| 1 | 本田 桜二郎高3 | 鳥取城北高校 | 8:04.13 | | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 2 | 藤井 雄大 | 宮崎宮崎日大 | 8:11.33 | +7.20 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 3 | 中島 陸斗高2 | 鹿児島鹿児島城西高 | 8:11.64 | +7.51 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 4 | 稲垣 翔馴高1 | 洛南高校 | 8:11.75 | +7.62 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 5 | 松尾 翼高3 | 飯塚高 | 8:12.14 | +8.01 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 6 | 丸山 展 | 中越 | 8:12.65 | +8.52 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 7 | 藤田 翔蒼高1 | 豊川高校 | 8:13.95 | +9.82 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 8 | 市川 太羅 | 仙台育英 | 8:15.08 | +10.95 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 9 | 久保 俊太高2 | 美濃加茂高校 | 8:16.58 | +12.45 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 10 | 小原 健太郎 | 花巻東 | 8:17.68 | +13.55 | 第79回国民スポーツ大会 |
|
| 11 | 大沼 光琉高2 | 豊川高校 | 8:18.45 | +14.32 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 12 | 若田 大尚高1 | 学法石川高校 | 8:18.97 | +14.84 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 13 | 辻 竜乃介高2 | 鳥栖工高 | 8:19.28 | +15.15 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 14 | 杉田 來翔高1 | 東海大札幌高校 | 8:20.74 | +16.61 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 15 | 谷 颯真高1 | 佐野日大高校 | 8:21.14 | +17.01 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 16 | 出口 幸汰 | 宮崎宮崎日大 | 8:21.30 | +17.17 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 17 | 山崎 碧葉高3 | 豊田大谷高校 | 8:21.47 | +17.34 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 18 | 森松 彩夢高2 | 一関学院高校 | 8:21.59 | +17.46 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 19 | 渡邊 来希高2 | 早稲佐高 | 8:21.74 | +17.61 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 20 | 圓 太喜 | 城西 | 8:21.76 | +17.63 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 21 | 堀 友大郎高2 | 中京大中京高校 | 8:21.92 | +17.79 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 22 | 川副 剛煌高3 | 鳥栖工高 | 8:22.05 | +17.92 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 23 | 中村 仁高2 | 津島東高校 | 8:22.56 | +18.43 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 24 | 吉田 惺和高2 | 川口市立高 | 8:22.70 | +18.57 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 25 | 伊藤 遼高1 | 佐久長聖高校 | 8:22.92 | +18.79 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 26 | 西澤 惟定高1 | 諏訪二葉高校 | 8:23.17 | +19.04 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 27 | 片岡 宇龍高2 | 豊田大谷高校 | 8:23.25 | +19.12 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 28 | 平沼 大晴高2 | 興國高校 | 8:23.46 | +19.33 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 29 | 長 煌介高1 | 鳥取城北高校 | 8:23.67 | +19.54 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 30 | 小菅 誠太 | 一関学院 | 8:24.21 | +20.08 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 31 | 朝倉 悠羽高1 | 山梨学院高校 | 8:26.08 | +21.95 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 32 | 妹尾 海俐高2 | 市立松戸高校 | 8:28.10 | +23.97 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 33 | 加賀 龍之介 | 國學院久我山 | 8:29.19 | +25.06 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 34 | 猪熊 凌摂 | 中京大学 | 8:29.34 | +25.21 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 35 | 河野 蒼人高1 | 世羅高校 | 8:30.06 | +25.93 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 36 | 滝澤 秀斗高2 | 上伊那農高 | 8:30.48 | +26.35 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 37 | 杉平 颯志 | 鳥栖工業 | 8:33.47 | +29.34 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 38 | 中岫 奏輔高1 | 青森山田高校 | 8:33.48 | +29.35 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 39 | 久富 廉高2 | 鳥栖工高 | 8:34.38 | +30.25 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 40 | 山﨑 圭人高1 | 東海大相模高校 | 8:35.18 | +31.05 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 41 | 川口 頼輝高1 | 開新高校 | 8:35.25 | +31.12 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 42 | 薮﨑 一心高1 | 市立松戸高校 | 8:36.08 | +31.95 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 43 | 岩岡 一暉高2 | 昌平高校 | 8:37.79 | +33.66 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 44 | 加田 蒼高1 | 稲生高校 | 8:38.63 | +34.50 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 45 | 田代常太 郎高1 | 鳥栖工高 | 8:40.22 | +36.09 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 46 | 喜多 勇貴高1 | 徳島科学技術高 | 8:43.20 | +39.07 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 47 | 中尾 瞭佑高1 | 膳所高 | 8:44.55 | +40.42 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 48 | 大林 凛太郎高1 | 草津東高 | 8:44.71 | +40.58 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 49 | 中尾 駿佑高1 | 膳所高 | 8:47.03 | +42.90 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 50 | 中野 誉一高2 | 草津東高 | 8:47.49 | +43.36 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 51 | 多胡 圭祐高2 | 草津東高 | 8:47.62 | +43.49 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 52 | ジャネット ジェプコエチ高3 | 倉敷高 | 8:48.23 | +44.10 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 53 | 市川 大惺高2 | 市立松戸高校 | 8:48.31 | +44.18 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 54 | 新 悠翔高2 | 草津東高 | 8:48.51 | +44.38 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 55 | 梅津 雄飛高2 | 白樺学園高校 | 8:49.75 | +45.62 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 56 | 山本 秀路高2 | 大津商高 | 8:53.64 | +49.51 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 57 | 牛田 吏己高2 | 城南高 | 8:54.94 | +50.81 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 58 | アカイ メアリー高2 | 白鵬女高 | 8:55.02 | +50.89 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 59 | 内山 翔羽高1 | 鹿児島工高 | 8:56.38 | +52.25 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 60 | 岩下 幾海高1 | 高知工高 | 8:58.30 | +54.17 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 61 | 芦田 和佳 | 立命館宇治 | 8:59.45 | +55.32 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 62 | 川上 南海高2 | 長野東高校 | 9:04.22 | +1:00.09 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 63 | 池野 絵莉高3 | 須磨学園高校 | 9:04.37 | +1:00.24 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 64 | 松本 優哉高1 | 西京高 | 9:04.44 | +1:00.31 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 65 | 吉田 彩心高3 | 札幌創成高校 | 9:04.64 | +1:00.51 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 66 | 長森 結愛高1 | 仙台育英高校 | 9:04.77 | +1:00.64 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 67 | 湯田 和未高3 | 学法石川高校 | 9:04.91 | +1:00.78 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 68 | 尾﨑 一樺高2 | 智辯カレッジ高 | 9:05.12 | +1:00.99 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 69 | 奥田 凛太郎高2 | 水口東高 | 9:05.29 | +1:01.16 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 70 | ミリアム ジェリ高2 | 仙台育英高校 | 9:05.41 | +1:01.28 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 71 | 男乕 結衣 | 東北 | 9:07.16 | +1:03.03 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 72 | 大谷 芽以 | 名城大学 | 9:07.21 | +1:03.08 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 73 | 奥野 陽翔高2 | 大津商高 | 9:07.76 | +1:03.63 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 74 | 久保 凛高2 | 東大阪大敬愛高校 | 9:07.80 | +1:03.67 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 75 | 川上 南海高2 | 長野東高校 | 9:08.08 | +1:03.95 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 76 | 瀬戸口 凜高2 | 神村学園高校 | 9:08.23 | +1:04.10 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 77 | 村井 和果高2 | 薫英女学院高校 | 9:08.63 | +1:04.50 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 78 | 福山 若奈高3 | 埼玉栄高校 | 9:08.87 | +1:04.74 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 79 | キャサリン ムティダ高2 | 山梨学院高校 | 9:09.11 | +1:04.98 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 80 | 細見 芽生 | 名城大学 | 9:10.47 | +1:06.34 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 81 | 杉田 琉威高1 | 富山商高 | 9:10.77 | +1:06.64 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 82 | ムトニ マーガレット | 神村学園 | 9:12.34 | +1:08.21 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 83 | 多久和 竜空高1 | 出雲工高 | 9:12.50 | +1:08.37 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 84 | ムリティ マーシー高1 | 神村学園高校 | 9:12.74 | +1:08.61 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 85 | 黒川 志帆高1 | 仙台育英高校 | 9:13.41 | +1:09.28 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 86 | 川西 みち | 豊田自動織機 | 9:13.50 | +1:09.37 | エディオンディスタンスチャレンジin大阪2025 |
| 87 | メリー ムソニ高1 | 青森山田高校 | 9:14.28 | +1:10.15 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 88 | 大石 蒼依高1 | 仙台育英高校 | 9:14.29 | +1:10.16 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 88 | ミリアム ジェリ | 仙台育英 | 9:14.29 | +1:10.16 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 90 | 谷 凪紗高3 | 豊川高校 | 9:14.47 | +1:10.34 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 91 | 谷 康平高1 | 草津東高 | 9:14.51 | +1:10.38 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 92 | 瀬戸口 凜 | 神村学園 | 9:14.77 | +1:10.64 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 93 | 南條 愛歩高3 | 倉敷高 | 9:15.37 | +1:11.24 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 94 | 芦田 和佳高3 | 立命館宇治高校 | 9:15.47 | +1:11.34 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 95 | シュブルチェック アンナ高2 | 牛久高校 | 9:15.60 | +1:11.47 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 95 | 大﨑 次朗高1 | 草津東高 | 9:15.60 | +1:11.47 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 97 | 河村 璃央高3 | 薫英女学院高校 | 9:16.00 | +1:11.87 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 98 | 岡本 玲哉高1 | 智辯和歌山高 | 9:16.89 | +1:12.76 | 和歌山県春季陸上競技選手権大会 |
| 98 | 宇都宮 桃奈高2 | 札幌山の手高校 | 9:16.89 | +1:12.76 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 100 | 夜野 統真高1 | 大津商高 | 9:16.92 | +1:12.79 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |