| 1 | 佐藤 圭汰 | ナイキ | 3:36.49 | | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 2 | 岩下 和史 | 早稲田大学 | 3:42.65 | +6.16 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 3 | 大塚 直哉 | ひらまつ病院 | 3:42.71 | +6.22 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 4 | 永本 脩 | 東海大学 | 3:43.91 | +7.42 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 5 | 宮本 凪 | 城西大学 | 3:44.05 | +7.56 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 6 | 後田 築 | 順天堂大学 | 3:44.26 | +7.77 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 7 | 森玉 鳳雅 | 関西大学 | 3:44.85 | +8.36 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 8 | 渡邉 優典 | 東北大学 | 3:46.32 | +9.83 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 9 | 高坂 光希 | 札幌学院大学 | 3:46.58 | +10.09 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 10 | 竹石 優 | 環太平洋大学 | 3:47.19 | +10.70 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
|
| 11 | 吉田 僚 | 環太平洋大学 | 3:47.57 | +11.08 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 12 | 片桐 貫太 | MORE | 3:47.68 | +11.19 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 13 | 市川 和英 | 関東学院大学 | 3:50.40 | +13.91 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 14 | 黒木 陽向 | 創価大学 | 3:50.54 | +14.05 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 15 | 吉田 山登 | 平成国際大学 | 3:50.81 | +14.32 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 16 | 東村 航明 | 日本体育大学 | 3:51.75 | +15.26 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 17 | 松尾 悠登 | 東京国際大学 | 3:53.74 | +17.25 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 18 | 小堺 隆弘 | 一橋大学 | 3:53.79 | +17.30 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 19 | 丹野 暁翔 | 芝浦工業大学 | 3:53.97 | +17.48 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 20 | 三井 悠暉 | 明治大学陸上同好会 | 3:54.15 | +17.66 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 21 | 三井 悠暉 | 明治大学陸上競技同好会 | 3:54.17 | +17.68 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 21 | 東泉 大河 | 小森コーポレーション | 3:54.17 | +17.68 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 23 | 嶋田 啓希 | 順天堂大学 | 3:54.28 | +17.79 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 24 | 福嶋 明大 | 信州大学 | 3:54.67 | +18.18 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 25 | 花田 修人 | 札幌学院大学 | 3:55.10 | +18.61 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 26 | 佐藤 瑞 | 慶應義塾大学 | 3:55.83 | +19.34 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 27 | 酒巻 輝希 | 埼玉陸協 | 3:56.02 | +19.53 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 28 | 加藤 元晴 | - | 3:56.94 | +20.45 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 29 | 木下 瑛仁 | 駿河台大学 | 3:57.03 | +20.54 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 30 | 渡邉 憲司 | 筑波大学 | 3:57.75 | +21.26 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 31 | 福島 孝介 | 国際武道大学 | 3:57.84 | +21.35 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 32 | 武信 和佳 | 成蹊大学 | 3:58.47 | +21.98 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 33 | 儘田 蓮冬 | 千葉大学 | 3:59.26 | +22.77 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 34 | 小松 幹汰 | 環太平洋大学 | 4:00.14 | +23.65 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 35 | 橋本 陽太 | 日本体育大学 | 4:00.16 | +23.67 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 36 | 髙野 翔主希 | 湘南工科大学 | 4:00.94 | +24.45 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 37 | 池田 優也 | 日本体育大学 | 4:01.02 | +24.53 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 38 | 佐多 慎乃輔 | 都留文大 | 4:01.08 | +24.59 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 39 | 鷲野 彪雅 | 法大II部 | 4:01.29 | +24.80 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 40 | 森田 澪耀 | 駿河台大学 | 4:01.46 | +24.97 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 41 | 高野 翔主希 | 湘南工科大学 | 4:02.41 | +25.92 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 42 | 佐藤 樹生 | 筑波大学 | 4:03.23 | +26.74 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 43 | 木 陽 | 筑波大学 | 4:03.34 | +26.85 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 44 | 杉井 淳人 | 帝京大学 | 4:04.11 | +27.62 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 45 | 三柴 嗣音 | 聖学院大学 | 4:05.17 | +28.68 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 46 | 矢野 凜誠 | 城西大学 | 4:06.23 | +29.74 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 47 | 野田 大晴 | 慶應義塾大学 | 4:06.41 | +29.92 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 48 | 平出 凌大 | 平成国際大学 | 4:06.58 | +30.09 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 49 | 上原 歓志 | 電気通信大学 | 4:07.02 | +30.53 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 50 | 廣田 凌 | 横浜国大 | 4:09.73 | +33.24 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 51 | 林 朋広 | 愛知教育大学 | 4:10.24 | +33.75 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 52 | 山田 勇斗 | 日本体育大学 | 4:11.11 | +34.62 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 53 | 三好 翔大 | 神奈川大学 | 4:11.16 | +34.67 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 54 | 志村 優太 | 帝京大学 | 4:11.22 | +34.73 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 55 | 堀 翼 | 日本体育大学 | 4:11.92 | +35.43 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 56 | 植田 航生 | 芝浦工業大学 | 4:12.13 | +35.64 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 57 | 根地嶋 映人 | 静岡陸協 | 4:16.68 | +40.19 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 58 | 中原 諒一朗 | 帝京大学 | 4:16.89 | +40.40 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 59 | 三根 春哉 | 御殿場RC | 4:18.23 | +41.74 | 第332回日本体育大学長距離競技会兼25th NITTAIDAI Challenge Games |
| 60 | 田中 風舞 | 東京大学 | 4:21.56 | +45.07 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 61 | 岩城 佳杜 | 札幌学院大学 | 4:24.25 | +47.76 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 62 | 伊藤 紅羽 | 信州大学 | 4:25.22 | +48.73 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 63 | 平澤 蒼 | 帝京大学 | 4:26.44 | +49.95 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 64 | 小林 弘門 | 神奈川大学 | 4:31.95 | +55.46 | 第247回東海大学長距離競技会 |