| 1 | フェリックス ムティアニ | 山梨学院高校 | 3:39.20 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | 新妻 遼己 | 西脇工高 | 3:40.83 | +1.63 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 3 | 山本 聖也 | 高知農高 | 3:42.05 | +2.85 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 4 | 小林 環 | 静岡東高校 | 3:43.50 | +4.30 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 5 | 森 亮太 | 美濃加茂高校 | 3:43.59 | +4.39 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 6 | 伊勢村 羚太 | 滋賀学園高校 | 3:43.96 | +4.76 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 7 | 黒岩 蘭太朗 | 長崎日本大学高 | 3:44.24 | +5.04 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 8 | 曽我 瑛 | 清新JAC | 3:44.36 | +5.16 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 9 | 簡 子傑 | 仙台育英 | 3:45.26 | +6.06 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 10 | 鈴木 太智 | 中京大中京 | 3:45.50 | +6.30 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
|
| 11 | 川口 峻太朗 | 順天堂大学 | 3:46.35 | +7.15 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 12 | 近藤 寿樹 | 東海大学 | 3:46.66 | +7.46 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 13 | 今村 仁 | 鳥栖工高 | 3:46.85 | +7.65 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 14 | 本田 桜二郎 | 鳥取城北高校 | 3:46.86 | +7.66 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 15 | 鈴木 太智 | 中京大中京高校 | 3:47.97 | +8.77 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 16 | 後藤 颯星 | 酒田南高校 | 3:47.99 | +8.79 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 17 | 森松 彩夢 | 一関学院 | 3:48.32 | +9.12 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 18 | 家光 応輔 | 美方高校 | 3:48.34 | +9.14 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 19 | 大関 星斗 | 土浦日大 | 3:48.58 | +9.38 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 20 | 桒田 旬斗 | 倉敷高 | 3:49.87 | +10.67 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 21 | 氷見 練之介 | 富山商高 | 3:50.25 | +11.05 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 22 | 丸山 展 | 中越 | 3:50.48 | +11.28 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 23 | 佐藤 新太 | 山梨学院 | 3:50.78 | +11.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 24 | 近藤 寿樹 | 東海大相模高校 | 3:50.85 | +11.65 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 25 | 古賀 想太 | 市立前橋 | 3:50.86 | +11.66 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 26 | 松山 唯人 | 東海大学 | 3:51.04 | +11.84 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 27 | 佐藤 新太 | 山梨学院高校 | 3:51.70 | +12.50 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 28 | 大藪 遙斗 | 東京農大三高校 | 3:51.84 | +12.64 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 29 | 温水 英真 | 城西大学 | 3:51.86 | +12.66 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 30 | 根ヶ山 蓮 | 埼玉栄 | 3:51.88 | +12.68 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 31 | 川副 剛煌 | 鳥栖工高 | 3:53.20 | +14.00 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 32 | 山口 翼 | 鯖江高校 | 3:53.55 | +14.35 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 33 | 吉村 莉一郎 | 市立船橋高校 | 3:53.79 | +14.59 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 34 | 五藤 大智 | 駒大高校 | 3:54.00 | +14.80 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 35 | 山口 幸太郎 | 駒大高校 | 3:54.36 | +15.16 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 36 | 深津 良太 | 群馬大学 | 3:54.90 | +15.70 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 37 | 萬壽 元気 | 小林 | 3:55.20 | +16.00 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 38 | 帯刀 唯 | 相洋高校 | 3:55.54 | +16.34 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 39 | 小林 天 | 城西大城西高校 | 3:56.40 | +17.20 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 40 | 泉亭 拓海 | 札幌開成高 | 3:56.44 | +17.24 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 41 | 山根 爽楽 | 鳥取城北 | 3:56.46 | +17.26 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 42 | 大濵 康瑛 | 宇部鴻城高 | 3:56.98 | +17.78 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 43 | 佐藤 蒼空 | 山形中央高校 | 3:57.23 | +18.03 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 43 | 白石 慎治 | 宇和 | 3:57.23 | +18.03 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 45 | 堀井 敬悟 | 遊学館高校 | 3:57.24 | +18.04 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 46 | 稲垣 瑛心 | 稲生 | 3:58.70 | +19.50 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 47 | 那須村 海 | 矢部 | 3:58.93 | +19.73 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 48 | 小森 幹矢 | 京産大附高 | 3:59.09 | +19.89 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 49 | 清水 悠翔 | 城西高 | 3:59.17 | +19.97 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 50 | 小林 駆 | 城西大城西高校 | 3:59.52 | +20.32 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 51 | 清久 時臣 | 倉敷高 | 3:59.64 | +20.44 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 52 | 本間 空 | 相洋高校 | 4:00.12 | +20.92 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 53 | 三谷 大輝 | 英明高 | 4:00.48 | +21.28 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 54 | 渡邊 義仁 | 芝浦工業大学 | 4:00.53 | +21.33 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 55 | 依田 弥央 | 京都外大西高校 | 4:01.25 | +22.05 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 56 | 齊藤 弘世 | 札幌山の手高校 | 4:01.63 | +22.43 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 57 | 沼山 在音 | 青森山田高校 | 4:01.95 | +22.75 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 58 | 池田 琢真 | 武蔵野学院大学 | 4:02.62 | +23.42 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 59 | 杉林 良現 | 日本体育大学 | 4:02.85 | +23.65 | 第36回関東学生新人陸上競技選手権大会兼関東学生リレー競技会 |
| 60 | 前田 蒼空 | 敦賀気比高校 | 4:03.01 | +23.81 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 61 | 前田 陽向 | 鹿児島城西 | 4:03.56 | +24.36 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 62 | 関口 空良 | 花咲徳栄高校 | 4:04.68 | +25.48 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 63 | 梅原 龍聖 | 立正大学 | 4:05.62 | +26.42 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 64 | 矢島 旬 | 東京実業高校 | 4:06.44 | +27.24 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 65 | 篠原 真仁 | 長野日大高校 | 4:06.57 | +27.37 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 66 | 平山 藍斗 | 城西大城西高校 | 4:07.02 | +27.82 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 67 | 相原 蓮 | 相洋高校 | 4:07.93 | +28.73 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 68 | ジャネット ジェプコエチ | 倉敷高 | 4:08.53 | +29.33 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 69 | 山本 玄太 | 城西大城西高校 | 4:08.79 | +29.59 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 70 | 下島 凌空 | 長野日大高校 | 4:11.72 | +32.52 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 71 | 細貝 承太郎 | 城西大城西高校 | 4:13.54 | +34.34 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 72 | 山本 悠悟 | 國學院大学 | 4:14.21 | +35.01 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 73 | 芦田 和佳 | 立命館宇治 | 4:14.55 | +35.35 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 74 | 池野 絵莉 | 須磨学園高校 | 4:16.73 | +37.53 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 75 | 木田 美緒莉 | 旭川龍谷高校 | 4:17.32 | +38.12 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 76 | 杉森 由萌 | 中央中等高 | 4:20.58 | +41.38 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 77 | 児玉 彩花 | 光ヶ丘女子 | 4:21.02 | +41.82 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 78 | 福田 せりえ | 新潟明訓高校 | 4:21.16 | +41.96 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 79 | 大川 菜々美 | 和歌山北高校 | 4:21.68 | +42.48 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 80 | 高松 桜太 | 芝浦工業大学 | 4:22.27 | +43.07 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 81 | 野口 紗喜音 | 神村学園高校 | 4:22.50 | +43.30 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 82 | 吉田 彩心 | 札幌創成高校 | 4:24.47 | +45.27 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 83 | 中村 愛琉 | 北九州市立高 | 4:24.75 | +45.55 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 84 | ドルーリー 朱瑛里 | 津山 | 4:25.47 | +46.27 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 85 | 前田 二千翔 | 三浦学苑高校 | 4:26.10 | +46.90 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 86 | 狩野 美羽音 | 北九州市立高 | 4:26.36 | +47.16 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 87 | 杤尾 佳穂 | 西京高 | 4:26.72 | +47.52 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 88 | 江頭 七海 | 同志社大学 | 4:27.55 | +48.35 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 89 | 北村 凜 | 岩谷産業 | 4:28.33 | +49.13 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 90 | 合田 安伽梨 | 旭川龍谷高校 | 4:28.41 | +49.21 | 2025ホクレン・ﾃﾞｨｽﾀﾝｽﾁｬﾚﾝｼﾞin北海道 第4戦 北見大会 |
| 91 | 藤重 桃子 | 市立船橋高校 | 4:28.82 | +49.62 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 91 | 蒲生 悠桜 | 豊川 | 4:28.82 | +49.62 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 93 | 大谷 芽以 | 名城大学 | 4:28.91 | +49.71 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 94 | 福山 若奈 | 埼玉栄高校 | 4:29.54 | +50.34 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 95 | 瀬戸口 凜 | 神村学園 | 4:30.23 | +51.03 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 96 | 有田 彩乃 | 宮崎日大 | 4:30.36 | +51.16 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 97 | 長谷川 采花 | 札幌山の手高校 | 4:30.59 | +51.39 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 98 | 朝野 流南 | 東大阪大敬愛高校 | 4:30.96 | +51.76 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 99 | 小川 真生 | 稲生 | 4:31.05 | +51.85 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 100 | 手塚 蕾 | 仙台育英 | 4:31.13 | +51.93 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
