| 1 | 寺田 向希 | 中央大学 | 3:39.91 | | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 2 | 成沢 翔英 | 慶應義塾大学 | 3:42.17 | +2.26 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 3 | 井口 愁斗 | 東京国際大学 | 3:42.22 | +2.31 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 4 | 久山 大祐 | 関西学院大学 | 3:42.64 | +2.73 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 5 | 平井 璃空 | 東海大学 | 3:43.61 | +3.70 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 6 | 立迫 大徳 | 早稲田大学 | 3:45.08 | +5.17 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 7 | 大門 晃士 | 早大同 | 3:45.15 | +5.24 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 8 | 福田 海未 | 城西大学 | 3:45.61 | +5.70 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 9 | 池間 凛斗 | 順天堂大学 | 3:46.65 | +6.74 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 10 | 野川 元希 | 明治大学 | 3:47.00 | +7.09 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
|
| 11 | 柴田 侑 | 城西大学 | 3:47.14 | +7.23 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 12 | 齋藤 一筋 | 創価大学 | 3:47.71 | +7.80 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 13 | 前川 拓斗 | 立教大学 | 3:47.95 | +8.04 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 14 | 馬場 ｱﾝｼﾞｪﾛ光 | 東洋大学 | 3:48.00 | +8.09 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 15 | 平野 音郁 | 亜細亜大学 | 3:48.07 | +8.16 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 16 | 林 祐一郎 | 至学館大学 | 3:48.31 | +8.40 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 17 | 花井 日友雅 | 帝京大学 | 3:48.78 | +8.87 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 18 | 成田 太陽 | 拓殖大学 | 3:49.25 | +9.34 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 19 | 小野 太廊 | 日本体育大学 | 3:50.18 | +10.27 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 20 | 藤本 祐輔 | 東洋大学 | 3:50.45 | +10.54 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 21 | 成田 太陽 | - | 3:50.59 | +10.68 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 22 | 増子 風希 | 明治大学 | 3:50.71 | +10.80 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 23 | 八巻 琉伊 | 国士舘大学 | 3:51.21 | +11.30 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 24 | 関野 大空 | 明治学院大学 | 3:51.50 | +11.59 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 25 | 小野 真忠 | 東海大学 | 3:51.52 | +11.61 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 26 | 野尻 七星 | 創価大学 | 3:51.71 | +11.80 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 27 | 宮本 錬 | 清和大学 | 3:51.80 | +11.89 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 28 | 松下 俊海 | 環太平洋大学 | 3:52.32 | +12.41 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 29 | 山田 直希 | 東海大学 | 3:52.38 | +12.47 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 30 | 葛城 渚 | 城西大学 | 3:52.52 | +12.61 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 31 | 松尾 悠登 | - | 3:52.66 | +12.75 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 32 | 松瀬 優慎 | 長崎国際大学 | 3:53.52 | +13.61 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 33 | 大橋 正昊 | 駿河台大学 | 3:53.78 | +13.87 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 34 | 杉原 立樹 | 上武大学 | 3:54.28 | +14.37 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 35 | 遠藤 煌斗 | 日本体育大学 | 3:54.77 | +14.86 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 36 | 小田 伊織 | 城西大学 | 3:55.46 | +15.55 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 37 | 吉田 山登 | - | 3:55.91 | +16.00 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 38 | 小林 周太郎 | 明治大学 | 3:56.18 | +16.27 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 39 | 小川 隼登 | 東洋大学 | 3:56.55 | +16.64 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 40 | 東 悠太 | 専修大学 | 3:56.94 | +17.03 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 41 | 岩崎 輝翔 | 帝京大学 | 3:57.19 | +17.28 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 42 | 市川 和英 | 関東学院大学 | 3:57.64 | +17.73 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 43 | 木村 隼太朗 | 帝京大学 | 3:57.69 | +17.78 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 44 | 湧川 辰哉 | 関東学院大学 | 3:57.79 | +17.88 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 45 | 竹村 勇輝 | 湘南工科大学 | 3:58.66 | +18.75 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 46 | 澤田 薫 | 慶應義塾大学 | 3:58.73 | +18.82 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 47 | 和佐田 拓海 | 育英大学 | 3:58.94 | +19.03 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 48 | 吉岡 龍一 | 千葉陸協 | 3:59.18 | +19.27 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 49 | ダースト元気 | 帝京平成大学 | 3:59.21 | +19.30 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 50 | 松本 爽汰 | 関東学院大学 | 3:59.44 | +19.53 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 51 | 森 陸飛 | 帝京大学 | 4:00.83 | +20.92 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 51 | 松岡 空良 | 城西大学 | 4:00.83 | +20.92 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 53 | 井口 愁斗 | - | 4:01.29 | +21.38 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 54 | 間 翔太 | 立教大学 | 4:01.80 | +21.89 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 55 | 中村 碧海 | 法大II部 | 4:01.99 | +22.08 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 56 | 垣内 翼 | 帝京大学 | 4:02.14 | +22.23 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 57 | 田口 博教 | 千葉大学 | 4:02.36 | +22.45 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 58 | 柳田 光 | 燕市陸協 | 4:02.64 | +22.73 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 59 | 髙橋 柊 | 芝浦工業大学 | 4:03.33 | +23.42 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 60 | 中山 達貴 | 至学館大学 | 4:03.77 | +23.86 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 61 | 山尾 啓太 | 鳥取大 | 4:03.85 | +23.94 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 62 | 登坂 天翔 | 育英大学 | 4:03.88 | +23.97 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 63 | 小松 大起 | 獨協大学 | 4:03.98 | +24.07 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 64 | 砂川 大和 | 帝京大学 | 4:04.93 | +25.02 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 65 | 清水 蒼太郎 | 慶應義塾大学 | 4:05.29 | +25.38 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 66 | 上原 駿希 | 芝浦工業大学 | 4:05.82 | +25.91 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 66 | 上田 大晴 | 信州大学 | 4:05.82 | +25.91 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 68 | 長崎 海弥 | - | 4:08.90 | +28.99 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 69 | 矢野 凜誠 | 城西大学 | 4:09.22 | +29.31 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 70 | 品川 夢翔 | 法大II部 | 4:09.37 | +29.46 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 71 | 稲生 健人 | 慶應義塾大学 | 4:09.94 | +30.03 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 72 | 杉山 翔梧 | 湘南工科大学 | 4:10.82 | +30.91 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 73 | 森田 歩充 | 帝京大学 | 4:11.51 | +31.60 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 74 | 湯野川 綴 | 横浜国大 | 4:11.81 | +31.90 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 75 | 松本 大河 | - | 4:12.23 | +32.32 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 76 | 湯野川 綴 | 横浜国立大学 | 4:12.42 | +32.51 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 77 | 山田 望仁 | 東京大学 | 4:13.72 | +33.81 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 78 | 森 宏平 | 慶應義塾大学 | 4:13.77 | +33.86 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 79 | 平川 椋久 | 東京都立大学 | 4:15.94 | +36.03 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 80 | 宮池 真吾 | 千葉大学 | 4:15.97 | +36.06 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 81 | 伊東 誉礼 | 電気通信大学 | 4:16.72 | +36.81 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 82 | 久米 海璃 | 至学館大学 | 4:17.62 | +37.71 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 83 | 菊池 翔太 | 星槎大学 | 4:18.67 | +38.76 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 84 | 田中 柚良 | 筑波大学 | 4:21.07 | +41.16 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 85 | 山中 悠生 | 東京陸協 | 4:22.08 | +42.17 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 86 | 髙木 蒼太 | 神奈川大学 | 4:22.30 | +42.39 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 87 | 平出 凌大 | - | 4:22.53 | +42.62 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 88 | 河野 正梧 | 電気通信大学 | 4:23.78 | +43.87 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 89 | 蓑毛 愛子 | 大東文化大学 | 4:24.42 | +44.51 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 90 | 吉田 莉帆 | ユニバーサルエンターテインメント | 4:24.66 | +44.75 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 91 | 鈴木 美海 | 筑波大学 | 4:25.52 | +45.61 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 92 | 近藤 希美 | 名城大学 | 4:26.25 | +46.34 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 93 | 下森 美咲 | 豊田自動織機 | 4:26.61 | +46.70 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 94 | 山田 未唯 | 名城大学 | 4:26.62 | +46.71 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 95 | 久保 寛恭 | 神奈川大学 | 4:27.26 | +47.35 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 96 | 新名 春風 | 豊田自動織機 | 4:27.99 | +48.08 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 97 | 始関 千華 | 早稲田大学 | 4:28.06 | +48.15 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 98 | 小林 望迪 | 東北福祉大学 | 4:28.46 | +48.55 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 99 | 益塚 稀 | 東京農業大学 | 4:30.01 | +50.10 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 100 | 生田 柊弥 | 日本体育大学 | 4:30.30 | +50.39 | 日本体育大学長距離競技会 |