| 1 | 茂籠 和生 | 関西創価高 | 1:50.75 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | 布施川 大梧 | 東京農大二高校 | 1:50.98 | +0.23 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 3 | 安田 泰理 | 生野高 | 1:53.66 | +2.91 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 4 | 曽田 怜輝 | 札幌日大高校 | 1:53.68 | +2.93 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 5 | 小山 秀太 | 玉野光南高 | 1:54.38 | +3.63 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 6 | 日比野 穣 | 東京桜修館中等高 | 1:55.08 | +4.33 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 7 | 石原 向規 | 洛南高校 | 1:55.16 | +4.41 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 8 | 岩田 健志 | 宮崎小林 | 1:55.84 | +5.09 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 9 | 小池 大晴 | 相洋高校 | 1:56.22 | +5.47 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 10 | 関根 裕也 | 春日部東 | 1:56.51 | +5.76 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
|
| 11 | 五味 洸尊 | 日大三島高校 | 1:58.85 | +8.10 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 12 | 遠藤 雄太 | 山梨学院高校 | 2:00.32 | +9.57 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 13 | 田代常太 郎 | 鳥栖工高 | 2:00.36 | +9.61 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 14 | 梅野 陽成 | 京都外大西高校 | 2:02.22 | +11.47 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 15 | 丸山 遙輝 | 城西大城西高校 | 2:03.02 | +12.27 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 16 | 畔柳 圭佑 | 草津東高 | 2:03.58 | +12.83 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 17 | 森澤 楽 | 石山高 | 2:04.14 | +13.39 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 18 | 岡崎 丈 | 東山 | 2:06.63 | +15.88 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 19 | 平尾 憲照 | 八幡高 | 2:10.86 | +20.11 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 20 | 清水 陽太 | 高島 | 2:12.66 | +21.91 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 21 | 小葉 海人 | 近江高 | 2:14.77 | +24.02 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 22 | 八田 凌真 | 守山高 | 2:15.13 | +24.38 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 23 | 山本 聖太 | 彦根翔西館高 | 2:16.69 | +25.94 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 24 | 福山 隼矢 | 日野高 | 2:20.63 | +29.88 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 25 | 岡田 圭祐 | 石山高 | 2:23.11 | +32.36 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 26 | 下村 駿 | 彦根東高 | 2:23.58 | +32.83 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 27 | 小林 拓斗 | 水口東高 | 2:39.30 | +48.55 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 28 | 竹内 蒼空 | 長浜北高 | 2:42.04 | +51.29 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |