| 1 | アカイ メアリー | 白鵬女高 | 8:55.02 | | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 2 | 男乕 結衣 | 東北 | 9:07.16 | +12.14 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 3 | 川上 南海 | 長野東高校 | 9:08.08 | +13.06 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 4 | シュブルチェック アンナ | 牛久高校 | 9:15.60 | +20.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 5 | 宇都宮 桃奈 | 札幌山の手高校 | 9:22.69 | +27.67 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 6 | 長谷川 結都 | 東大阪大敬愛高校 | 9:22.88 | +27.86 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 7 | 岩村 莉奈 | 銀河学院高校 | 9:24.53 | +29.51 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 8 | 橘 のん | 仙台育英高校 | 9:26.52 | +31.50 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 9 | 立石 里央菜 | 城東 | 9:29.61 | +34.59 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 10 | 白石 真子 | 筑紫女学園高 | 9:35.45 | +40.43 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
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| 11 | 稲井 円花 | 共愛学園高校 | 9:36.19 | +41.17 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 12 | 河合 柚奈 | 浜松市立高 | 9:39.44 | +44.42 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 13 | 伊藤 晴香 | 駒澤大学 | 9:41.99 | +46.97 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 14 | 古川 真子 | 日大三島高校 | 9:43.12 | +48.10 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 15 | 松岡 聖奈 | 広島工大 | 9:43.39 | +48.37 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 16 | 穗岐山 実結 | 山田 | 9:50.39 | +55.37 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 17 | 御手洗 心菜 | 今治西 | 9:53.15 | +58.13 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 18 | 尾﨑 一樺 | 智辯カレッジ高 | 9:53.48 | +58.46 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 19 | 野村 比奈姫 | 西京高 | 9:55.98 | +1:00.96 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 20 | 光岡 琴奈 | 白石高 | 9:56.56 | +1:01.54 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 21 | 大塚 結衣 | 鯖江高校 | 10:01.19 | +1:06.17 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
