| 1 | 西村 悠也 | 水口東高 | 4:11.20 | | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 2 | 福永 怜央 | 長浜北高 | 4:13.34 | +2.14 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 3 | 畑 仁智甫 | 膳所高 | 4:14.00 | +2.80 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 4 | 水野 遥翔 | 甲西高 | 4:17.68 | +6.48 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 5 | 福本 瑛士 | 彦根東高 | 4:20.30 | +9.10 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 6 | 石原 聡太 | 守山高 | 4:27.06 | +15.86 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 7 | 牛谷 和士 | 虎姫高 | 4:27.31 | +16.11 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 8 | 荒木 睦桔 | 水口東高 | 4:27.85 | +16.65 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 9 | 今村 蒼空 | 甲西高 | 4:28.36 | +17.16 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 10 | 大﨑 真之介 | 立命館守山高 | 4:29.50 | +18.30 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
|
| 10 | 辻 詩雅 | 八日市高 | 4:29.50 | +18.30 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 12 | 前田 大和 | 草津高 | 4:30.24 | +19.04 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 13 | 各務 瑛太 | 彦根東高 | 4:31.59 | +20.39 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 14 | 大森 晴登 | 水口東高 | 4:32.79 | +21.59 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 15 | 奥田 凛太郎 | 水口東高 | 4:33.28 | +22.08 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 16 | 奥田 涼太郎 | 八日市高 | 4:33.33 | +22.13 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 17 | 高砂 大和 | 光泉カトリック高 | 4:33.88 | +22.68 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 18 | 葛川 宗佑 | 長浜北高 | 4:35.37 | +24.17 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 19 | 木野 羽琉 | 彦根東高 | 4:37.74 | +26.54 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 20 | 西田 泰輔 | 守山高 | 4:37.92 | +26.72 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 21 | 西嶋 龍世 | 長浜北高 | 4:39.47 | +28.27 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 22 | 田代 恵土 | 大津商高 | 4:39.69 | +28.49 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 23 | 中川 雄心 | 彦根東高 | 4:39.94 | +28.74 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 24 | 松岡 奏空 | 甲西高 | 4:43.17 | +31.97 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 25 | 石田 紗和 | 草津東高 | 4:43.69 | +32.49 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 26 | 髙倉 暖磨 | 八日市高 | 4:44.29 | +33.09 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 27 | 生駒 了雅 | 長浜北星高 | 4:47.12 | +35.92 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 28 | 堀内 朝斗 | 守山高 | 4:53.04 | +41.84 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 29 | 中村 浩太 | 瀬田工高 | 4:58.10 | +46.90 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 30 | 能海 茉莉 | 草津東高 | 4:58.93 | +47.73 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 31 | 中村 俐玖 | 八幡商高 | 5:02.54 | +51.34 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 32 | 澁谷 峻 | 彦根東高 | 5:18.04 | +1:06.84 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 33 | 永福 大聖 | 彦根東高 | 5:19.62 | +1:08.42 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 34 | 矢野 芭音 | 水口高 | 5:35.53 | +1:24.33 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 35 | 松宮 大也 | 八幡商高 | 5:36.19 | +1:24.99 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 36 | 藤田 七海 | 彦根翔西館高 | 5:43.47 | +1:32.27 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |