| 1 | 佐藤 圭汰 | ナイキ | 3:36.49 | | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 2 | 寺田 向希大3 | 中央大学 | 3:38.58 | +2.09 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 3 | 近藤 寿樹大1 | 東海大学 | 3:40.07 | +3.58 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 4 | 成沢 翔英大3 | 慶應義塾大学 | 3:42.17 | +5.68 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 5 | 井口 愁斗大3 | 東京国際大学 | 3:42.22 | +5.73 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 6 | 久山 大祐大3 | 関西学院大学 | 3:42.64 | +6.15 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 7 | 岩下 和史大4 | 早稲田大学 | 3:42.65 | +6.16 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 8 | 大塚 直哉 | ひらまつ病院 | 3:42.71 | +6.22 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 9 | 川口 峻太朗大1 | 順天堂大学 | 3:43.51 | +7.02 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 10 | 平井 璃空大3 | 東海大学 | 3:43.61 | +7.12 | 第250回東海大学長距離競技会 |
|
| 11 | 永本 脩大4 | 東海大学 | 3:43.91 | +7.42 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 12 | 宮本 凪大4 | 城西大学 | 3:44.05 | +7.56 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 13 | 水野 瑛人大3 | 中京大学 | 3:44.08 | +7.59 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 14 | 後田 築大4 | 順天堂大学 | 3:44.26 | +7.77 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 15 | 森玉 鳳雅大4 | 関西大学 | 3:44.85 | +8.36 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 16 | 立迫 大徳大3 | 早稲田大学 | 3:45.08 | +8.59 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 17 | 大門 晃士 | 早大同 | 3:45.15 | +8.66 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 18 | 八木原 想太大2 | 立教大学 | 3:45.36 | +8.87 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 19 | 福田 海未大3 | 城西大学 | 3:45.61 | +9.12 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 20 | 森 亮太大1 | 順天堂大学 | 3:45.71 | +9.22 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 21 | ブライアン キプトー | コモディイイダ | 3:45.98 | +9.49 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 22 | 渡邉 優典大4 | 東北大学 | 3:46.32 | +9.83 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 23 | 村上 遵世大1 | 創価大学 | 3:46.39 | +9.90 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 24 | 高坂 光希大4 | 札幌学院大学 | 3:46.58 | +10.09 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 25 | 池間 凛斗大3 | 順天堂大学 | 3:46.65 | +10.16 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 26 | 野川 元希大3 | 明治大学 | 3:47.00 | +10.51 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 27 | 柴田 侑大3 | 城西大学 | 3:47.14 | +10.65 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 28 | 竹石 優大4 | 環太平洋大学 | 3:47.19 | +10.70 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 29 | 松山 唯人大1 | 東海大学 | 3:47.20 | +10.71 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 30 | 大藪 遙斗大1 | 青山学院大学 | 3:47.43 | +10.94 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 31 | 吉田 僚大4 | 環太平洋大学 | 3:47.57 | +11.08 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 32 | 片桐 貫太 | MORE | 3:47.68 | +11.19 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 33 | 齋藤 一筋大3 | 創価大学 | 3:47.71 | +11.22 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 34 | 保芦 摩比呂大1 | 創価大学 | 3:47.77 | +11.28 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 35 | 前川 拓斗大3 | 立教大学 | 3:47.95 | +11.46 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 36 | 中島 颯太大2 | 城西大学 | 3:47.99 | +11.50 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 37 | 馬場 アンジェロ光大3 | 東洋大学 | 3:48.00 | +11.51 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 38 | 平野 音郁大3 | 亜細亜大学 | 3:48.07 | +11.58 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 39 | ムチリエリウド カヒガ | - | 3:48.09 | +11.60 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 40 | 佐藤 新太大1 | 東京国際大学 | 3:48.24 | +11.75 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 41 | 林 祐一郎大3 | 至学館大学 | 3:48.31 | +11.82 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 42 | 内田 涼太大1 | 創価大学 | 3:48.51 | +12.02 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 43 | 山本 悠悟大1 | 國學院大學 | 3:48.64 | +12.15 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 44 | 花井 日友雅大3 | 帝京大学 | 3:48.78 | +12.29 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 45 | 宗野 佑大大2 | 立正大学 | 3:48.88 | +12.39 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 46 | 佐々木 哲大2 | 早稲田大学 | 3:49.16 | +12.67 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 47 | 成田 太陽大3 | 拓殖大学 | 3:49.25 | +12.76 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 48 | 佐伯 俊徳大2 | 東海大学 | 3:49.37 | +12.88 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 49 | 田村 幸太大1 | 創価大学 | 3:49.60 | +13.11 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 50 | 小野 太廊大3 | 日本体育大学 | 3:50.18 | +13.69 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 51 | 井口 愁斗 | - | 3:50.20 | +13.71 