| 1 | 加藤 結羽高3 | 佐久長聖高校 | 8:45.77 | | 第79回国民スポーツ大会 |
| 2 | 古賀 想太 | 市立前橋 | 8:46.95 | +1.18 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 3 | 前田 結人高3 | 洛南高校 | 8:48.11 | +2.34 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 4 | 徳山 博貴 | 中央大学 | 8:53.04 | +7.27 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 5 | 伊藤 悠ノ介 | 八千代松陰 | 8:54.35 | +8.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 6 | 竹信 祐太郎高2 | 福工大城東高 | 8:56.31 | +10.54 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 7 | 岸本 莞爾 | 駒澤大学 | 8:56.67 | +10.90 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 8 | 三浦 琥亜 | 一関学院 | 8:57.13 | +11.36 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 9 | 伊藤 魁良 | 立命館大学 | 8:57.78 | +12.01 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 10 | 大谷 謙心 | 埼玉栄 | 9:00.09 | +14.32 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
|
| 11 | 山口 慶人 | 順天堂大学 | 9:00.45 | +14.68 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 12 | 岸本 晟高3 | 京都外大西高校 | 9:00.75 | +14.98 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 13 | 高舘 友杜 | 早稲田大学 | 9:01.97 | +16.20 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 14 | 鶴留 唯月 | 小林 | 9:02.08 | +16.31 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 15 | 木村 啓運 | 萩 | 9:02.59 | +16.82 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 16 | 佐伯 優月高3 | 西脇工高 | 9:03.30 | +17.53 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 17 | 松山 怜平高3 | 奈良育英高 | 9:03.72 | +17.95 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 18 | 北浦 拓真高3 | 聖和学園高校 | 9:03.83 | +18.06 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 19 | 星野 愁高3 | 中越高校 | 9:04.28 | +18.51 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 20 | 江藤 大輝 | 立教大学 | 9:04.33 | +18.56 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 21 | 小林 歩夢高3 | 川崎市立橘高校 | 9:04.45 | +18.68 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 22 | 森松 彩夢高2 | 一関学院高校 | 9:05.50 | +19.73 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 22 | 福西 和希高3 | 岡崎城西高校 | 9:05.50 | +19.73 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 24 | 津上 輝大高3 | 自由ケ丘高 | 9:07.15 | +21.38 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 25 | 金子 遼 | 帝京大学 | 9:07.34 | +21.57 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 26 | 島田 勝麻 | 洛北 | 9:07.64 | +21.87 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 27 | 田中 未来高3 | 慶誠高校 | 9:09.22 | +23.45 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 28 | 遠藤 光基 | 平田 | 9:10.88 | +25.11 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 29 | 木村 恭也 | 開志国際 | 9:11.29 | +25.52 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 30 | 杉本 拓海高3 | 那覇西高校 | 9:11.69 | +25.92 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 31 | 矢部 翔琉高2 | 水城高校 | 9:11.75 | +25.98 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 32 | 森松 彩夢 | 一関学院 | 9:11.97 | +26.20 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 33 | 赤坂 直人高2 | 佐久長聖高校 | 9:13.72 | +27.95 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 34 | 石尾 海波 | 広島国際学院 | 9:14.34 | +28.57 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 35 | 末田 唯久海高3 | 学法石川高校 | 9:14.40 | +28.63 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 36 | 西野 寛太郎高3 | 美方高校 | 9:15.85 | +30.08 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 37 | 岡野 雄大 | 法政大学 | 9:15.93 | +30.16 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 38 | 大杉 伊武希 | 皇學館大学 | 9:17.32 | +31.55 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 39 | 谷﨑 然高3 | 川崎市立橘高校 | 9:17.33 | +31.56 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 40 | 谷山 凌太 | 宮崎小林 | 9:18.77 | +33.00 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 41 | 川村 友朗 | 小林 | 9:19.47 | +33.70 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 42 | 鈴木 勇飛 | 早稲田大学 | 9:23.13 | +37.36 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 43 | 藤﨑 潤慈高3 | 鎮西学院高校 | 9:23.75 | +37.98 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 44 | 高橋 佑光高2 | 長野日大高校 | 9:23.79 | +38.02 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 45 | 猪熊 凌摂 | 中京大中京 | 9:23.88 | +38.11 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 46 | 浦田 誉人高2 | 札幌山の手高校 | 9:24.54 | +38.77 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 47 | 小丸 統玄 | 世羅 | 9:25.22 | +39.45 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 48 | 坪山 雄哉 | 鹿児島城西 | 9:25.35 | +39.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 49 | 猪熊 凌摂 | 中京大学 | 9:26.28 | +40.51 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 50 | 江川 太河高3 | 飯塚高 | 9:26.47 | +40.70 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 51 | 竹内 大和高3 | 福岡第一高 | 9:26.50 | +40.73 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 52 | 志賀 陽輝高3 | 今治北高 | 9:27.11 | +41.34 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 53 | 石黒 壱晴高3 | 宇和島東高 | 9:27.70 | +41.93 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 54 | 中川 拓海 | 豊川 | 9:27.98 | +42.21 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 55 | 山下 陽音高2 | 倉敷高 | 9:29.05 | +43.28 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 56 | 嘉藤 颯大高2 | 北見北斗高校 | 9:32.89 | +47.12 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 57 | 吉田 惺和高2 | 川口市立高 | 9:34.61 | +48.84 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 58 | 加嶋 響高2 | 洛南高校 | 9:35.15 | +49.38 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 59 | 櫻井 凜空 | 利府 | 9:35.58 | +49.81 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 60 | 倉橋 征己 | 西条農 | 9:37.62 | +51.85 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 61 | 小出 貴大 | 東京経済大学 | 9:38.25 | +52.48 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 62 | 難波 陽高3 | 高松工芸高 | 9:38.46 | +52.69 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 63 | 渡邊 開生 | 札幌日本大学 | 9:40.36 | +54.59 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 64 | 武田 慶永 | 立命館慶祥 | 9:44.86 | +59.09 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 65 | 参田 彪雅 | 福知山成美 | 9:44.96 | +59.19 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 66 | 浦尻 悠正高3 | 高知工高 | 9:45.58 | +59.81 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 67 | 塚原 惟歩高2 | 札幌山の手高校 | 9:50.79 | +1:05.02 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 68 | 日野 空 | 新田 | 9:53.76 | +1:07.99 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 69 | 吉田 新高2 | 京都外大西高校 | 9:58.32 | +1:12.55 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 70 | 中尾 駿佑高1 | 膳所高 | 10:00.07 | +1:14.30 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 71 | 山本 秀路高2 | 大津商高 | 10:00.31 | +1:14.54 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 72 | 須古星 駿太高2 | 洛南高校 | 10:05.59 | +1:19.82 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 73 | 島田 悠史 | 新居浜西 | 10:34.21 | +1:48.44 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 74 | 金田 侑大高2 | 乙訓高 | 10:59.94 | +2:14.17 | 第60回京都府高等学校春季陸上競技大会 |
| 75 | 鶴田 義和高1 | 膳所高 | 11:05.72 | +2:19.95 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 76 | 北村 愛介高1 | 日野高 | 11:31.96 | +2:46.19 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 77 | 山元 優太高2 | 滋賀短大附高 | 11:41.30 | +2:55.53 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 78 | 堀内 朝斗高2 | 守山高 | 12:03.78 | +3:18.01 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 79 | 木野 羽琉高2 | 彦根東高 | 12:13.82 | +3:28.05 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 80 | 澁谷 峻高2 | 彦根東高 | 13:34.94 | +4:49.17 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 81 | 永福 大聖高2 | 彦根東高 | 14:26.27 | +5:40.50 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |