| 1 | 岩下 和史 | 早稲田大学 | 3:42.65 | | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 2 | 大塚 直哉 | ひらまつ病院 | 3:42.71 | +0.06 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 3 | 永本 脩 | 東海大学 | 3:43.91 | +1.26 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 4 | 宮本 凪 | 城西大学 | 3:44.05 | +1.40 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 5 | 後田 築 | 順天堂大学 | 3:44.26 | +1.61 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 6 | 森玉 鳳雅 | 関西大学 | 3:44.85 | +2.20 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 7 | 渡邉 優典 | 東北大学 | 3:46.32 | +3.67 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 8 | 高坂 光希 | 札幌学院大学 | 3:46.58 | +3.93 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 9 | 竹石 優 | 環太平洋大学 | 3:47.19 | +4.54 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 10 | 吉田 僚 | 環太平洋大学 | 3:47.57 | +4.92 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
|
| 11 | 片桐 貫太 | MORE | 3:47.68 | +5.03 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 12 | 市川 和英 | 関東学院大学 | 3:50.40 | +7.75 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 13 | 黒木 陽向 | 創価大学 | 3:50.54 | +7.89 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 14 | 吉田 山登 | 平成国際大学 | 3:50.81 | +8.16 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 15 | 松尾 悠登 | 東京国際大学 | 3:53.74 | +11.09 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 16 | 小堺 隆弘 | 一橋大学 | 3:53.79 | +11.14 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 17 | 丹野 暁翔 | 芝浦工業大学 | 3:53.97 | +11.32 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 18 | 東泉 大河 | 小森コーポレーション | 3:54.17 | +11.52 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 18 | 三井 悠暉 | 明治大学陸上競技同好会 | 3:54.17 | +11.52 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 20 | 嶋田 啓希 | 順天堂大学 | 3:54.28 | +11.63 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 21 | 福嶋 明大 | 信州大学 | 3:54.67 | +12.02 | 第245回東海大学長距離競技会 |
| 22 | 花田 修人 | 札幌学院大学 | 3:55.10 | +12.45 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 23 | 東村 航明 | 日本体育大学 | 3:55.74 | +13.09 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 24 | 佐藤 瑞 | 慶應義塾大学 | 3:55.83 | +13.18 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 25 | 酒巻 輝希 | 埼玉陸協 | 3:56.02 | +13.37 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 26 | 加藤 元晴 | - | 3:56.94 | +14.29 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 27 | 木下 瑛仁 | 駿河台大学 | 3:57.03 | +14.38 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 28 | 福島 孝介 | 国際武道大学 | 3:57.84 | +15.19 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 29 | 武信 和佳 | 成蹊大学 | 3:58.47 | +15.82 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 30 | 儘田 蓮冬 | 千葉大学 | 3:59.26 | +16.61 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 31 | 小松 幹汰 | 環太平洋大学 | 4:00.14 | +17.49 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 32 | 橋本 陽太 | 日本体育大学 | 4:00.16 | +17.51 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 33 | 髙野 翔主希 | 湘南工科大学 | 4:00.94 | +18.29 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 34 | 佐多 慎乃輔 | 都留文大 | 4:01.08 | +18.43 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 35 | 鷲野 彪雅 | 法大II部 | 4:01.29 | +18.64 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 36 | 森田 澪耀 | 駿河台大学 | 4:01.46 | +18.81 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 37 | 高野 翔主希 | 湘南工科大学 | 4:02.41 | +19.76 | 第246回東海大学長距離競技会 |
