| 1 | 稲垣 翔馴 | 洛南高校 | 8:11.75 | | 第79回国民スポーツ大会 |
| 2 | 藤田 翔蒼 | 豊川高校 | 8:13.95 | +2.20 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 3 | 小原 健太郎 | 花巻東 | 8:17.68 | +5.93 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 4 | 若田 大尚 | 学法石川高校 | 8:18.97 | +7.22 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 5 | 杉田 來翔 | 東海大札幌高校 | 8:20.74 | +8.99 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 6 | 谷 颯真 | 佐野日大高校 | 8:21.14 | +9.39 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 7 | 伊藤 遼 | 佐久長聖高校 | 8:22.92 | +11.17 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 8 | 長 煌介 | 鳥取城北高校 | 8:23.67 | +11.92 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 9 | 朝倉 悠羽 | 山梨学院高校 | 8:26.08 | +14.33 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 10 | 加賀 龍之介 | 國學院久我山 | 8:29.19 | +17.44 | 第79回国民スポーツ大会 |
|
| 11 | 河野 蒼人 | 世羅高校 | 8:30.06 | +18.31 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 12 | 中岫 奏輔 | 青森山田高校 | 8:33.48 | +21.73 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 13 | 山﨑 圭人 | 東海大相模高校 | 8:35.18 | +23.43 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 14 | 川口 頼輝 | 開新高校 | 8:35.25 | +23.50 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 15 | 加田 蒼 | 稲生高校 | 8:38.63 | +26.88 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 16 | 喜多 勇貴 | 徳島科学技術高 | 8:43.20 | +31.45 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 17 | 中尾 瞭佑 | 膳所高 | 8:44.55 | +32.80 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 18 | 大林 凛太郎 | 草津東高 | 8:44.71 | +32.96 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 19 | 中尾 駿佑 | 膳所高 | 8:47.03 | +35.28 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 20 | 杉平 颯志 | 鳥栖工業 | 8:51.38 | +39.63 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 21 | 内山 翔羽 | 鹿児島工高 | 8:56.38 | +44.63 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 22 | 岩下 幾海 | 高知工高 | 8:58.30 | +46.55 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 23 | 松本 優哉 | 西京高 | 9:04.44 | +52.69 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 24 | 杉田 琉威 | 富山商高 | 9:10.77 | +59.02 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 25 | 多久和 竜空 | 出雲工高 | 9:12.50 | +1:00.75 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 26 | 谷 康平 | 草津東高 | 9:14.51 | +1:02.76 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 27 | 大﨑 次朗 | 草津東高 | 9:15.60 | +1:03.85 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 28 | 夜野 統真 | 大津商高 | 9:16.92 | +1:05.17 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 29 | 下地 惺大 | 大津商高 | 9:25.00 | +1:13.25 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 30 | 北川 仁貴 | 水口東高 | 9:27.05 | +1:15.30 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 31 | 西堀 昇之介 | 八日市高 | 9:52.98 | +1:41.23 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 32 | 大塚 結衣 | 鯖江高校 | 9:53.18 | +1:41.43 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 33 | 長谷川 泰大 | 瀬田工高 | 9:55.53 | +1:43.78 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 34 | 山中 絢心 | 滋賀短大附高 | 10:02.37 | +1:50.62 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 35 | 横山 玲央 | 彦根翔西館高 | 10:14.93 | +2:03.18 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 36 | 山本 朝陽 | 八日市高 | 10:16.42 | +2:04.67 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 37 | 今井 洋翔 | 水口東高 | 10:16.61 | +2:04.86 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 38 | 杉村 優介 | 八幡高 | 10:19.50 | +2:07.75 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 39 | 田中 慧太 | 膳所高 | 10:30.38 | +2:18.63 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 40 | 竹端 泰佑 | 守山高 | 10:42.53 | +2:30.78 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 41 | 横畠 蒼大 | 守山高 | 10:46.53 | +2:34.78 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 42 | 山岡 勇登 | 膳所高 | 10:53.10 | +2:41.35 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 43 | 小島 蒼史 | 日野高 | 11:18.40 | +3:06.65 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 44 | 田中 逸斗 | 守山高 | 11:40.22 | +3:28.47 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 45 | 清水 萌愛 | 大津商高 | 11:58.94 | +3:47.19 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 46 | 山元 彩音 | 滋賀短大附高 | 13:52.05 | +5:40.30 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |