| 1 | 加藤 結羽 | 佐久長聖高校 | 8:45.77 | | 第79回国民スポーツ大会 |
| 2 | 古賀 想太 | 市立前橋 | 8:46.95 | +1.18 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 3 | 前田 結人 | 洛南高校 | 8:48.11 | +2.34 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 4 | 徳山 博貴 | 中央大学 | 8:53.04 | +7.27 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 5 | 伊藤 悠ノ介 | 八千代松陰 | 8:54.35 | +8.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 6 | 岸本 莞爾 | 駒澤大学 | 8:56.67 | +10.90 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 7 | 伊藤 魁良 | 立命館大学 | 8:57.78 | +12.01 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 8 | 大谷 謙心 | 埼玉栄 | 9:00.09 | +14.32 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 9 | 山口 慶人 | 順天堂大学 | 9:00.45 | +14.68 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 10 | 岸本 晟 | 京都外大西高校 | 9:00.75 | +14.98 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
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| 11 | 高舘 友杜 | 早稲田大学 | 9:01.97 | +16.20 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 12 | 鶴留 唯月 | 小林 | 9:02.08 | +16.31 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 13 | 佐伯 優月 | 西脇工高 | 9:03.30 | +17.53 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 14 | 松山 怜平 | 奈良育英高 | 9:03.72 | +17.95 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 15 | 北浦 拓真 | 聖和学園高校 | 9:03.83 | +18.06 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 16 | 星野 愁 | 中越高校 | 9:04.28 | +18.51 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 17 | 江藤 大輝 | 立教大学 | 9:04.33 | +18.56 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 18 | 小林 歩夢 | 川崎市立橘高校 | 9:04.45 | +18.68 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 19 | 福西 和希 | 岡崎城西高校 | 9:05.50 | +19.73 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 20 | 津上 輝大 | 自由ケ丘高 | 9:07.15 | +21.38 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 21 | 金子 遼 | 帝京大学 | 9:07.34 | +21.57 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 22 | 田中 未来 | 慶誠高校 | 9:09.22 | +23.45 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 23 | 木村 恭也 | 開志国際 | 9:11.29 | +25.52 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 24 | 杉本 拓海 | 那覇西高校 | 9:11.69 | +25.92 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 25 | 森松 彩夢 | 一関学院 | 9:11.97 | +26.20 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 26 | 石尾 海波 | 広島国際学院 | 9:14.34 | +28.57 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 27 | 末田 唯久海 | 学法石川高校 | 9:14.40 | +28.63 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 28 | 西野 寛太郎 | 美方高校 | 9:15.85 | +30.08 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 29 | 岡野 雄大 | 法政大学 | 9:15.93 | +30.16 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 30 | 大杉 伊武希 | 皇學館大学 | 9:17.32 | +31.55 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 31 | 谷﨑 然 | 川崎市立橘高校 | 9:17.33 | +31.56 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 32 | 川村 友朗 | 小林 | 9:19.47 | +33.70 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 33 | 鈴木 勇飛 | 早稲田大学 | 9:23.13 | +37.36 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 34 | 藤﨑 潤慈 | 鎮西学院高校 | 9:23.75 | +37.98 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 35 | 猪熊 凌摂 | 中京大中京 | 9:23.88 | +38.11 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 36 | 小丸 統玄 | 世羅 | 9:25.22 | +39.45 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 37 | 坪山 雄哉 | 鹿児島城西 | 9:25.35 | +39.58 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 38 | 江川 太河 | 飯塚高 | 9:26.47 | +40.70 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 39 | 竹内 大和 | 福岡第一高 | 9:26.50 | +40.73 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 40 | 志賀 陽輝 | 今治北高 | 9:27.11 | +41.34 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 41 | 石黒 壱晴 | 宇和島東高 | 9:27.70 | +41.93 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 42 | 櫻井 凜空 | 利府 | 9:35.58 | +49.81 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 43 | 倉橋 征己 | 西条農 | 9:37.62 | +51.85 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 44 | 小出 貴大 | 東京経済大学 | 9:38.25 | +52.48 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 45 | 難波 陽 | 高松工芸高 | 9:38.46 | +52.69 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 46 | 渡邊 開生 | 札幌日本大学 | 9:40.36 | +54.59 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 47 | 武田 慶永 | 立命館慶祥 | 9:44.86 | +59.09 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 48 | 浦尻 悠正 | 高知工高 | 9:45.58 | +59.81 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 49 | 日野 空 | 新田 | 9:53.76 | +1:07.99 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 50 | 島田 悠史 | 新居浜西 | 10:34.21 | +1:48.44 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
