| 1 | 新妻 遼己 | 西脇工高 | 13:50.05 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | 菅野 元太 | 仙台育英高校 | 13:51.06 | +1.01 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 3 | 栗村 凌 | 学法石川高校 | 13:51.97 | +1.92 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 4 | フェリックス ムティアニ | 山梨学院高校 | 13:54.07 | +4.02 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 5 | 鈴木 大翔 | 仙台育英 | 13:54.44 | +4.39 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 6 | 赤坂 勇輔 | 西脇工高 | 13:55.08 | +5.03 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 7 | 古川 陽樹 | 盛岡大附高 | 13:58.62 | +8.57 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 8 | 五十嵐 新太 | 水城高校 | 13:58.89 | +8.84 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 9 | ピーター ムトゥリ | 岡山商大附 | 14:01.93 | +11.88 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 10 | キブニ エヴァンス | 福岡第一高 | 14:07.23 | +17.18 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
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| 11 | 若林 司 | 大東文化大学 | 14:07.24 | +17.19 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 12 | ジェームス カルリ | 青森山田高校 | 14:07.63 | +17.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 13 | 北村 海智 | 神奈川大学 | 14:08.48 | +18.43 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 14 | 藤岡 孝太郎 | 須磨学園高校 | 14:09.39 | +19.34 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 15 | 首藤 海翔 | 倉敷高 | 14:17.16 | +27.11 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 16 | 上杉 敦史 | 八千代松陰 | 14:18.72 | +28.67 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 17 | 土間 董哉 | 世羅 | 14:19.68 | +29.63 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 18 | 今村 仁 | 鳥栖工高 | 14:22.65 | +32.60 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 19 | 長尾 優汰 | 美濃加茂 | 14:27.20 | +37.15 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 20 | 福島 命 | 佐久長聖高校 | 14:29.13 | +39.08 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 21 | 酒井 崇史 | 佐久長聖高校 | 14:29.91 | +39.86 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 22 | 梅木 新太 | 松山商高 | 14:30.09 | +40.04 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 23 | 武川 航也 | 東京農大二高校 | 14:30.57 | +40.52 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 24 | 山本 聖也 | 高知農高 | 14:31.73 | +41.68 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 25 | 松尾 翼 | 飯塚高 | 14:31.87 | +41.82 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 26 | 田村 幸太 | 創価大学 | 14:31.93 | +41.88 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 27 | 向津 翼 | 立教大学 | 14:32.15 | +42.10 | 関東学生網走夏季記録挑戦競技会 |
| 28 | 大藪 遙斗 | 東京農大三高校 | 14:35.10 | +45.05 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 29 | 畑中 蓮 | 國學院大学 | 14:35.19 | +45.14 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 30 | 由井 蓮 | つるぎ | 14:36.49 | +46.44 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 31 | 内田 涼太 | 鎮西学院高校 | 14:36.58 | +46.53 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 32 | 大友 悠輝 | 白樺学園高校 | 14:36.63 | +46.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 33 | 大江 秀弥 | 春日部 | 14:39.25 | +49.20 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 34 | 内 瑛太 | 福岡第一高 | 14:40.82 | +50.77 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 35 | 伊勢村 羚太 | 滋賀学園高校 | 14:41.04 | +50.99 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 36 | 丸山 展 | 中越 | 14:43.47 | +53.42 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 37 | 氷見 練之介 | 富山商高 | 14:46.40 | +56.35 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 38 | 蒲生 悠 | 宮崎日大 | 14:50.29 | +1:00.24 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 39 | 竹林 大輝 | 東京農大二高校 | 14:51.50 | +1:01.45 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 40 | 竹下 諒 | 浜松日体高校 | 14:51.69 | +1:01.64 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 41 | 松尾 航希 | 市立船橋高校 | 14:53.35 | +1:03.30 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 42 | 池谷 陸斗 | 駒澤大学 | 14:57.51 | +1:07.46 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 43 | 小田垣 茉周 | 神奈川大学 | 14:58.72 | +1:08.67 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 44 | 嶋岡 希 | 豊川 | 14:58.82 | +1:08.77 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 45 | 重谷 斗貴 | 京都産業大学 | 15:01.96 | +1:11.91 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 46 | 安田 塙史 | 白樺学園高校 | 15:02.96 | +1:12.91 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 47 | 前田 蒼空 | 敦賀気比高校 | 15:22.72 | +1:32.67 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 48 | 佐藤 柊輔 | 東京国際大学 | 15:26.86 | +1:36.81 | 関東学生網走夏季記録挑戦競技会 |
| 49 | 山崎 碧葉 | 豊田大谷高校 | 15:28.56 | +1:38.51 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 50 | 前田 陽向 | 鹿児島城西 | 15:28.97 | +1:38.92 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |