| 1 | メリー ムソニ | 青森山田高校 | 4:16.55 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | 長森 結愛 | 仙台育英 | 4:17.46 | +0.91 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 3 | 黒川 志帆 | 仙台育英 | 4:20.80 | +4.25 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 4 | 石原 万結 | 仙台育英高校 | 4:21.07 | +4.52 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 5 | 長森 結愛 | 仙台育英高校 | 4:21.38 | +4.83 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 6 | 黒川 志帆 | 仙台育英高校 | 4:22.70 | +6.15 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 7 | ノラ ジェロティッチ | 世羅 | 4:25.09 | +8.54 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 8 | 井上 佳奈 | 山形城北 | 4:26.68 | +10.13 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 9 | 瀬戸口 恋空 | 鹿児島神村学園 | 4:28.16 | +11.61 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 10 | 村松 帆乃美 | 東海大相模高校 | 4:28.69 | +12.14 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
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| 11 | 南 和奏 | 岡山朝日高 | 4:29.22 | +12.67 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 12 | 立石 沙里菜 | 城東 | 4:29.49 | +12.94 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 13 | 菊池 恵愛 | 花巻東高校 | 4:29.50 | +12.95 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 14 | 坂本 美來 | 滋賀学園高校 | 4:30.04 | +13.49 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 15 | 福嶋 円嘉 | 大分東明高校 | 4:30.39 | +13.84 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 16 | 藤澤 心々 | 共愛学園高校 | 4:31.21 | +14.66 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 17 | 近藤 楓香 | 聖カタリナ学園高 | 4:32.75 | +16.20 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 18 | 源代 恵麻 | 新居浜東高 | 4:32.86 | +16.31 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 19 | 西山 雛子 | ヌヴェール学院高 | 4:32.94 | +16.39 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 20 | 田口 心愛 | 城西大城西高校 | 4:34.20 | +17.65 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 21 | 近藤 楓香 | 東大阪大敬愛高校 | 4:34.23 | +17.68 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 22 | 藤田 琉里 | 比叡山高 | 4:34.69 | +18.14 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 23 | 菅原 雛星 | 埼玉栄高校 | 4:35.52 | +18.97 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 24 | 大継 詩乃 | 大阪薫英女学院高校 | 4:35.85 | +19.30 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 25 | 大峠 ほたる | 益田 | 4:36.44 | +19.89 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 26 | 牧野 智彩 | 草津東高 | 4:37.05 | +20.50 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 27 | 藤井 志帆 | 園田学園高 | 4:37.32 | +20.77 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 28 | 新谷 恵麻 | 山田 | 4:37.68 | +21.13 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 29 | 日下 琉楓 | 学法石川高校 | 4:39.96 | +23.41 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 30 | 奥村 望愛 | 鯖江高校 | 4:40.41 | +23.86 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 31 | 研屋 杏虹 | 稲生高校 | 4:42.03 | +25.48 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 32 | 隅田 美月 | 豊川高校 | 4:43.80 | +27.25 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 33 | 山本 留衣 | 東大阪大敬愛高校 | 4:44.90 | +28.35 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 34 | 櫛渕 光愛 | 白鵬女子高校 | 4:45.31 | +28.76 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 35 | 新井 璃桜 | 市立橘高校 | 4:45.43 | +28.88 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 36 | 田口 心愛 | 城西高 | 4:46.79 | +30.24 | 第19回U18･第56回U16陸上競技大会 |
| 37 | 鴨狩 侑奈 | 錦城学園高校 | 4:49.01 | +32.46 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 38 | 橘山 瑠南 | 山梨学院高校 | 4:54.91 | +38.36 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 39 | 北村 和奏 | 埼玉栄高校 | 4:56.32 | +39.77 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 40 | 上野 愛夏 | 城西大城西高校 | 4:56.47 | +39.92 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 41 | 鳴海 詩音 | 旭川龍谷高校 | 4:57.15 | +40.60 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 42 | 小川 紗希 | 水口東高 | 4:59.47 | +42.92 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 43 | 長岩 来維 | 白鵬女子高校 | 4:59.76 | +43.21 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 44 | 久保 友香 | 水口東高 | 5:00.40 | +43.85 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 45 | 長谷川 埜恵 | 城西大城西高校 | 5:01.29 | +44.74 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 46 | 時貞 未来 | 荏田高校 | 5:02.22 | +45.67 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 47 | 山口 茉優 | 埼玉栄高校 | 5:05.43 | +48.88 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 48 | 菊地 桜香 | 草津東高 | 5:06.36 | +49.81 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 49 | 秋元 玲 | 盛岡誠桜高校 | 5:08.21 | +51.66 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 50 | 廣田 みちる | 城西大城西高校 | 5:10.20 | +53.65 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 51 | 土田 莉緒 | 伊実高 | 5:13.15 | +56.60 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 52 | 加藤 いつき | 荏田高校 | 5:17.69 | +1:01.14 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 53 | 米田 莉奈 | 荏田高校 | 5:25.81 | +1:09.26 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 54 | 眞壁 芽依子 | 立命館守山高 | 5:28.36 | +1:11.81 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 55 | 東 莉那 | 乙訓高 | 5:30.89 | +1:14.34 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 56 | 川岸 杏寧 | 甲西 | 5:31.32 | +1:14.77 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 57 | 西村 彩沙 | 甲西高 | 5:32.96 | +1:16.41 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 58 | 長﨑 碧 | 米原高 | 5:38.92 | +1:22.37 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 59 | 安東 美紗 | 草津東高 | 5:41.72 | +1:25.17 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 60 | 岡 英美佳 | 幸福関西高 | 5:49.20 | +1:32.65 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 61 | 山元 彩音 | 滋賀短大附高 | 6:03.18 | +1:46.63 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |