| 1 | 茂籠 和生 | 関西創価高 | 1:50.75 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | 布施川 大梧 | 東京農大二高校 | 1:50.98 | +0.23 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 3 | 安田 泰理 | 生野高 | 1:53.66 | +2.91 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 4 | 曽田 怜輝 | 札幌日大高校 | 1:53.68 | +2.93 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 5 | 小山 秀太 | 玉野光南高 | 1:54.38 | +3.63 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 6 | 日比野 穣 | 東京桜修館中等高 | 1:55.08 | +4.33 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 7 | 石原 向規 | 洛南高校 | 1:55.16 | +4.41 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 8 | 岩田 健志 | 宮崎小林 | 1:55.84 | +5.09 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 9 | 小池 大晴 | 相洋高校 | 1:56.22 | +5.47 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 10 | 関根 裕也 | 春日部東 | 1:56.51 | +5.76 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
|
| 11 | 五味 洸尊 | 日大三島高校 | 1:58.85 | +8.10 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 12 | 遠藤 雄太 | 山梨学院高校 | 2:00.32 | +9.57 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 13 | 田代常太 郎 | 鳥栖工高 | 2:00.36 | +9.61 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 14 | 梅野 陽成 | 京都外大西高校 | 2:02.22 | +11.47 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 15 | 丸山 遙輝 | 城西大城西高校 | 2:03.02 | +12.27 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 16 | 畔柳 圭佑 | 草津東高 | 2:03.58 | +12.83 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 17 | 森澤 楽 | 石山高 | 2:04.14 | +13.39 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 18 | 岡崎 丈 | 東山 | 2:06.63 | +15.88 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 19 | 谷内 七海 | 東大阪大敬愛高校 | 2:08.60 | +17.85 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 20 | 堤 海遥 | 新潟第一 | 2:08.71 | +17.96 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 21 | 石原 万結 | 仙台育英高校 | 2:08.89 | +18.14 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 22 | 荒木 美伊奈 | 鹿児島高 | 2:09.51 | +18.76 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 23 | ノラ ジェロティッチ | 世羅 | 2:09.79 | +19.04 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 24 | 長島 彩音 | 宇都宮文星女高校 | 2:09.86 | +19.11 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 25 | 黒川 志帆 | 仙台育英 | 2:10.46 | +19.71 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 26 | 平尾 憲照 | 八幡高 | 2:10.86 | +20.11 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 27 | 松岡 茉莉明 | 宮崎宮崎日大 | 2:11.60 | +20.85 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 28 | 大峠 ほたる | 益田 | 2:11.78 | +21.03 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 29 | 五十嵐 遥花 | 園田学園高 | 2:12.05 | +21.30 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 30 | 牧野 智彩 | 草津東高 | 2:12.32 | +21.57 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 31 | 清水 陽太 | 高島 | 2:12.66 | +21.91 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 32 | 源代 恵麻 | 新居浜東高 | 2:13.71 | +22.96 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 33 | 小葉 海人 | 近江高 | 2:14.77 | +24.02 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 34 | 八田 凌真 | 守山高 | 2:15.13 | +24.38 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 35 | 島田 絢香 | 中京大中京高校 | 2:15.48 | +24.73 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 36 | 山本 聖太 | 彦根翔西館高 | 2:16.69 | +25.94 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 37 | 安井 麻央 | 中京大中京高校 | 2:17.24 | +26.49 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 38 | 立石 沙里菜 | 城東 | 2:17.71 | +26.96 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 39 | 内藤 梨乃 | 京都文教 | 2:18.10 | +27.35 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 40 | 長島 彩音 | 宇都宮文星女子高校 | 2:18.81 | +28.06 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 41 | 北川 結梨 | 鈴鹿高校 | 2:19.69 | +28.94 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 42 | 鳴海 詩音 | 旭川龍谷高校 | 2:19.71 | +28.96 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 43 | 櫛渕 光愛 | 白鵬女子高校 | 2:20.47 | +29.72 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 44 | 福山 隼矢 | 日野高 | 2:20.63 | +29.88 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 45 | 庵原 楓 | 大津商高 | 2:21.79 | +31.04 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 46 | 御手洗 心菜 | 今治西高 | 2:22.45 | +31.70 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 47 | 草階 こなつ | 旭川龍谷高校 | 2:22.51 | +31.76 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 48 | 岡田 圭祐 | 石山高 | 2:23.11 | +32.36 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 48 | 田口 心愛 | 城西高 | 2:23.11 | +32.36 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 50 | 下村 駿 | 彦根東高 | 2:23.58 | +32.83 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 51 | 長岩 来維 | 白鵬女子高校 | 2:27.60 | +36.85 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 52 | 石田 風花 | 西京高 | 2:27.93 | +37.18 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 53 | 久保 友香 | 水口東高 | 2:29.93 | +39.18 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 54 | 伊地智 彩 | 水口東高 | 2:32.98 | +42.23 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 55 | 小村 心春 | 開星 | 2:38.36 | +47.61 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 56 | 佐藤 遥香 | 開星 | 2:38.89 | +48.14 | 日本グランプリシリーズ第2戦 出雲大会 吉岡隆徳記念 第79回出雲陸上競技大会 |
| 57 | 小林 拓斗 | 水口東高 | 2:39.30 | +48.55 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 58 | 竹内 蒼空 | 長浜北高 | 2:42.04 | +51.29 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 59 | 帆足 碧珠 | 守山高 | 2:42.51 | +51.76 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 60 | 田中 葵 | 水口高 | 2:43.22 | +52.47 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 61 | 長門 結愛 | 乙訓高 | 2:45.11 | +54.36 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 62 | 宮川 彩都美 | 乙訓高 | 2:45.71 | +54.96 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 63 | 川岸 杏寧 | 甲西 | 2:49.39 | +58.64 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 64 | 大橋 由菜 | 虎姫高 | 2:51.19 | +1:00.44 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 65 | 山尾 優愛 | 玉川高 | 3:04.71 | +1:13.96 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |