| 1 | 吉田 星 | 東海大札幌高校 | 3:42.27 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | 梅田 大陸 | 須磨学園高校 | 3:46.78 | +4.51 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 3 | 飯干 颯大 | 智辯カレッジ高 | 3:47.34 | +5.07 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 4 | 小菅 誠太 | 一関学院 | 3:49.31 | +7.04 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 5 | 中島 陸斗 | 鹿児島鹿児島城西高 | 3:49.78 | +7.51 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 6 | 森田 瑛仁 | 市立松戸高校 | 3:50.30 | +8.03 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 7 | 俵 匠生 | 長崎日本大学高 | 3:50.55 | +8.28 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 8 | 矢野 侑典 | 宮崎小林 | 3:50.69 | +8.42 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 9 | 百田 好希 | 鎮西学院高校 | 3:51.05 | +8.78 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 10 | 尾池 駿一 | 城ノ内中等高 | 3:51.22 | +8.95 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
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| 11 | 中村 仁 | 津島東 | 3:51.46 | +9.19 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 12 | 齋藤 瑠来 | 北見北斗高校 | 3:52.18 | +9.91 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 13 | 山本 圭悟 | 米子東 | 3:53.13 | +10.86 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 14 | 梅津 雄飛 | 白樺学園高校 | 3:53.73 | +11.46 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 15 | 関口 海翔 | 前橋育英高校 | 3:53.78 | +11.51 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 16 | 渡邊 来希 | 早稲佐高 | 3:54.13 | +11.86 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 17 | 田中 允紳 | 熊本九州学院 | 3:54.37 | +12.10 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 18 | 森田 陽翔 | 豊川 | 3:54.49 | +12.22 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 19 | 松崎 悠生 | 浜田商業高 | 3:55.39 | +13.12 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 20 | 三好 悠太 | 宇和 | 3:55.66 | +13.39 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 21 | 高橋 理央 | 松山商高 | 3:57.63 | +15.36 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 22 | 黒川 蒼介 | 四学香川西高 | 3:59.88 | +17.61 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 23 | アカイ メアリー | 白鵬女高 | 4:11.18 | +28.91 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 24 | 久保 凛 | 東大阪大敬愛高校 | 4:11.38 | +29.11 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 25 | シュブルチェック アンナ | 牛久高校 | 4:19.97 | +37.70 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 26 | 黒田 六花 | 仙台育英 | 4:21.01 | +38.74 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 27 | 村井 和果 | 薫英女学院 | 4:21.65 | +39.38 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 28 | 川上 南海 | 長野東高校 | 4:22.36 | +40.09 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 29 | 尾﨑 一樺 | 智辯カレッジ高 | 4:24.95 | +42.68 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 30 | 藤田 莉沙 | 倉敷高 | 4:25.01 | +42.74 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 31 | 嶋本 はな乃 | 筑紫女学園高 | 4:26.22 | +43.95 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 32 | 松浦 銘玉 | 埼玉栄 | 4:26.67 | +44.40 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 33 | 藤井 柑奈 | 西条農 | 4:26.87 | +44.60 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 34 | 本間 栞 | 山形中央 | 4:27.30 | +45.03 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 35 | 稲井 円花 | 共愛学園高校 | 4:27.44 | +45.17 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 36 | 立石 里央菜 | 城東 | 4:28.66 | +46.39 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 37 | 杉安 一葉 | 熊本ルーテル学院 | 4:29.92 | +47.65 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 38 | 御手洗 心菜 | 今治西 | 4:30.54 | +48.27 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 39 | 宇都宮 桃奈 | 札幌山の手高校 | 4:31.43 | +49.16 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 40 | 伊藤 晴香 | 駒澤大学 | 4:32.80 | +50.53 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 41 | 井上 穂奏 | 東海大相模高校 | 4:33.02 | +50.75 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 42 | 井内 櫻子 | 札幌日大高校 | 4:37.81 | +55.54 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 43 | 栗原 未羽 | 共愛学園高校 | 4:39.61 | +57.34 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 44 | 井門 萌 | 聖カタリナ高 | 4:40.07 | +57.80 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 45 | 金子 心乃 | 旭川龍谷高校 | 4:41.32 | +59.05 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 46 | 田村 爽葉 | 共愛学園高校 | 4:43.23 | +1:00.96 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 47 | 志田 采世 | 富山商高 | 4:44.93 | +1:02.66 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 48 | 菅野 美波 | 筑紫女学園高 | 4:52.91 | +1:10.64 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 49 | 宮本さくら | 諫早 | 4:56.25 | +1:13.98 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
