| 1 | 曽我 瑛 | 清新JAC | 3:44.36 | | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 2 | 本田 桜二郎 | 鳥取城北高校 | 3:46.86 | +2.50 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 3 | 川口 峻太朗 | 順天堂大学 | 3:47.80 | +3.44 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 4 | 近藤 寿樹 | 東海大相模高校 | 3:50.85 | +6.49 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 5 | 松山 唯人 | 東海大学 | 3:51.04 | +6.68 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 6 | 佐藤 新太 | 山梨学院高校 | 3:51.70 | +7.34 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 7 | 大藪 遙斗 | 東京農大三高校 | 3:51.84 | +7.48 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 8 | 温水 英真 | 城西大学 | 3:51.86 | +7.50 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 9 | 五藤 大智 | 駒大高校 | 3:54.00 | +9.64 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 10 | 山口 幸太郎 | 駒大高校 | 3:54.36 | +10.00 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
|
| 11 | 帯刀 唯 | 相洋高校 | 3:55.54 | +11.18 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 12 | 小林 天 | 城西大城西高校 | 3:56.40 | +12.04 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 13 | 佐藤 蒼空 | 山形中央高校 | 3:57.23 | +12.87 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 14 | 堀井 敬悟 | 遊学館高校 | 3:57.24 | +12.88 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 15 | 小林 駆 | 城西大城西高校 | 3:59.52 | +15.16 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 16 | 本間 空 | 相洋高校 | 4:00.12 | +15.76 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 17 | 渡邊 義仁 | 芝浦工業大学 | 4:00.53 | +16.17 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 18 | 沼山 在音 | 青森山田高校 | 4:01.95 | +17.59 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 19 | 池田 琢真 | 武蔵野学院大学 | 4:02.62 | +18.26 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 20 | 杉林 良現 | 日本体育大学 | 4:03.09 | +18.73 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 21 | 梅原 龍聖 | 立正大学 | 4:05.62 | +21.26 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 22 | 矢島 旬 | 東京実業高校 | 4:06.44 | +22.08 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 23 | 篠原 真仁 | 長野日大高校 | 4:06.57 | +22.21 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 24 | 平山 藍斗 | 城西大城西高校 | 4:07.02 | +22.66 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 25 | 相原 蓮 | 相洋高校 | 4:07.93 | +23.57 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 26 | 山本 玄太 | 城西大城西高校 | 4:08.79 | +24.43 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 27 | 下島 凌空 | 長野日大高校 | 4:11.72 | +27.36 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 28 | 細貝 承太郎 | 城西大城西高校 | 4:13.54 | +29.18 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 29 | 大川 菜々美 | 和歌山北高校 | 4:21.68 | +37.32 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 30 | 高松 桜太 | 芝浦工業大学 | 4:22.27 | +37.91 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 31 | 木田 美緒莉 | 旭川龍谷高校 | 4:26.35 | +41.99 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 32 | 福山 若奈 | 埼玉栄高校 | 4:29.54 | +45.18 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 33 | 長谷川 采花 | 札幌山の手高校 | 4:30.59 | +46.23 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 34 | 立花 來星々 | しまむら | 4:32.99 | +48.63 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 35 | 前田 百花 | 駿河台大学 | 4:33.55 | +49.19 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 36 | 竹下 未悠 | 上水高校 | 4:34.95 | +50.59 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 37 | 朝野 流南 | 東大阪大敬愛高校 | 4:35.45 | +51.09 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 38 | 小川 真生 | 稲生高校 | 4:36.40 | +52.04 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 39 | 漢人 ひかり | 常葉大菊川高校 | 4:37.42 | +53.06 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 40 | 佐藤 優乃花 | 豊川高校 | 4:41.28 | +56.92 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 41 | 栗原 優奈 | 仙台育英高校 | 4:42.38 | +58.02 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 42 | 池谷 凜 | 常葉大菊川高校 | 4:43.28 | +58.92 | 第322回日本体育大学長距離競技会 |
| 43 | 武藤 蒼衣 | 和歌山北高校 | 4:48.56 | +1:04.20 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
| 44 | 塚原 深結 | 宇都宮文星女子高校 | 4:48.63 | +1:04.27 | 第320回日本体育大学長距離競技会 兼 第14回NCG |
