| 1 | 吉田 星 | 東海大札幌高校 | 3:42.27 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | 梅田 大陸 | 須磨学園高校 | 3:46.78 | +4.51 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 3 | 飯干 颯大 | 智辯カレッジ高 | 3:47.34 | +5.07 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 4 | 小菅 誠太 | 一関学院 | 3:49.31 | +7.04 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 5 | 中島 陸斗 | 鹿児島鹿児島城西高 | 3:49.78 | +7.51 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 6 | 森田 瑛仁 | 市立松戸高校 | 3:50.30 | +8.03 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 7 | 俵 匠生 | 長崎日本大学高 | 3:50.55 | +8.28 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 8 | 矢野 侑典 | 宮崎小林 | 3:50.69 | +8.42 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 9 | 百田 好希 | 鎮西学院高校 | 3:51.05 | +8.78 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 10 | 尾池 駿一 | 城ノ内中等高 | 3:51.22 | +8.95 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
|
| 11 | 中村 仁 | 津島東 | 3:51.46 | +9.19 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 12 | 中村 仁 | 津島東高校 | 3:51.63 | +9.36 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 13 | 吉田 太郎 | 鳥取城北高校 | 3:52.09 | +9.82 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 14 | 齋藤 瑠来 | 北見北斗高校 | 3:52.18 | +9.91 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 15 | 山本 圭悟 | 米子東 | 3:53.13 | +10.86 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 16 | 梅津 雄飛 | 白樺学園高校 | 3:53.73 | +11.46 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 17 | 関口 海翔 | 前橋育英高校 | 3:53.78 | +11.51 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 18 | 渡邊 来希 | 早稲佐高 | 3:54.13 | +11.86 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 19 | 竹ノ下 鳳瞳 | 鳥取城北高校 | 3:54.28 | +12.01 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 20 | 田中 允紳 | 熊本九州学院 | 3:54.37 | +12.10 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 21 | 清水 悠翔 | 城西大城西高校 | 3:54.39 | +12.12 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 22 | 森田 陽翔 | 豊川 | 3:54.49 | +12.22 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 23 | 松崎 悠生 | 浜田商業高 | 3:55.39 | +13.12 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 24 | 三好 悠太 | 宇和 | 3:55.66 | +13.39 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 25 | 松本 育也 | 那須拓陽高校 | 3:55.88 | +13.61 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 26 | 小林 亮太 | 神奈川大学 | 3:56.60 | +14.33 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 27 | 谷 隆誠 | 滋賀学園高校 | 3:57.42 | +15.15 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 28 | 高橋 理央 | 松山商高 | 3:57.63 | +15.36 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 29 | 後藤 立樹 | 日大三島高校 | 3:58.42 | +16.15 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 30 | 黒川 蒼介 | 四学香川西高 | 3:59.88 | +17.61 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 31 | 佐藤 煉 | 滋賀学園高校 | 4:01.08 | +18.81 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 32 | 佐藤 陽紀 | 相洋高校 | 4:02.26 | +19.99 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 33 | 福田 遥己 | 武蔵越生高校 | 4:02.38 | +20.11 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 34 | 滝澤 秀斗 | 上伊那農業高校 | 4:02.53 | +20.26 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 35 | 石岡 煌星 | 武蔵越生高校 | 4:04.30 | +22.03 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 36 | 櫻井 琉衣 | 東京農大三高校 | 4:05.50 | +23.23 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 37 | 松下 幸永 | 城西大城西高校 | 4:05.69 | +23.42 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 38 | 松永 祐樹 | 石神井高校 | 4:05.76 | +23.49 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 39 | 大畑 裕一朗 | 智辯和歌山高 | 4:06.57 | +24.30 | 和歌山県春季陸上競技選手権大会 |
| 40 | 菅原 泉吹 | 青森山田高校 | 4:06.78 | +24.51 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 41 | 田伏 瑞基 | 智辯和歌山高 | 4:07.31 | +25.04 | 和歌山県春季陸上競技選手権大会 |
| 42 | 兼平 脩大 | 青森山田高校 | 4:07.80 | +25.53 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 43 | 嶋田 楓 | 相洋高校 | 4:08.69 | +26.42 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 44 | 近藤 愛翔 | 和歌山工高 | 4:09.98 | +27.71 | 和歌山県春季陸上競技選手権大会 |
| 45 | 岡 晄羅 | 城西大城西高校 | 4:10.40 | +28.13 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 46 | アカイ メアリー | 白鵬女高 | 4:11.18 | +28.91 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 47 | 西村 悠也 | 水口東高 | 4:11.20 | +28.93 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 47 | 茂木 琳 | 城西大城西高校 | 4:11.20 | +28.93 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 49 | 久保 凛 | 東大阪大敬愛高校 | 4:11.38 | +29.11 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 50 | 市山 翔也 | 石見智翠館高 | 4:11.97 | +29.70 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 51 | 今岡 悟志 | 平田 | 4:12.17 | +29.90 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 52 | 福永 怜央 | 長浜北高 | 4:13.34 | +31.07 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 53 | 鈴木 士愛 | 長野日大高校 | 4:13.36 | +31.09 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 54 | 君山 太一 | 城西大城西高校 | 4:13.78 | +31.51 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 55 | 畑 仁智甫 | 膳所高 | 4:14.00 | +31.73 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 56 | 益田 翔碧 | 相洋高校 | 4:14.76 | +32.49 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 57 | 幸野 亮太 | 平田 | 4:15.26 | +32.99 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 58 | 小村 亮太 | 平田 | 4:15.27 | +33.00 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 59 | 遠藤 光基 | 平田 | 4:15.80 | +33.53 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 60 | 稲田 来絆 | 向陽 | 4:17.29 | +35.02 | 和歌山県春季陸上競技選手権大会 |
| 61 | 鍵元 夢生 | 遊学館高校 | 4:17.33 | +35.06 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 62 | 水野 遥翔 | 甲西高 | 4:17.68 | +35.41 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 63 | 大城 湊志 | 京都外大西高校 | 4:18.09 | +35.82 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 64 | シュブルチェック アンナ | 牛久高校 | 4:19.97 | +37.70 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 65 | 福本 瑛士 | 彦根東高 | 4:20.30 | +38.03 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 66 | 曽田 暁大 | 出雲工高 | 4:20.59 | +38.32 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 67 | 黒田 六花 | 仙台育英 | 4:21.01 | +38.74 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 68 | 日高 伊織 | 石見智翠館高 | 4:21.29 | +39.02 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 69 | 村井 和果 | 薫英女学院 | 4:21.65 | +39.38 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 70 | 清水 颯 | 山梨学院高校 | 4:21.72 | +39.45 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 71 | 川上 南海 | 長野東高校 | 4:22.36 | +40.09 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 72 | 嘉藤 蓮 | 平田 | 4:23.77 | +41.50 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 73 | 本間 栞 | 山形中央 | 4:24.10 | +41.83 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 74 | 村井 和果 | 薫英女学院高校 | 4:24.92 | +42.65 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 75 | 尾﨑 一樺 | 智辯カレッジ高 | 4:24.95 | +42.68 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 76 | 藤田 莉沙 | 倉敷高 | 4:25.01 | +42.74 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 77 | 稲井 円花 | 共愛学園高校 | 4:25.51 | +43.24 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 78 | 村井 和果 | 大阪薫英女学院高校 | 4:25.81 | +43.54 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 79 | 嶋本 はな乃 | 筑紫女学園高 | 4:26.22 | +43.95 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 80 | 内田 匠胡 | 西城陽高 | 4:26.66 | +44.39 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 81 | 松浦 銘玉 | 埼玉栄 | 4:26.67 | +44.40 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 82 | 藤井 柑奈 | 西条農 | 4:26.87 | +44.60 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 83 | 田村 康 | 平田 | 4:26.91 | +44.64 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 84 | 石原 聡太 | 守山高 | 4:27.06 | +44.79 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 85 | 黒田 六花 | 仙台育英高校 | 4:27.09 | +44.82 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 86 | 牛谷 和士 | 虎姫高 | 4:27.31 | +45.04 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 87 | 荒木 睦桔 | 水口東高 | 4:27.85 | +45.58 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 88 | 今村 蒼空 | 甲西高 | 4:28.36 | +46.09 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 89 | 松浦 銘玉 | 埼玉栄高校 | 4:28.44 | +46.17 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 90 | 宇都宮 桃奈 | 札幌山の手高校 | 4:28.48 | +46.21 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 91 | 立石 里央菜 | 城東 | 4:28.66 | +46.39 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 92 | 長谷川 結都 | 東大阪大敬愛高校 | 4:28.79 | +46.52 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 93 | 大﨑 真之介 | 立命館守山高 | 4:29.50 | +47.23 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 93 | 辻 詩雅 | 八日市高 | 4:29.50 | +47.23 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 95 | 杉安 一葉 | 熊本ルーテル学院 | 4:29.92 | +47.65 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 96 | 前田 大和 | 草津高 | 4:30.24 | +47.97 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 97 | 御手洗 心菜 | 今治西 | 4:30.54 | +48.27 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 98 | 宇野 莉里杏 | 中京大中京高校 | 4:30.98 | +48.71 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 99 | 鈴木 葉希妃 | 花巻東高校 | 4:31.16 | +48.89 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 100 | 増田 来瞳 | ヌヴェール学院高 | 4:31.47 | +49.20 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
