤 賢仁高3 | 仙台育英高校 | 13:56.14 | +28.88 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 30 | 馬場 柚 | 埼玉栄 | 13:56.15 | +28.89 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 31 | 保芦 摩比呂高3 | 学法石川高校 | 13:56.96 | +29.70 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 32 | 門間 蒼大高3 | 九州学院高校 | 13:57.19 | +29.93 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 33 | 山本 悠悟高3 | 青森山田高校 | 13:57.85 | +30.59 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 34 | 梅田 大陸高2 | 須磨学園高校 | 13:58.27 | +31.01 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 35 | 古川 陽樹高3 | 盛岡大附高 | 13:58.62 | +31.36 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 36 | 近藤 寿樹高3 | 東海大相模高校 | 13:59.00 | +31.74 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 37 | 小林 亮太 | 神奈川大学 | 13:59.77 | +32.51 | 2025ホクレン・ディスタンスチャレンジin北海道 第4戦 北見大会 |
| 38 | 田村 幸太 | 創価大学 | 14:00.53 | +33.27 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 39 | ゼベダヨ ララプア | 仙台育英 | 14:01.62 | +34.36 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 40 | ピーター ムトゥリ | 岡山商大附 | 14:01.93 | +34.67 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 41 | 大沼 光琉高2 | 豊川高校 | 14:01.96 | +34.70 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 42 | 下森 実直高3 | 鳥栖工業高校 | 14:04.53 | +37.27 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 43 | キプロブ ケンボイ高2 | 倉敷高 | 14:04.87 | +37.61 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 44 | 桒原 将大高2 | 京都外大西高校 | 14:05.06 | +37.80 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 45 | 丸山 展高3 | 中越高校 | 14:06.08 | +38.82 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 46 | 上岡 煌 | 駒澤大学 | 14:06.13 | +38.87 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 47 | 日向 春空 | 青山学院大学 | 14:06.57 | +39.31 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 48 | アントニー ムトゥリ | 世羅 | 14:07.15 | +39.89 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 49 | キブニ エヴァンス高3 | 福岡第一高 | 14:07.23 | +39.97 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 50 | 小林 晴琉 | 筑波大学 | 14:07.55 | +40.29 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 51 | 藤岡 孝太郎高3 | 須磨学園高校 | 14:07.76 | +40.50 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 52 | 西 広翔 | 専修大学 | 14:08.36 | +41.10 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 53 | 簡 子傑 | 仙台育英 | 14:08.48 | +41.22 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 53 | 北村 海智 | 神奈川大学 | 14:08.48 | +41.22 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 55 | 田中 允紳高2 | 九州学院高校 | 14:08.54 | +41.28 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 56 | 江口 怜臣高3 | 作新学院高校 | 14:08.67 | +41.41 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 57 | 木村 悠未高2 | 拓大一高校 | 14:09.97 | +42.71 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 58 | 赤坂 直人高2 | 佐久長聖高校 | 14:10.07 | +42.81 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 59 | 森貞 翔太高2 | 須磨学園高校 | 14:10.58 | +43.32 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 60 | 長尾 優汰高2 | 美濃加茂高校 | 14:11.28 | +44.02 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 61 | 寺内 頼高3 | 拓大一高校 | 14:12.08 | +44.82 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 62 | 上田 充琉高2 | 小林高校 | 14:12.22 | +44.96 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 63 | 栗林 凛太朗高2 | 花咲徳栄高校 | 14:12.24 | +44.98 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 64 | 山田 陸高3 | 一関学院高校 | 14:12.81 | +45.55 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 65 | 向津 翼 | 立教大学 | 14:13.88 | +46.62 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 66 | 飯干 颯大高2 | 智辯カレッジ高 | 14:13.98 | +46.72 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 67 | 久保 和寛 | 熊本九州学院 | 14:14.37 | +47.11 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 68 | 冨樫 宙大高3 | 東海大相模高校 | 14:14.54 | +47.28 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 69 | 久保 俊太高2 | 美濃加茂高校 | 14:14.99 | +47.73 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 70 | 山本 隼士高2 | 東海大相模高校 | 14:16.10 | +48.84 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 71 | 添田 倖斗高2 | 那須拓陽高校 | 14:16.32 | +49.06 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 72 | 菊地 涼太 | 國學院大學 | 14:16.62 | +49.36 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 73 | 佐藤 新太高3 | 山梨学院高校 | 14:16.67 | +49.41 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 74 | 小田垣 茉周高3 | 伊賀白鳳高校 | 14:18.10 | +50.84 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 74 | 永嶋 駿樹高2 | 豊川高校 | 14:18.10 | +50.84 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 76 | 福井 楽高3 | 桂高校 | 14:18.11 | +50.85 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 77 | 前田 結人高3 | 洛南高校 | 14:18.34 | +51.08 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 78 | 上杉 敦史 | 八千代松陰 | 14:18.72 | +51.46 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 79 | 山本 光空 | 国士舘大学 | 14:18.85 | +51.59 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 80 | 兼平 涼太郎高3 | 八戸学院光星高校 | 14:18.93 | +51.67 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 81 | 村尾 恭輔 | 城西大学 | 14:18.97 | +51.71 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 82 | 古川 陽樹高3 | 盛岡大附属高校 | 14:19.24 | +51.98 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 83 | 安藤 槙悟高3 | 駒大高校 | 14:19.36 | +52.10 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 84 | 佐藤 悠斗高3 | 中越高校 | 14:19.45 | +52.19 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 85 | 土間 董哉 | 世羅 | 14:19.68 | +52.42 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 86 | 奥野 恭史高3 | 洛南高校 | 14:19.73 | +52.47 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 87 | 鶴留 唯月高3 | 小林高校 | 14:19.84 | +52.58 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 88 | 石谷 琉輝 | 米子松蔭 | 14:20.04 | +52.78 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 89 | 清水 皐熙高3 | 小林高校 | 14:20.05 | +52.79 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 90 | 小島 大輝高2 | 東海大相模高校 | 14:20.36 | +53.10 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 91 | 森松 彩夢高2 | 一関学院高校 | 14:20.51 | +53.25 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 92 | 山口 幸太郎高3 | 駒大高校 | 14:20.56 | +53.30 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 93 | 伊藤 颯太高3 | 豊川高校 | 14:20.62 | +53.36 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 94 | 鶴藤 健琉 | 仙台育英 | 14:20.89 | +53.63 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 95 | 吉村 竜友健高2 | 豊川高校 | 14:20.97 | +53.71 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 96 | 森 亮太高3 | 美濃加茂高校 | 14:21.10 | +53.84 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 97 | 貝原 悠里高3 | 洛南高校 | 14:21.36 | +54.10 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 98 | 末田 唯久海高3 | 学法石川高校 | 14:21.51 | +54.25 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 99 | 山田 莉生高1 | 拓大一高校 | 14:21.59 | +54.33 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 100 | 前田 蒼空高2 | 敦賀気比高校 | 14:21.67 | +54.41 | 第79回国民スポーツ大会 |