| 1 | 中野 誉一 | 草津東高 | 8:47.49 | | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 2 | 多胡 圭祐 | 草津東高 | 8:47.62 | +0.13 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 3 | 新 悠翔 | 草津東高 | 8:48.51 | +1.02 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 4 | 山本 秀路 | 大津商高 | 8:53.64 | +6.15 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 5 | 川上 南海 | 長野東高校 | 9:04.22 | +16.73 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 6 | 尾﨑 一樺 | 智辯カレッジ高 | 9:05.12 | +17.63 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 7 | 奥田 凛太郎 | 水口東高 | 9:05.29 | +17.80 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 8 | 男乕 結衣 | 東北 | 9:07.22 | +19.73 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 9 | 奥野 陽翔 | 大津商高 | 9:07.76 | +20.27 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 10 | 瀬戸口 凜 | 神村学園高校 | 9:08.23 | +20.74 | 第79回国民スポーツ大会 |
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| 11 | キャサリン ムティダ | 山梨学院高校 | 9:09.11 | +21.62 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 12 | 寺谷 絢吾 | 大津商高 | 9:19.59 | +32.10 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 13 | 綿本 猛虎 | 大津商高 | 9:21.84 | +34.35 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 14 | 松本 琉里 | 清和高 | 9:22.24 | +34.75 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 15 | 立石 里央菜 | 城東 | 9:26.87 | +39.38 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 16 | シュブルチェック アンナ | 牛久高校 | 9:27.68 | +40.19 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 17 | 岩村 莉奈 | 銀河学院高校 | 9:35.68 | +48.19 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 18 | 西川 遼 | 近江高 | 9:37.69 | +50.20 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 19 | 馬場 颯太朗 | 草津東高 | 9:45.90 | +58.41 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 20 | 杉安 一葉 | 熊本ルーテル学院 | 9:46.97 | +59.48 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 21 | 松岡 奏空 | 甲西高 | 9:49.05 | +1:01.56 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 22 | 荒木 結心 | 山形城北高 | 9:53.19 | +1:05.70 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 23 | 木村 悠希 | 立命館守山高 | 9:55.60 | +1:08.11 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 24 | 野添 純平 | 草津東高 | 10:03.75 | +1:16.26 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 25 | 西嶋 龍世 | 長浜北高 | 10:15.61 | +1:28.12 | 第1回滋賀陸上競技協会記録会 |
| 26 | 片矢 陽菜 | 草津東高 | 10:20.51 | +1:33.02 | 第79回国民スポーツ大会 |
| 27 | 室之園 英斗 | 甲西高 | 10:33.12 | +1:45.63 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 28 | 田代 恵土 | 大津商高 | 10:36.36 | +1:48.87 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 29 | 溜池 梨乃 | 草津東高 | 10:53.13 | +2:05.64 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 30 | 堀内 朝斗 | 守山高 | 10:57.03 | +2:09.54 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |
| 31 | 花田 碧 | 幸福関西高 | 11:24.03 | +2:36.54 | 2025 SUMMER GAMES in HIKONE |