| 1 | 稲垣 翔馴高1 | 洛南高校 | 8:11.75 | | 第79回国民スポーツ大会 |
| 2 | 藤田 翔蒼高1 | 豊川高校 | 8:13.95 | +2.20 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 3 | 小原 健太郎 | 花巻東 | 8:17.68 | +5.93 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 4 | 若田 大尚高1 | 学法石川高校 | 8:18.97 | +7.22 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 5 | 杉田 來翔高1 | 東海大札幌高校 | 8:20.74 | +8.99 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 6 | 谷 颯真高1 | 佐野日大高校 | 8:21.14 | +9.39 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 7 | 伊藤 遼高1 | 佐久長聖高校 | 8:22.92 | +11.17 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 8 | 長 煌介高1 | 鳥取城北高校 | 8:23.67 | +11.92 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 9 | 朝倉 悠羽高1 | 山梨学院高校 | 8:26.08 | +14.33 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 10 | 加賀 龍之介 | 國學院久我山 | 8:29.19 | +17.44 | 第79回国民スポーツ大会 |
|
| 11 | 河野 蒼人高1 | 世羅高校 | 8:30.06 | +18.31 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 12 | 中岫 奏輔高1 | 青森山田高校 | 8:33.48 | +21.73 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 13 | 山﨑 圭人高1 | 東海大相模高校 | 8:35.18 | +23.43 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 14 | 川口 頼輝高1 | 開新高校 | 8:35.25 | +23.50 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 15 | 加田 蒼高1 | 稲生高校 | 8:38.63 | +26.88 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 16 | 喜多 勇貴高1 | 徳島科学技術高 | 8:43.20 | +31.45 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 17 | 中尾 瞭佑高1 | 膳所高 | 8:44.55 | +32.80 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 18 | 大林 凛太郎高1 | 草津東高 | 8:44.71 | +32.96 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 19 | 中尾 駿佑高1 | 膳所高 | 8:47.03 | +35.28 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 20 | 中野 誉一高2 | 草津東高 | 8:47.49 | +35.74 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 21 | 多胡 圭祐高2 | 草津東高 | 8:47.62 | +35.87 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 22 | 新 悠翔高2 | 草津東高 | 8:48.51 | +36.76 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 23 | 杉平 颯志 | 鳥栖工業 | 8:51.38 | +39.63 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 24 | 山本 秀路高2 | 大津商高 | 8:53.64 | +41.89 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 25 | 内山 翔羽高1 | 鹿児島工高 | 8:56.38 | +44.63 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 26 | 岩下 幾海高1 | 高知工高 | 8:58.30 | +46.55 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 27 | 芦田 和佳 | 立命館宇治 | 9:02.90 | +51.15 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 28 | 川上 南海高2 | 長野東高校 | 9:04.22 | +52.47 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 29 | 池野 絵莉高3 | 須磨学園高校 | 9:04.37 | +52.62 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 30 | 松本 優哉高1 | 西京高 | 9:04.44 | +52.69 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 31 | 吉田 彩心高3 | 札幌創成高校 | 9:04.64 | +52.89 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 32 | 湯田 和未高3 | 学法石川高校 | 9:04.91 | +53.16 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 33 | 尾﨑 一樺高2 | 智辯カレッジ高 | 9:05.12 | +53.37 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 34 | 奥田 凛太郎高2 | 水口東高 | 9:05.29 | +53.54 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 35 | 大谷 芽以 | 名城大学 | 9:07.21 | +55.46 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 36 | 男乕 結衣 | 東北 | 9:07.22 | +55.47 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 37 | 奥野 陽翔高2 | 大津商高 | 9:07.76 | +56.01 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 38 | 瀬戸口 凜高2 | 神村学園高校 | 9:08.23 | +56.48 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 39 | 福山 若奈高3 | 埼玉栄高校 | 9:08.87 | +57.12 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 40 | キャサリン ムティダ高2 | 山梨学院高校 | 9:09.11 | +57.36 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 41 | 杉田 琉威高1 | 富山商高 | 9:10.77 | +59.02 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 42 | 多久和 竜空高1 | 出雲工高 | 9:12.50 | +1:00.75 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 43 | 谷 康平高1 | 草津東高 | 9:14.51 | +1:02.76 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 44 | 大﨑 次朗高1 | 草津東高 | 9:15.60 | +1:03.85 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 45 | 夜野 統真高1 | 大津商高 | 9:16.92 | +1:05.17 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 46 | 寺谷 絢吾高2 | 大津商高 | 9:19.59 | +1:07.84 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 47 | 綿本 猛虎高2 | 大津商高 | 9:21.84 | +1:10.09 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 48 | 松本 琉里高2 | 清和高 | 9:22.24 | +1:10.49 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 48 | 松本 瑠莉高3 | 宇都宮文星女高校 | 9:22.24 | +1:10.49 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 50 | 南條 愛歩高3 | 倉敷高 | 9:24.97 | +1:13.22 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 51 | 下地 惺大高1 | 大津商高 | 9:25.00 | +1:13.25 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 52 | 石川 桃子 | 新潟明訓 | 9:25.76 | +1:14.01 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 53 | 立石 里央菜 | 城東 | 9:26.87 | +1:15.12 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 54 | 北川 仁貴高1 | 水口東高 | 9:27.05 | +1:15.30 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 55 | シュブルチェック アンナ高2 | 牛久高校 | 9:27.68 | +1:15.93 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 56 | 岩村 莉奈高2 | 銀河学院高校 | 9:35.68 | +1:23.93 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 57 | 前田 二千翔高3 | 三浦学苑高校 | 9:36.95 | +1:25.20 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 58 | 西川 遼高2 | 近江高 | 9:37.69 | +1:25.94 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 59 | 馬場 颯太朗高2 | 草津東高 | 9:45.90 | +1:34.15 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 60 | 杉安 一葉 | 熊本ルーテル学院 | 9:46.97 | +1:35.22 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 61 | 松岡 奏空高2 | 甲西高 | 9:49.05 | +1:37.30 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 62 | 西堀 昇之介高1 | 八日市高 | 9:52.98 | +1:41.23 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 63 | 大塚 結衣高1 | 鯖江高校 | 9:53.18 | +1:41.43 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 64 | 荒木 結心高2 | 山形城北高 | 9:53.19 | +1:41.44 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 65 | 長谷川 泰大高1 | 瀬田工高 | 9:55.53 | +1:43.78 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 66 | 木村 悠希高2 | 立命館守山高 | 9:55.60 | +1:43.85 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 67 | 山中 絢心高1 | 滋賀短大附高 | 10:02.37 | +1:50.62 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 68 | 野添 純平高2 | 草津東高 | 10:03.75 | +1:52.00 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 69 | 横山 玲央高1 | 彦根翔西館高 | 10:14.93 | +2:03.18 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 70 | 西嶋 龍世高2 | 長浜北高 | 10:15.61 | +2:03.86 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 71 | 山本 朝陽高1 | 八日市高 | 10:16.42 | +2:04.67 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 72 | 今井 洋翔高1 | 水口東高 | 10:16.61 | +2:04.86 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 73 | 杉村 優介高1 | 八幡高 | 10:19.50 | +2:07.75 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 74 | 片矢 陽菜高2 | 草津東高 | 10:20.51 | +2:08.76 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 75 | 田中 慧太高1 | 膳所高 | 10:30.38 | +2:18.63 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 76 | 室之園 英斗高2 | 甲西高 | 10:33.12 | +2:21.37 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 77 | 田代 恵土高2 | 大津商高 | 10:36.36 | +2:24.61 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 78 | 竹端 泰佑高1 | 守山高 | 10:42.53 | +2:30.78 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 79 | 横畠 蒼大高1 | 守山高 | 10:46.53 | +2:34.78 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 80 | 山岡 勇登高1 | 膳所高 | 10:53.10 | +2:41.35 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 81 | 溜池 梨乃高2 | 草津東高 | 10:53.13 | +2:41.38 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 82 | 堀内 朝斗高2 | 守山高 | 10:57.03 | +2:45.28 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 83 | 小島 蒼史高1 | 日野高 | 11:18.40 | +3:06.65 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 84 | 花田 碧高2 | 幸福関西高 | 11:24.03 | +3:12.28 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 85 | 田中 逸斗高1 | 守山高 | 11:40.22 | +3:28.47 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 86 | 清水 萌愛高1 | 大津商高 | 11:58.94 | +3:47.19 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 87 | 山元 彩音高1 | 滋賀短大附高 | 13:52.05 | +5:40.30 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |