| 1 | 稲垣 翔馴高1 | 洛南高校 | 8:11.75 | | 第79回国民スポーツ大会 |
| 2 | 藤田 翔蒼高1 | 豊川高校 | 8:13.95 | +2.20 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 3 | 小原 健太郎 | 花巻東 | 8:17.68 | +5.93 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 4 | 竹田 櫂司 | 小林高校 | 8:18.46 | +6.71 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 5 | 若田 大尚高1 | 学法石川高校 | 8:18.97 | +7.22 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 6 | 杉田 來翔高1 | 東海大札幌高校 | 8:20.74 | +8.99 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 7 | 谷 颯真高1 | 佐野日大高校 | 8:21.14 | +9.39 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 8 | 伊藤 遼高1 | 佐久長聖高校 | 8:22.92 | +11.17 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 9 | 長尾 羚煌 | 長崎商高 | 8:23.41 | +11.66 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 10 | 長 煌介高1 | 鳥取城北高校 | 8:23.67 | +11.92 | 第79回国民スポーツ大会 |
|
| 11 | 朝倉 悠羽高1 | 山梨学院高校 | 8:26.08 | +14.33 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 12 | 向岩 玖恩 | 敦賀気比高校 | 8:26.10 | +14.35 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 13 | 加賀 龍之介 | 國學院久我山 | 8:29.19 | +17.44 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 14 | 河野 蒼人高1 | 世羅高校 | 8:30.06 | +18.31 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 15 | 中岫 奏輔高1 | 青森山田高校 | 8:33.48 | +21.73 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 16 | 山﨑 圭人高1 | 東海大相模高校 | 8:35.18 | +23.43 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 17 | 川口 頼輝高1 | 開新高校 | 8:35.25 | +23.50 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 18 | 松本 結叶 | 滋賀陸協 | 8:38.44 | +26.69 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 19 | 河合 芳倖 | 水口東高 | 8:38.62 | +26.87 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 20 | 加田 蒼高1 | 稲生高校 | 8:38.63 | +26.88 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 21 | 出田 隆之助中3 | 中京中 | 8:39.22 | +27.47 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 22 | 伊折 駿希 | 東京農大二高校 | 8:39.27 | +27.52 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 23 | 喜多 勇貴高1 | 徳島科学技術高 | 8:43.20 | +31.45 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 24 | 中尾 瞭佑高1 | 膳所高 | 8:44.55 | +32.80 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 25 | 大林 凛太郎高1 | 草津東高 | 8:44.71 | +32.96 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 26 | 上野 佑斗 | 大津商高 | 8:46.06 | +34.31 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 27 | 塩満 蓮 | 大津商高 | 8:46.17 | +34.42 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 28 | 小林 琉斗 | 大津商高 | 8:46.18 | +34.43 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 29 | 中尾 駿佑高1 | 膳所高 | 8:47.03 | +35.28 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 30 | 中野 誉一高2 | 草津東高 | 8:47.49 | +35.74 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 31 | 多胡 圭祐高2 | 草津東高 | 8:47.62 | +35.87 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 32 | 新 悠翔高2 | 草津東高 | 8:48.51 | +36.76 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 33 | 山田 琢心 | 金沢学院大学 | 8:49.41 | +37.66 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 34 | 杉平 颯志 | 鳥栖工業 | 8:51.38 | +39.63 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 35 | 山本 秀路高2 | 大津商高 | 8:53.64 | +41.89 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 36 | 本庄 瑛太中3 | 竜王中 | 8:55.23 | +43.48 | 第2回陸協記録会 |
| 37 | 内山 翔羽高1 | 鹿児島工高 | 8:56.38 | +44.63 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 38 | 岩下 幾海高1 | 高知工高 | 8:58.30 | +46.55 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 39 | 田中 郁人中3 | 葉山中 | 8:58.69 | +46.94 | 第2回陸協記録会 |
| 40 | 芦田 和佳 | 立命館宇治 | 9:02.90 | +51.15 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 41 | 勝瀬 琉生 | 彦根翔西館高 | 9:03.56 | +51.81 | 第2回陸協記録会 |
| 42 | 岩井 樹 | 大津商高 | 9:03.58 | +51.83 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 43 | 川上 南海高2 | 長野東高校 | 9:04.22 | +52.47 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 44 | 池野 絵莉高3 | 須磨学園高校 | 9:04.37 | +52.62 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 45 | 松本 優哉高1 | 西京高 | 9:04.44 | +52.69 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 46 | 吉田 彩心高3 | 札幌創成高校 | 9:04.64 | +52.89 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 47 | 湯田 和未高3 | 学法石川高校 | 9:04.91 | +53.16 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 48 | 尾﨑 一樺高2 | 智辯カレッジ高 | 9:05.12 | +53.37 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 49 | 奥田 凛太郎高2 | 水口東高 | 9:05.29 | +53.54 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 50 | 赤松 新太 | 四学香川西高 | 9:05.61 | +53.86 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 51 | 大谷 芽以 | 名城大学 | 9:07.21 | +55.46 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 52 | 男乕 結衣 | 東北 | 9:07.22 | +55.47 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 53 | 奥野 陽翔高2 | 大津商高 | 9:07.76 | +56.01 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 54 | 瀬戸口 凜高2 | 神村学園高校 | 9:08.23 | +56.48 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 55 | 福山 若奈高3 | 埼玉栄高校 | 9:08.87 | +57.12 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 56 | キャサリン ムティダ高2 | 山梨学院高校 | 9:09.11 | +57.36 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 57 | 杉田 琉威高1 | 富山商高 | 9:10.77 | +59.02 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 58 | 田中 颯 | 大津商高 | 9:12.16 | +1:00.41 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 59 | 多久和 竜空高1 | 出雲工高 | 9:12.50 | +1:00.75 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 60 | 谷 康平高1 | 草津東高 | 9:14.51 | +1:02.76 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 61 | 村上 豪 | 草津東高 | 9:14.69 | +1:02.94 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 62 | 本山 太智中2 | 唐崎中 | 9:15.57 | +1:03.82 | 第2回陸協記録会 |
| 63 | 大﨑 次朗高1 | 草津東高 | 9:15.60 | +1:03.85 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 64 | 森 颯大中1 | 水口東中 | 9:15.79 | +1:04.04 | 第2回陸協記録会 |
| 65 | 夜野 統真高1 | 大津商高 | 9:16.92 | +1:05.17 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 66 | 森 義記 | 滋賀陸協 | 9:17.43 | +1:05.68 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 67 | 髙橋 隼人中3 | 新堂中 | 9:18.38 | +1:06.63 | 第2回陸協記録会 |
| 68 | 今井 悠貴 | 草津東高 | 9:19.03 | +1:07.28 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 69 | 寺谷 絢吾高2 | 大津商高 | 9:19.59 | +1:07.84 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 70 | 木村 朋貴 | 滋賀大 | 9:20.90 | +1:09.15 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 71 | 綿本 猛虎高2 | 大津商高 | 9:21.84 | +1:10.09 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 72 | 小林 倖太朗 | 滋賀陸協 | 9:21.86 | +1:10.11 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 73 | 松本 琉里高2 | 清和高 | 9:22.24 | +1:10.49 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 73 | 松本 瑠莉高3 | 宇都宮文星女高校 | 9:22.24 | +1:10.49 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 75 | 加藤 正康 | 八幡工高 | 9:23.13 | +1:11.38 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 76 | 奥村 明浩 | 滋賀大 | 9:24.60 | +1:12.85 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 77 | 浜松 透希 | 大津商高 | 9:24.84 | +1:13.09 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 78 | 南條 愛歩高3 | 倉敷高 | 9:24.97 | +1:13.22 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 79 | 下地 惺大高1 | 大津商高 | 9:25.00 | +1:13.25 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 80 | 中野 フィリップ | 大津商高 | 9:25.25 | +1:13.50 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 81 | 石川 桃子 | 新潟明訓 | 9:25.76 | +1:14.01 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 82 | 立石 里央菜 | 城東 | 9:26.87 | +1:15.12 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 83 | 北川 仁貴高1 | 水口東高 | 9:27.05 | +1:15.30 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 84 | シュブルチェック アンナ高2 | 牛久高校 | 9:27.68 | +1:15.93 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 85 | 米田 倫都中2 | 双葉中 | 9:28.02 | +1:16.27 | 第2回陸協記録会 |
| 86 | 喜田 航生中3 | 栗東西中 | 9:28.95 | +1:17.20 | 第2回陸協記録会 |
| 87 | 松岡 蒼馬 | 滋賀陸協 | 9:30.86 | +1:19.11 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 88 | 村上 硯哉 | 滋賀大 | 9:31.20 | +1:19.45 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 89 | 福島 佑弥 | 彦根翔西館高 | 9:34.72 | +1:22.97 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 90 | 中村 良碧中3 | 能登川中 | 9:35.50 | +1:23.75 | 第2回陸協記録会 |
| 91 | 岩村 莉奈高2 | 銀河学院高校 | 9:35.68 | +1:23.93 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 92 | 柴 泰河中3 | 野洲中 | 9:36.08 | +1:24.33 | 第2回陸協記録会 |
| 93 | 前田 二千翔高3 | 三浦学苑高校 | 9:36.95 | +1:25.20 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 94 | 西川 遼高2 | 近江高 | 9:37.69 | +1:25.94 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 95 | 伊勢村 爽王中3 | 明富中 | 9:40.41 | +1:28.66 | 第2回陸協記録会 |
| 96 | 松尾 優生中2 | 彦根東中 | 9:40.85 | +1:29.10 | 第2回陸協記録会 |
| 97 | 永田 祐樹 | succeed | 9:42.70 | +1:30.95 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 98 | 馬場 颯太朗高2 | 草津東高 | 9:45.90 | +1:34.15 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 99 | 花田 裕也中3 | 城山中学校 | 9:45.98 | +1:34.23 | 第2回陸協記録会 |
| 100 | 下地 惺太 | 大津商高 | 9:46.35 | +1:34.60 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |