| 1 | 藤井 雄大 | 宮崎宮崎日大 | 8:11.33 | | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 2 | 中島 陸斗 | 鹿児島鹿児島城西高 | 8:11.64 | +0.31 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 3 | 市川 太羅 | 仙台育英 | 8:15.08 | +3.75 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 4 | 久保 俊太 | 美濃加茂高校 | 8:16.58 | +5.25 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 5 | 大沼 光琉 | 豊川高校 | 8:18.45 | +7.12 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 6 | 辻 竜乃介 | 鳥栖工高 | 8:19.28 | +7.95 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 7 | 出口 幸汰 | 宮崎宮崎日大 | 8:21.30 | +9.97 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 8 | 森松 彩夢 | 一関学院高校 | 8:21.59 | +10.26 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 9 | 渡邊 来希 | 早稲佐高 | 8:21.74 | +10.41 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 10 | 圓 太喜 | 城西 | 8:21.76 | +10.43 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
|
| 11 | 堀 友大郎 | 中京大中京高校 | 8:21.92 | +10.59 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 12 | 中村 仁 | 津島東高校 | 8:22.56 | +11.23 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 13 | 吉田 惺和 | 川口市立高 | 8:22.70 | +11.37 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 14 | 片岡 宇龍 | 豊田大谷高校 | 8:23.25 | +11.92 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 15 | 平沼 大晴 | 興國高校 | 8:23.46 | +12.13 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 16 | 小菅 誠太 | 一関学院 | 8:24.21 | +12.88 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 17 | 妹尾 海俐 | 市立松戸高校 | 8:28.10 | +16.77 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 18 | 猪熊 凌摂 | 中京大学 | 8:29.34 | +18.01 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 19 | 滝澤 秀斗 | 上伊那農高 | 8:30.48 | +19.15 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 20 | 久富 廉 | 鳥栖工高 | 8:34.38 | +23.05 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 21 | 岩岡 一暉 | 昌平高校 | 8:37.79 | +26.46 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 22 | 中野 誉一 | 草津東高 | 8:47.49 | +36.16 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 23 | 多胡 圭祐 | 草津東高 | 8:47.62 | +36.29 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 24 | 市川 大惺 | 市立松戸高校 | 8:48.31 | +36.98 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 25 | 新 悠翔 | 草津東高 | 8:48.51 | +37.18 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 26 | 梅津 雄飛 | 白樺学園高校 | 8:49.75 | +38.42 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 27 | 山本 秀路 | 大津商高 | 8:53.64 | +42.31 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 28 | 牛田 吏己 | 城南高 | 8:54.94 | +43.61 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 29 | 奥田 凛太郎 | 水口東高 | 9:05.29 | +53.96 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 30 | 奥野 陽翔 | 大津商高 | 9:07.76 | +56.43 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 31 | 齋藤 瑠来 | 北見北斗高校 | 9:17.26 | +1:05.93 | 第19回U18・第56回U16陸上競技大会 |
| 32 | 寺谷 絢吾 | 大津商高 | 9:19.59 | +1:08.26 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 33 | 綿本 猛虎 | 大津商高 | 9:21.84 | +1:10.51 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 34 | 西川 遼 | 近江高 | 9:37.69 | +1:26.36 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 35 | 馬場 颯太朗 | 草津東高 | 9:45.90 | +1:34.57 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 36 | 松岡 奏空 | 甲西高 | 9:49.05 | +1:37.72 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 37 | 木村 悠希 | 立命館守山高 | 9:55.60 | +1:44.27 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 38 | 野添 純平 | 草津東高 | 10:03.75 | +1:52.42 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 39 | 西嶋 龍世 | 長浜北高 | 10:15.61 | +2:04.28 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 40 | 室之園 英斗 | 甲西高 | 10:33.12 | +2:21.79 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 41 | 田代 恵土 | 大津商高 | 10:36.36 | +2:25.03 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 42 | 堀内 朝斗 | 守山高 | 10:57.03 | +2:45.70 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 43 | 花田 碧 | 幸福関西高 | 11:24.03 | +3:12.70 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |