| 1 | 前田 陽向大4 | 環太平洋大学 | 3:38.61 | | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 2 | 大野 聖登大3 | 順天堂大学 | 3:39.95 | +1.34 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 3 | 青木 龍翔大3 | 立教大学 | 3:40.39 | +1.78 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 4 | 中村 晃斗大3 | 志學館大 | 3:42.69 | +4.08 | 第20回トワイライト・ゲームス |
| 5 | 立迫 大徳大2 | 早稲田大学 | 3:42.76 | +4.15 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 6 | 寺田 向希大2 | 中央大学 | 3:44.15 | +5.54 | 2025ホクレン・ディスタンスチャレンジin北海道 第4戦 北見大会 |
| 7 | 落合 晃 | - | 3:44.18 | +5.57 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 8 | ブライアン キプトー | コモディイイダ | 3:44.33 | +5.72 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 9 | 柴田 大地大3 | 中央大学 | 3:44.96 | +6.35 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 10 | 田村 亘之介大1 | 城西大学 | 3:46.08 | +7.47 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
|
| 11 | 新海 弘一朗大4 | 関西学院大学 | 3:46.39 | +7.78 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 12 | 高坂 光希大3 | 札幌学院大学 | 3:46.53 | +7.92 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 13 | 水野 颯也大1 | 立命館大学 | 3:46.61 | +8.00 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 14 | 大場 崇義大2 | 城西大学 | 3:46.68 | +8.07 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 15 | 後藤 琉太朗大3 | 中央大学 | 3:46.84 | +8.23 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 16 | 馬場 アンジェロ光大2 | 東洋大学 | 3:46.96 | +8.35 | 第20回トワイライト・ゲームス |
| 17 | 井口 愁斗大2 | 東京国際大学 | 3:46.98 | +8.37 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 18 | 大門 晃士 | 早大同 | 3:47.03 | +8.42 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 19 | 野川 元希大2 | 明治大学 | 3:47.20 | +8.59 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 20 | 井口 愁斗 | - | 3:47.40 | +8.79 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 21 | 椙山 一颯大1 | 青山学院大学 | 3:47.96 | +9.35 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 22 | 橋本 健市大2 | 城西大学 | 3:48.22 | +9.61 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 23 | 有川 紘樹大4 | 一橋大学 | 3:48.40 | +9.79 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 23 | 青木 丈侑 | 三重陸協 | 3:48.40 | +9.79 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 25 | 森玉 鳳雅大3 | 関西大学 | 3:48.55 | +9.94 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 26 | 塩原 匠 | 富士山GX | 3:48.57 | +9.96 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 27 | 小澤 優翔大1 | 城西大学 | 3:48.66 | +10.05 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 28 | 齋藤 一筋大2 | 創価大学 | 3:48.70 | +10.09 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 29 | 大門 晃士大2 | 早稲田大学 | 3:48.75 | +10.14 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 30 | 八巻 琉伊大2 | 国士舘大学 | 3:48.87 | +10.26 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 31 | 中川 拓海大2 | 順天堂大学 | 3:48.90 | +10.29 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 32 | 荻原 太陽大1 | 東海大学 | 3:48.95 | +10.34 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 33 | 田中 純大3 | 東洋大学 | 3:49.06 | +10.45 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 34 | 飛田 駿星 | 大阪国際大 | 3:49.09 | +10.48 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 35 | 伊藤 大志 | NTT西日本 | 3:49.29 | +10.68 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 36 | 片桐 貫太 | MORE | 3:49.73 | +11.12 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 37 | 久山 大祐大2 | 関西学院大学 | 3:49.76 | +11.15 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 38 | 梅原 悠良 | - | 3:49.96 | +11.35 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 39 | 加藤 元晴大3 | 拓殖大学 | 3:49.98 | +11.37 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 40 | 関野 大空大2 | 明治学院大学 | 3:49.99 | +11.38 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 41 | 寺田 向希 | - | 3:50.00 | +11.39 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 42 | 秋吉 拓真大4 | 東京大学 | 3:50.04 | +11.43 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 43 | 池田 蓮大4 | 神奈川大学 | 3:50.16 | +11.55 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 44 | 美馬 伊吹大3 | 環太平洋大学 | 3:50.19 | +11.58 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 45 | 立石 晟唯大1 | 東京国際大学 | 3:50.21 | +11.60 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 45 | 吉田 山登大3 | 平成国際大学 | 3:50.21 | +11.60 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 47 | 東 純大大3 | 鹿屋体育大学 | 3:50.27 | +11.66 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 48 | 髙嶋 荘太大4 | 環太平洋大学 | 3:50.88 | +12.27 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 49 | 小川 晴也大3 | 広島経済大学 | 3:50.89 | +12.28 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 50 | 西塚 璃純大4 | 札幌学院大学 | 3:50.95 | +12.34 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 51 | 陳内 紫音大2 | 東洋大学 | 3:50.98 | +12.37 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 52 | 成沢 翔英大2 | 慶應義塾大学 | 3:51.02 | +12.41 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 53 | 國森 郁光大3 | 山口大学 | 3:51.13 | +12.52 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 54 | 牛嶋 勇人大1 | 神奈川大学 | 3:51.20 | +12.59 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 55 | 中村 光樹大3 | 武蔵野学院大学 | 3:51.36 | +12.75 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 56 | 香山 寛人大4 | 筑波大学 | 3:51.43 | +12.82 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 57 | 大橋 史空大1 | 札幌学院大学 | 3:51.48 | +12.87 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 58 | 三千田 雅治大4 | 関西学院大学 | 3:51.57 | +12.96 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 59 | 平野 音郁大2 | 亜細亜大学 | 3:51.60 | +12.99 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 60 | 吉田 僚大3 | 環太平洋大学 | 3:52.21 | +13.60 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 61 | 嶋田 匠海大4 | 関西大学 | 3:52.47 | +13.86 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 62 | 中島 颯太大1 | 城西大学 | 3:52.54 | +13.93 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 63 | 仙石 旭大4 | 国士舘大学 | 3:52.72 | +14.11 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 64 | 川村 駿斗大1 | 千葉大学 | 3:53.09 | +14.48 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 65 | 立迫 大徳 | - | 3:53.14 | +14.53 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 66 | 戸田 夏輝 | NDソフト | 3:53.21 | +14.60 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 67 | 小野 太廊大2 | 日本体育大学 | 3:53.48 | +14.87 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 68 | 野間 黎矢大2 | 神奈川大学 | 3:53.50 | +14.89 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 69 | 八鍬 拓斗 | - | 3:53.87 | +15.26 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 70 | 花井 日友雅大2 | 帝京大学 | 3:53.92 | +15.31 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 71 | 成田 太陽大2 | 拓殖大学 | 3:54.60 | +15.99 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 72 | 金尾 凌太大4 | 愛知工業大学 | 3:54.73 | +16.12 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 73 | 大森 智大3 | 東京大学 | 3:54.79 | +16.18 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 74 | 岩野 史弥大3 | 関西大学 | 3:54.90 | +16.29 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 75 | 今村 愁大4 | 日本薬大学 | 3:54.97 | +16.36 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 76 | 藪田 虎志朗大3 | 立命館大学 | 3:55.14 | +16.53 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 77 | 佐藤 瑞大3 | 慶應義塾大学 | 3:55.39 | +16.78 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 78 | 秋山 稟央大2 | 駒澤大学 | 3:55.55 | +16.94 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 79 | 栁沼 大輝大4 | 東京大学 | 3:55.64 | +17.03 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 80 | 橋本 怜弥大4 | 福山平成大学 | 3:55.65 | +17.04 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 81 | 前川 拓斗大2 | 立教大学 | 3:55.82 | +17.21 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 82 | 橋本 陽太大3 | 日本体育大学 | 3:55.92 | +17.31 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 83 | 森尻 悠翔大1 | 芝浦工業大学 | 3:56.07 | +17.46 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 84 | 湧川 辰哉大2 | 関東学院大学 | 3:56.17 | +17.56 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 85 | 宮本 凪大3 | 城西大学 | 3:56.21 | +17.60 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 86 | 岩瀬 駿介大1 | 芝浦工業大学 | 3:56.44 | +17.83 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 87 | 小松 幹汰大3 | 環太平洋大学 | 3:56.62 | +18.01 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 88 | 島田 裕豊大1 | 武蔵野学院大学 | 3:56.87 | +18.26 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 89 | 柳井 快音大1 | 清和大学 | 3:56.90 | +18.29 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 90 | 西園 悠人大3 | 大阪公立大学 | 3:56.94 | +18.33 | 第33回金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会2025 |
| 91 | 村澤 大雅大1 | 専修大学 | 3:56.95 | +18.34 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 92 | 野田 大晴大3 | 慶應義塾大学 | 3:57.11 | +18.50 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 93 | 庄司 孔大2 | 東京国際大学 | 3:57.41 | +18.80 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 94 | 辻 爽良大2 | 防衛大 | 3:57.55 | +18.94 | 第36回関東学生新人陸上競技選手権大会兼関東学生リレー競技会 |
| 95 | 八鍬 拓斗大4 | 山梨学院大学 | 3:57.59 | +18.98 | 第104回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 96 | 吉岡 龍一 | 千葉陸協 | 3:57.64 | +19.03 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 97 | 加世堂 懸大3 | 明治大学 | 3:57.73 | +19.12 | 2025ホクレン・ディスタンスチャレンジin北海道 第4戦 北見大会 |
| 98 | 酒巻 輝希 | 埼玉陸協 | 3:57.75 | +19.14 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 99 | 福嶋 明大大4 | 信州大学 | 3:57.78 | +19.17 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 100 | 北島 典幸大1 | 筑波大学 | 3:58.05 | +19.44 | 第36回関東学生新人陸上競技選手権大会兼関東学生リレー競技会 |