| 1 | 増子 陽太 | 学法石川高校 | 13:27.26 | | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 2 | ジェームス カルリ | 青森山田高校 | 13:31.38 | +4.12 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 3 | 栗村 凌 | 学法石川高校 | 13:34.38 | +7.12 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 4 | 新妻 遼己 | 西脇工高 | 13:35.33 | +8.07 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 5 | フェリックス ムティアニ | 山梨学院高校 | 13:41.04 | +13.78 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 6 | 本田 桜二郎 | 鳥取城北高校 | 13:44.44 | +17.18 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 7 | 首藤 海翔 | 倉敷高 | 13:44.74 | +17.48 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 8 | キプタム ヴィクター | 安川電機 | 13:46.65 | +19.39 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 9 | 菅野 元太 | 仙台育英高校 | 13:46.97 | +19.71 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 10 | 今村 仁 | 鳥栖工高 | 13:48.83 | +21.57 | 第79回国民スポーツ大会 |
|
| 11 | 簡 子傑 | 仙台育英学園高校 | 13:48.99 | +21.73 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 12 | 五十嵐 新太 | 水城高校 | 13:49.50 | +22.24 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 13 | 山本 聖也 | 高知農高 | 13:50.88 | +23.62 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 14 | 若林 司 | 大東文化大学 | 13:51.30 | +24.04 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 15 | 川口 峻太朗 | 順天堂大学 | 13:51.68 | +24.42 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 16 | 工藤 優唯 | 青森山田高校 | 13:52.00 | +24.74 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 17 | 鈴木 大翔 | 仙台育英 | 13:54.44 | +27.18 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 18 | 松尾 航希 | 市立船橋高校 | 13:55.07 | +27.81 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 19 | 赤坂 勇輔 | 西脇工高 | 13:55.08 | +27.82 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 20 | 酒井 崇史 | 佐久長聖高校 | 13:55.96 | +28.70 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 21 | 佐藤 賢仁 | 仙台育英高校 | 13:56.14 | +28.88 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 22 | 保芦 摩比呂 | 学法石川高校 | 13:56.96 | +29.70 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 23 | 門間 蒼大 | 九州学院高校 | 13:57.19 | +29.93 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 24 | 山本 悠悟 | 青森山田高校 | 13:57.85 | +30.59 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 25 | 古川 陽樹 | 盛岡大附高 | 13:58.62 | +31.36 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 26 | 近藤 寿樹 | 東海大相模高校 | 13:59.00 | +31.74 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 27 | 田村 幸太 | 創価大学 | 14:00.53 | +33.27 | 第41回U20日本陸上競技選手権大会 |
| 28 | ピーター ムトゥリ | 岡山商大附 | 14:01.93 | +34.67 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 29 | 下森 実直 | 鳥栖工業高校 | 14:04.53 | +37.27 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 30 | 丸山 展 | 中越高校 | 14:06.08 | +38.82 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 31 | 上岡 煌 | 駒澤大学 | 14:06.13 | +38.87 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 32 | 日向 春空 | 青山学院大学 | 14:06.57 | +39.31 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 33 | キブニ エヴァンス | 福岡第一高 | 14:07.23 | +39.97 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 34 | 小林 晴琉 | 筑波大学 | 14:07.55 | +40.29 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 35 | 藤岡 孝太郎 | 須磨学園高校 | 14:07.76 | +40.50 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 36 | 西 広翔 | 専修大学 | 14:08.36 | +41.10 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 37 | 簡 子傑 | 仙台育英 | 14:08.48 | +41.22 | 第323回日本体育大学長距離競技会 兼 第17回NCG |
| 37 | 北村 海智 | 神奈川大学 | 14:08.48 | +41.22 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 39 | 江口 怜臣 | 作新学院高校 | 14:08.67 | +41.41 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 40 | 寺内 頼 | 拓大一高校 | 14:12.08 | +44.82 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 41 | 山田 陸 | 一関学院高校 | 14:12.81 | +45.55 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 42 | 向津 翼 | 立教大学 | 14:13.88 | +46.62 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 43 | 冨樫 宙大 | 東海大相模高校 | 14:14.54 | +47.28 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 44 | 菊地 涼太 | 國學院大學 | 14:16.62 | +49.36 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 45 | 佐藤 新太 | 山梨学院高校 | 14:16.67 | +49.41 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 46 | 小田垣 茉周 | 伊賀白鳳高校 | 14:18.10 | +50.84 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 47 | 福井 楽 | 桂高校 | 14:18.11 | +50.85 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 48 | 前田 結人 | 洛南高校 | 14:18.34 | +51.08 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 49 | 上杉 敦史 | 八千代松陰 | 14:18.72 | +51.46 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 50 | 山本 光空 | 国士舘大学 | 14:18.85 | +51.59 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 51 | 兼平 涼太郎 | 八戸学院光星高校 | 14:18.93 | +51.67 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 52 | 村尾 恭輔 | 城西大学 | 14:18.97 | +51.71 | 第321回日本体育大学長距離競技会 兼 第15回NCG |
| 53 | 古川 陽樹 | 盛岡大附属高校 | 14:19.24 | +51.98 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 54 | 安藤 槙悟 | 駒大高校 | 14:19.36 | +52.10 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 55 | 佐藤 悠斗 | 中越高校 | 14:19.45 | +52.19 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 56 | 土間 董哉 | 世羅 | 14:19.68 | +52.42 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 57 | 奥野 恭史 | 洛南高校 | 14:19.73 | +52.47 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 58 | 鶴留 唯月 | 小林高校 | 14:19.84 | +52.58 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 59 | 清水 皐熙 | 小林高校 | 14:20.05 | +52.79 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 60 | 山口 幸太郎 | 駒大高校 | 14:20.56 | +53.30 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 61 | 伊藤 颯太 | 豊川高校 | 14:20.62 | +53.36 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 62 | 森 亮太 | 美濃加茂高校 | 14:21.10 | +53.84 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 63 | 貝原 悠里 | 洛南高校 | 14:21.36 | +54.10 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 64 | 末田 唯久海 | 学法石川高校 | 14:21.51 | +54.25 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 65 | 佐藤 瑞城 | 浜松日体高校 | 14:21.74 | +54.48 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 66 | 花田 大和 | 國學院久我山高校 | 14:21.80 | +54.54 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 67 | 山口 翼 | 鯖江高校 | 14:22.29 | +55.03 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 68 | 竹下 諒 | 浜松日体高校 | 14:22.31 | +55.05 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 69 | 松尾 翼 | 飯塚高 | 14:22.57 | +55.31 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 70 | 安田 塙史 | 白樺学園高校 | 14:22.71 | +55.45 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 71 | 門間 蒼大 | 九州学院 | 14:22.99 | +55.73 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 72 | 伊藤 優喜 | 東海大相模高校 | 14:23.39 | +56.13 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 73 | 石渡 翔 | 流通経済大学 | 14:23.44 | +56.18 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 74 | ゼベダヨ ララプア | 仙台育英高校 | 14:23.46 | +56.20 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 75 | 藤田 慶太 | 神奈川大学 | 14:23.91 | +56.65 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 76 | 五藤 大智 | 駒大高校 | 14:23.99 | +56.73 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 77 | 梅木 新太 | 松山商業高校 | 14:24.02 | +56.76 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 78 | 松山 唯人 | 東海大学 | 14:24.04 | +56.78 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 79 | 谷口 僚哉 | 洛南高校 | 14:25.09 | +57.83 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 80 | 大友 悠輝 | 白樺学園高校 | 14:25.14 | +57.88 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 81 | 久場 育哉 | 東洋大牛久高校 | 14:25.24 | +57.98 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 82 | 川副 剛煌 | 鳥栖工高 | 14:25.31 | +58.05 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 83 | 桒田 旬斗 | 倉敷高 | 14:26.76 | +59.50 | 第59回織田幹雄記念国際 |
| 84 | 廣瀬 聡真 | 稲生高校 | 14:26.77 | +59.51 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 85 | 岸本 晟 | 京都外大西高校 | 14:27.02 | +59.76 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 86 | 増永 颯人 | 鳥栖工業高校 | 14:27.18 | +59.92 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 87 | 長尾 優汰 | 美濃加茂 | 14:27.20 | +59.94 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 88 | 松葉 琥太郎 | 皇學館大学 | 14:27.66 | +1:00.40 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 89 | 星野 愁 | 中越高校 | 14:27.78 | +1:00.52 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 90 | 近藤 健斗 | 浦和実業学園高校 | 14:28.09 | +1:00.83 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 91 | 吉村 莉一郎 | 市立船橋高校 | 14:28.28 | +1:01.02 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 92 | 稲垣 瑛心 | 稲生高校 | 14:28.67 | +1:01.41 | 第324回日本体育大学長距離競技会 兼 第18回NCG |
| 93 | 横畑 僚大 | 時習館高校 | 14:28.71 | +1:01.45 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 94 | 福島 命 | 佐久長聖高校 | 14:29.13 | +1:01.87 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 95 | 水野 太介 | 学法石川高校 | 14:29.28 | +1:02.02 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 96 | 徳山 博貴 | 西宮市立西宮高校 | 14:30.04 | +1:02.78 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 97 | 梅木 新太 | 松山商高 | 14:30.09 | +1:02.83 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |
| 98 | 茂手木 英人 | 東海大学 | 14:30.12 | +1:02.86 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 99 | 三國 陽稀 | 東北高校 | 14:30.27 | +1:03.01 | 第325回日本体育大学長距離競技会 兼 第19回NCG |
| 100 | 武川 航也 | 東京農大二高校 | 14:30.57 | +1:03.31 | 第78回全国高等学校総合体育大会陸上競技大会2025 |