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 52 | 市川 和英大4 | 関東学院大学 | 3:50.40 | +13.91 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 53 | 藤本 祐輔大3 | 東洋大学 | 3:50.45 | +13.96 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 54 | 黒木 陽向大4 | 創価大学 | 3:50.54 | +14.05 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 55 | 成田 太陽 | - | 3:50.59 | +14.10 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 56 | 増子 風希大3 | 明治大学 | 3:50.71 | +14.22 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 57 | 吉田 山登大4 | 平成国際大学 | 3:50.81 | +14.32 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 58 | 池亀 颯太 | 自衛隊体育学校 | 3:51.05 | +14.56 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 59 | 田中 智稀大2 | 青山学院大学 | 3:51.08 | +14.59 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 60 | 関 朝陽大2 | 大東文化大学 | 3:51.19 | +14.70 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 61 | 八巻 琉伊大3 | 国士舘大学 | 3:51.21 | +14.72 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 62 | 島田 裕豊大2 | 武蔵野学院大学 | 3:51.41 | +14.92 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 63 | 小林 環大1 | 明治大学 | 3:51.43 | +14.94 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 64 | 関野 大空大3 | 明治学院大学 | 3:51.50 | +15.01 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 65 | 小野 真忠大3 | 東海大学 | 3:51.52 | +15.03 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 66 | 五十嵐 新太大1 | 國學院大學 | 3:51.62 | +15.13 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 67 | 野尻 七星大3 | 創価大学 | 3:51.71 | +15.22 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 68 | 東村 航明大4 | 日本体育大学 | 3:51.75 | +15.26 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 69 | 宮本 錬大3 | 清和大学 | 3:51.80 | +15.31 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 70 | 大原 快斗大2 | 環太平洋大学 | 3:51.86 | +15.37 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 71 | 松岡 空良大2 | 城西大学 | 3:51.93 | +15.44 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 72 | 牛嶋 勇斗大2 | 神奈川大学 | 3:51.97 | +15.48 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 73 | 藤田 圭悟大2 | 創価大学 | 3:52.05 | +15.56 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 74 | 荻原 太陽大2 | 東海大学 | 3:52.15 | +15.66 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 75 | 根ヶ山 蓮 | 埼玉栄 | 3:52.25 | +15.76 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 76 | 松下 俊海大3 | 環太平洋大学 | 3:52.32 | +15.83 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 77 | 山田 直希大3 | 東海大学 | 3:52.38 | +15.89 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 78 | 檜垣 蒼大2 | 東海大学 | 3:52.51 | +16.02 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 79 | 葛城 渚大3 | 城西大学 | 3:52.52 | +16.03 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 80 | 松尾 悠登 | - | 3:52.66 | +16.17 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 81 | 太田 仁大2 | 山梨学院大学 | 3:53.04 | +16.55 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 82 | 山崎 寿和大1 | 神奈川大学 | 3:53.21 | +16.72 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 83 | 丸山 堪大大1 | 城西国際大学 | 3:53.27 | +16.78 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 84 | 松永 拓己大2 | 立教大学 | 3:53.44 | +16.95 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 85 | 松瀬 優慎大3 | 長崎国際大学 | 3:53.52 | +17.03 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 86 | 大関 星斗大1 | 芝浦工業大学 | 3:53.59 | +17.10 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 87 | 松尾 悠登大4 | 東京国際大学 | 3:53.74 | +17.25 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 88 | 大橋 正昊大3 | 駿河台大学 | 3:53.78 | +17.29 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 89 | 小堺 隆弘大4 | 一橋大学 | 3:53.79 | +17.30 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 90 | 丹野 暁翔大4 | 芝浦工業大学 | 3:53.97 | +17.48 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 91 | 白岩 敬吾大1 | 山梨学院大学 | 3:54.00 | +17.51 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 92 | 村澤 大雅大2 | 専修大学 | 3:54.14 | +17.65 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 92 | 落合 智優大1 | 帝京大学 | 3:54.14 | +17.65 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 94 | 三井 悠暉大4 | 明治大学陸上同好会 | 3:54.15 | +17.66 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 95 | 東泉 大河 | 小森コーポレーション | 3:54.17 | +17.68 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 95 | 三井 悠暉大4 | 明治大学陸上競技同好会 | 3:54.17 | +17.68 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 97 | 杉原 立樹大3 | 上武大学 | 3:54.28 | +17.79 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 97 | 嶋田 啓希大4 | 順天堂大学 | 3:54.28 | +17.79 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 99 | 矢島 旬大1 | 桜美林大学 | 3:54.33 | +17.84 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 100 | 池田 琢真大1 | 武蔵野学院大学 | 3:54.49 | +18.00 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |