| 1 | 近藤 寿樹 | 東海大学 | 3:40.07 | | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 2 | フェリックス ムティアニ | 山梨学院高校 | 3:40.35 | +0.28 | 第34回 金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会 |
| 3 | 川口 峻太朗 | 順天堂大学 | 3:43.51 | +3.44 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 4 | ジェン ツジェ | - | 3:44.96 | +4.89 | 第34回 金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会 |
| 5 | 新妻 遼己 | 西脇工高 | 3:45.52 | +5.45 | 第34回 金栗記念選抜陸上中長距離熊本大会 |
| 6 | 森 亮太 | 順天堂大学 | 3:45.71 | +5.64 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 7 | 村上 遵世 | 創価大学 | 3:46.39 | +6.32 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 8 | 松山 唯人 | 東海大学 | 3:47.20 | +7.13 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 9 | 大藪 遙斗 | 青山学院大学 | 3:47.43 | +7.36 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 10 | 保芦 摩比呂 | 創価大学 | 3:47.77 | +7.70 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
|
| 11 | 佐藤 新太 | 東京国際大学 | 3:48.24 | +8.17 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 12 | 内田 涼太 | 創価大学 | 3:48.51 | +8.44 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 13 | 山本 悠悟 | 國學院大學 | 3:48.64 | +8.57 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 14 | 田村 幸太 | 創価大学 | 3:49.60 | +9.53 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 15 | 畑中 蓮 | 國學院大学 | 3:50.21 | +10.14 | 第105回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 16 | 小林 環 | 明治大学 | 3:51.43 | +11.36 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 17 | 五十嵐 新太 | 國學院大學 | 3:51.62 | +11.55 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 18 | 山崎 寿和 | 神奈川大学 | 3:53.21 | +13.14 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 19 | 丸山 堪大 | 城西国際大学 | 3:53.27 | +13.20 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 20 | 新妻 遼己 | Waseda Univ. | 3:53.57 | +13.50 | 2026年度 第3回早稲田大学競技会 |
| 21 | 大関 星斗 | 芝浦工業大学 | 3:53.59 | +13.52 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 22 | 白岩 敬吾 | 山梨学院大学 | 3:54.00 | +13.93 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 23 | 落合 智優 | 帝京大学 | 3:54.14 | +14.07 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 24 | 矢島 旬 | 桜美林大学 | 3:54.33 | +14.26 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 25 | 福嶋 颯海 | 関西学院大学 | 3:54.37 | +14.30 | 吹田市長距離ナイター第1回記録会 |
| 26 | 池田 琢真 | 武蔵野学院大学 | 3:54.49 | +14.42 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 27 | 髙橋 功平 | 神奈川大学 | 3:54.52 | +14.45 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 28 | 石田 優 | 山梨学院大学 | 3:54.57 | +14.50 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 29 | 山崎 碧葉 | 神奈川大学 | 3:54.77 | +14.70 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 30 | 佐伯 俊徳 | 東海大学 | 3:54.84 | +14.77 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 31 | 前田 蒼空 | 青山学院大学 | 3:55.09 | +15.02 | 第17回絆記録挑戦会 |
| 32 | 川村 友朗 | 創価大学 | 3:55.10 | +15.03 | 2026年度 第3回早稲田大学競技会 |
| 33 | 上杉 敦史 | Waseda Univ. | 3:55.18 | +15.11 | 2026年度 第3回早稲田大学競技会 |
| 34 | 小林 歩夢 | 神奈川大学 | 3:55.28 | +15.21 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 35 | 原田 青空 | 関西大学 | 3:55.29 | +15.22 | 秩父宮賜杯第79回西日本学生陸上競技対校選手権大会 |
| 36 | 上杉 敦史 | - | 3:56.16 | +16.09 | 2026年度 第2回早稲田大学競技会 |
| 37 | 梅原 龍聖 | 立正大学 | 3:56.26 | +16.19 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 38 | 松山 優太 | 東海大学 | 3:56.27 | +16.20 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 39 | 山本 悠悟 | 國學院大学 | 3:56.32 | +16.25 | 第105回関東学生陸上競技対校選手権大会 |
| 40 | 山 本祐貴 | 慶應義塾大学 | 3:56.83 | +16.76 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 40 | 高森 はる | 芝浦工業大学 | 3:56.83 | +16.76 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 42 | 田村 竜吾 | 慶應義塾大学 | 3:57.75 | +17.68 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 43 | 渡邊 義仁 | 芝浦工業大学 | 3:57.87 | +17.80 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 44 | 桂 一太 | 大阪経済大学 | 3:57.96 | +17.89 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 45 | 佐藤 楓羽 | - | 3:58.10 | +18.03 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 46 | 八嶋 春樹 | 芝浦工業大学 | 3:58.28 | +18.21 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 47 | 深津 良太 | 群馬大学 | 3:58.66 | +18.59 | 2026年第2回群馬県記録会 |
| 48 | 黒岩 蘭太朗 | 東洋大学 | 3:58.69 | +18.62 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 49 | 山本 和八 | 摂南大学 | 3:58.71 | +18.64 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 50 | 畑中 登仁 | 鹿屋体育大学 | 3:58.81 | +18.74 | 秩父宮賜杯第79回西日本学生陸上競技対校選手権大会 |
| 51 | 太田 翼 | - | 3:58.89 | +18.82 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 52 | 大隅 未裕 | 群大 | 3:58.95 | +18.88 | 2026年第2回群馬県記録会 |
| 53 | 高舘 友杜 | - | 3:59.07 | +19.00 | 2026年度 第2回早稲田大学競技会 |
| 54 | 加藤 倖太 | 東京経済大学 | 3:59.08 | +19.01 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 55 | 新見 春陽 | 青山学院大学 | 3:59.10 | +19.03 | 第17回絆記録挑戦会 |
| 56 | 前田 浬 | 関西大学 | 3:59.17 | +19.10 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 57 | 曽我 瑛 | 清新JAC | 3:59.20 | +19.13 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 57 | 田中 敬 | 芝浦工業大学 | 3:59.20 | +19.13 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 59 | 笠嶋 祐樹 | 芝浦工業大学 | 3:59.46 | +19.39 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 60 | 佐藤 和隆 | 電気通信大学 | 3:59.53 | +19.46 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 61 | 澤村 櫂吏 | 大阪経済大学 | 3:59.54 | +19.47 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 62 | 吉田 悠輝 | 関東学院大学 | 4:00.13 | +20.06 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 63 | 篠原 真仁 | 明治学院大学 | 4:00.21 | +20.14 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 64 | 楠本 琉月 | 摂南大学 | 4:00.92 | +20.85 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 65 | 川又 大知 | 東海大学 | 4:01.18 | +21.11 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 66 | 重谷 斗貴 | 京都産業大学 | 4:01.24 | +21.17 | 第90回京都学生陸上競技対校選手権大会 |
| 67 | 岡本 琉良 | 大阪国際大 | 4:01.44 | +21.37 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 68 | 宮田 馨 | 関西学院大学 | 4:01.58 | +21.51 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 69 | 高松 桜太 | 芝浦工業大学 | 4:01.66 | +21.59 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 70 | 松場 授 | 龍谷大学 | 4:01.67 | +21.60 | 秩父宮賜杯第79回西日本学生陸上競技対校選手権大会 |
| 71 | 千葉 純矢 | - | 4:01.98 | +21.91 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 72 | 下島 凌空 | 芝浦工業大学 | 4:02.00 | +21.93 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 73 | 小田垣 茉周 | 神奈川大学 | 4:02.23 | +22.16 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 74 | 鈴木 勇飛 | - | 4:02.44 | +22.37 | 2026年度 第2回早稲田大学競技会 |
| 75 | 髙橋 泰生 | 芝浦工業大学 | 4:02.56 | +22.49 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 76 | 伊藤 柊翔 | 清和大学 | 4:02.61 | +22.54 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 77 | 多賀野 樹 | 関西大学 | 4:02.78 | +22.71 | 吹田市長距離ナイター第2回記録会 |
| 78 | 冨田 拓臣 | Waseda Univ. | 4:02.80 | +22.73 | 2026年度 第3回早稲田大学競技会 |
| 79 | 冨田 拓臣 | - | 4:02.81 | +22.74 | 2026年度 第2回早稲田大学競技会 |
| 80 | 森本 創太 | 大阪経済大学 | 4:03.05 | +22.98 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 81 | 岡本 琉良 | 大阪国際大 | 4:03.13 | +23.06 | 吹田市長距離ナイター第2回記録会 |
| 82 | 笠嶋 佑樹 | 芝浦工業大学 | 4:03.21 | +23.14 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 83 | 三浦 璃空 | 大阪経済大学 | 4:03.22 | +23.15 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 84 | 水野 太介 | 芝浦工業大学 | 4:03.40 | +23.33 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 85 | 角谷 悠希 | 大阪体育大 | 4:03.47 | +23.40 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 86 | 新谷 真生 | 大阪経済大学 | 4:03.56 | +23.49 | 吹田市長距離ナイター第4回記録会 |
| 87 | 金子 空楓 | 皇學館大学 | 4:03.63 | +23.56 | 国スポ第1次選考競技会 |
| 88 | 八木 雅人 | 京都産業大学 | 4:03.88 | +23.81 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 89 | 柏葉 隆基 | 創価大学 | 4:03.97 | +23.90 | 2026年度 第3回早稲田大学競技会 |
| 90 | 谷川 航太 | Waseda Univ. | 4:04.15 | +24.08 | 2026年度 第3回早稲田大学競技会 |
| 91 | 矢野 功太郎 | 龍谷大学 | 4:04.91 | +24.84 | 第90回京都学生陸上競技対校選手権大会 |
| 92 | 小塚 希生 | 関東学院大学 | 4:04.97 | +24.90 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 93 | 若狭 奏汰 | Waseda Univ. | 4:05.11 | +25.04 | 2026年度 第3回早稲田大学競技会 |
| 94 | 大杉 伊武希 | 皇學館大学 | 4:05.18 | +25.11 | 国スポ第1次選考競技会 |
| 95 | 高舘 友杜 | Waseda Univ. | 4:05.20 | +25.13 | 2026年度 第3回早稲田大学競技会 |
| 96 | 伊田 涼助 | 関西大学 | 4:06.16 | +26.09 | 吹田市長距離ナイター第2回記録会 |
| 97 | 山川 真裕 | 東京陸協 | 4:06.29 | +26.22 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 98 | 森 秋愛 | 大阪経済大学 | 4:06.33 | +26.26 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 99 | 久米 満喜 | 関西学院大学 | 4:06.67 | +26.60 | 吹田市長距離ナイター第3回記録会 |
| 100 | 家次 渓太 | 大阪体育大 | 4:06.69 | +26.62 | 吹田市長距離ナイター第4回記録会 |