| 38 | 杉井 淳人 | 帝京大学 | 4:04.11 | +21.46 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 39 | 三柴 嗣音 | 聖学院大学 | 4:05.17 | +22.52 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 40 | 矢野 凜誠 | 城西大学 | 4:06.23 | +23.58 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 41 | 野田 大晴 | 慶應義塾大学 | 4:06.41 | +23.76 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 42 | 平出 凌大 | 平成国際大学 | 4:06.58 | +23.93 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 43 | 上原 歓志 | 電気通信大学 | 4:07.02 | +24.37 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 44 | 廣田 凌 | 横浜国大 | 4:09.73 | +27.08 | 第248回東海大学長距離競技会 |
| 45 | 林 朋広 | 愛知教育大学 | 4:10.24 | +27.59 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 46 | 三好 翔大 | 神奈川大学 | 4:11.16 | +28.51 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 47 | 志村 優太 | 帝京大学 | 4:11.22 | +28.57 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 48 | 山田 勇斗 | 日本体育大学 | 4:11.74 | +29.09 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 49 | 堀 翼 | 日本体育大学 | 4:11.92 | +29.27 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 50 | 植田 航生 | 芝浦工業大学 | 4:12.13 | +29.48 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 51 | 中原 諒一朗 | 帝京大学 | 4:18.68 | +36.03 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 52 | 尾崎 真衣 | 京都教育大 | 4:20.43 | +37.78 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 53 | 堀田 佳奈 | 鹿児島銀行 | 4:21.18 | +38.53 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 54 | 相場 茉奈 | 大東文化大学 | 4:21.46 | +38.81 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 55 | 田中 風舞 | 東京大学 | 4:21.56 | +38.91 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 56 | 酒井 千菜 | 順天堂大学 | 4:22.76 | +40.11 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 57 | 岩城 佳杜 | 札幌学院大学 | 4:24.25 | +41.60 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 58 | 伊藤 紅羽 | 信州大学 | 4:25.22 | +42.57 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 59 | 宮川 紗耶 | デンソー | 4:25.58 | +42.93 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 60 | 平澤 蒼 | 帝京大学 | 4:26.44 | +43.79 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 61 | 石上 栞理 | 順天堂大学 | 4:26.74 | +44.09 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 62 | 松岡 真姫 | 白鷗大学 | 4:27.03 | +44.38 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 63 | 山﨑 空 | ベアーズ | 4:28.31 | +45.66 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 64 | 小林 弘門 | 神奈川大学 | 4:31.95 | +49.30 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 65 | 力丸 楓 | 名城大学 | 4:32.59 | +49.94 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 66 | 勝 くるみ | 筑波大学 | 4:33.52 | +50.87 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 67 | 澤井 風月 | 城西大学 | 4:34.70 | +52.05 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 68 | 高橋 ひより | 順天堂大学 | 4:35.25 | +52.60 | 第330回日本体育大学長距離競技会 兼 第23回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 69 | 瀬木 彩花 | 名城大学 | 4:35.97 | +53.32 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 70 | 鈴木 結菜 | 東北福祉大学 | 4:36.40 | +53.75 | 2026日本学生陸上競技個人選手権大会 |
| 71 | 田中 希実 | 日本体育大学 | 4:37.90 | +55.25 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 72 | 蓬田 梨世蘭 | 白鷗大学 | 4:38.60 | +55.95 | 日本体育大学長距離競技会 |
| 73 | 熊谷 叶香 | 日本女子体育大学 | 4:42.81 | +1:00.16 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 74 | 則包 安貴子 | 北海道大学 | 4:44.92 | +1:02.27 | 第327回日本体育大学長距離競技会 兼 第20回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 75 | 庭瀬 沙耶 | 日女体大学 | 4:45.19 | +1:02.54 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 76 | 高橋 知広 | 順天堂大学 | 4:47.25 | +1:04.60 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 77 | 染川 舞衣 | 駿河台大学 | 4:48.58 | +1:05.93 | 第328回日本体育大学長距離競技会 兼 第21回 NITTAIDAI Challenge Games |
| 78 | 和田 水希 | 松戸市陸協 | 5:03.26 | +1:20.61 | 第250回東海大学長距離競技会 |
| 79 | 尾崎 さら | 都留文大 | 5:13.06 | +1:30.41 | 第247回東海大学長距離競技会 |
| 80 | 星野 優希奈 | 東京理科大学 | 5:18.42 | +1:35.77 | 第247回東海大学長距離競技会 |