| 1 | 夜野 統真 | 大津商高 | 4:20.46 | | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 2 | メリー ムソニ | 青森山田高校 | 4:24.94 | +4.48 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 3 | 井上 佳奈 | 山形城北 | 4:26.68 | +6.22 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 4 | 瀬戸口 恋空 | 鹿児島神村学園 | 4:28.16 | +7.70 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 5 | 横山 玲央 | 彦根翔西館高 | 4:28.90 | +8.44 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 6 | 石原 万結 | 仙台育英高校 | 4:28.98 | +8.52 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 7 | 南 和奏 | 岡山朝日高 | 4:29.22 | +8.76 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 8 | 立石 沙里菜 | 城東 | 4:29.49 | +9.03 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 9 | 菊池 恵愛 | 花巻東高校 | 4:29.50 | +9.04 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 10 | 福嶋 円嘉 | 大分東明高校 | 4:30.39 | +9.93 | 第79回国民スポーツ大会 |
|
| 11 | 近藤 楓香 | 聖カタリナ学園高 | 4:32.75 | +12.29 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 12 | 源代 恵麻 | 新居浜東高 | 4:32.86 | +12.40 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 13 | 藤田 琉里 | 比叡山高 | 4:34.69 | +14.23 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 14 | 藤澤 心々 | 共愛学園高校 | 4:34.84 | +14.38 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 15 | 大峠 ほたる | 益田 | 4:36.44 | +15.98 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 16 | 前川 莉澄 | 虎姫高 | 4:36.48 | +16.02 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 17 | 牧野 智彩 | 草津東高 | 4:37.05 | +16.59 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 18 | 吉田 治且 | 彦根東高 | 4:37.09 | +16.63 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 19 | 北村 愛介 | 日野高 | 4:37.59 | +17.13 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 20 | 杉村 優介 | 八幡高 | 4:39.92 | +19.46 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 21 | 日下 琉楓 | 学法石川高校 | 4:39.96 | +19.50 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 22 | 奥村 望愛 | 鯖江高校 | 4:40.41 | +19.95 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 23 | 山岡 勇登 | 膳所高 | 4:41.17 | +20.71 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 24 | 大山 椋平 | 高島高 | 4:41.33 | +20.87 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 25 | 新谷 恵麻 | 山田 | 4:44.59 | +24.13 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 26 | 青山 松史 | 草津高 | 4:45.40 | +24.94 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 27 | 西堀 昇之介 | 八日市高 | 4:46.40 | +25.94 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 28 | 岡田 圭祐 | 石山高 | 4:47.92 | +27.46 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 29 | 白井 澄人 | 八幡高 | 4:48.36 | +27.90 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 30 | 山本 朝陽 | 八日市高 | 4:48.50 | +28.04 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 31 | 福山 隼矢 | 日野高 | 4:49.16 | +28.70 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 32 | 小葉 海人 | 近江高 | 4:50.05 | +29.59 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 33 | 小林 琉生 | 八日市高 | 4:53.53 | +33.07 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 34 | 神村 岳 | 彦根東高 | 4:59.40 | +38.94 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 35 | 小川 紗希 | 水口東高 | 4:59.47 | +39.01 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 36 | 久保 友香 | 水口東高 | 5:00.40 | +39.94 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 37 | 角 壱茶 | 八幡工高 | 5:06.24 | +45.78 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 38 | 菊地 桜香 | 草津東高 | 5:06.36 | +45.90 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 39 | 土田 莉緒 | 伊実高 | 5:13.15 | +52.69 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 40 | 小林 拓斗 | 水口東高 | 5:15.10 | +54.64 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 41 | 三嶋 奏汰 | 河瀬高 | 5:20.38 | +59.92 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 42 | 清岡 悠輝 | 幸福関西高 | 5:21.11 | +1:00.65 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 43 | 眞壁 芽依子 | 立命館守山高 | 5:28.36 | +1:07.90 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 44 | 川岸 杏寧 | 甲西 | 5:31.32 | +1:10.86 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 45 | 下村 駿 | 彦根東高 | 5:32.95 | +1:12.49 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 46 | 西村 彩沙 | 甲西高 | 5:32.96 | +1:12.50 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 47 | 長﨑 碧 | 米原高 | 5:38.92 | +1:18.46 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 48 | 安東 美紗 | 草津東高 | 5:41.72 | +1:21.26 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 49 | 北川 稜馬 | 八幡商高 | 5:44.45 | +1:23.99 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 50 | 岡 英美佳 | 幸福関西高 | 5:49.20 | +1:28.74 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 51 | 山元 彩音 | 滋賀短大附高 | 6:03.18 | +1:42.72 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
